Хоч оцінка договору московським урядом із часом мінялася, однак спочатку він погоджувався з переважаючим у ту добу поглядом на «протекційні» договори і вважав Україну за окрему, вільну, незалежну державу. Маючи з Богданом Хмельницьким відносини ще перед тим, як укладався договір, царський уряд здійснював їх через спеціальних послів, котрими відав Посольський приказ — по суті московське міністерство закордонних справ, що взагалі керувало відносинами Москви з чужоземними державами. Україну відокремлювали від Москви державний кордон і митні установи.
Але Московське царство було за своєю природою й характером абсолютистською, феодально-кріпосницькою державою, для якої Українська Гетьманська держава — з її республіканським ладом і сильними демократичними елементами, з козацьким землеволодінням, вільною, без феодального примусу, працею на землі, покозаченим селянством — була своєрідною історичною антитезою. Отже, неминуче, рано чи пізно царський уряд повинен був розпочати наступ на автономію України, щоб узагалі зліквідувати її.
При укладанні договору це виявилося в більш-менш прихованому прагненні і царя й бояр установити контроль над внутрішнім економічним і воєнним життям, а також над міжнародними відносинами України. Однак українські посли відповідно до твердих і рішучих інструкцій Богдана Хмельницького протистояли цим прагненням, хоча в ході обговорень деяких статей їм доводилося йти на компроміс.
Одним із визначальних факторів незалежності Української Гетьманської держави була влада гетьмана. В договорі 1654 р. вона не обмежувалася. Гетьман залишався верховною владою й головою Української держави. Титули, які надавались гетьманові в офіційних документах, свідчили, зокрема, про його повну владу щодо внутрішніх справ Гетьманської держави — «верхній владця і господарь Отчизні нашої», «зверхнійший властитель».
Договір визначав, що гетьман одержував свою владу за вибором Війська Запорозького, тобто обирався на козацькій раді, де, як правило, були присутні представники інших станів, і мав цю владу «доживотно». Царя зобов'язані були лише «извещати» про вибори, а гетьман мусив скласти присягу цареві. І на майбутнє після смерті кожного гетьмана в Україні мали право, як формулювалося у жалуваній ратифікаційній царській грамоті, обирати гетьмана «по прежним их обычаям, самим меж себя».
У пропонованому проекті договору гетьман і Військо Запорозьке вимагають уже в першій статті непорушності автономії України, зокрема в судочинстві. Суд тоді вважали за одну з найважливіших функцій влади, і в Україні їй надавали великої ваги. «Щоб ні воєвода, ні боярин, ні стольник в суди військові не вступали, але від старших своїх щоб товариства суджені були: де три чоловіка козаків, тоді два третього повинні судити». Ось у такій формулі була висловлена теза про цілковиту незалежність від царського уряду Війська Запорозького у сфері судочинства.
27 березня 1654 р. цар ратифікував першу статтю договору без жодних змін. «Пожаловали, велели им быть под нашего царского величества высокою рукою, каковы им даны от королей польских й от великих князей литовских, и тех их прав и вольностей нарушивать ничем не велели, и судиться им велели от своих старших по своим прежним правам».
Коли заглибимося в аналіз статей, пов'язаних із проблемою податків, і простежимо хід її обговорення, то переконаємося, наскільки вона була для України життєво важливою. Певною мірою ця проблема була пов'язана зі збройними силами. Для нас, сучасників і жертв болісного процесу розпаду останньої величезної імперії в світі, ці суперечки 350-річної давності зберігають свою актуальність і деяку повчальність. Адже з цими суперечками перегукуються ті імперські тенденції, які виявилися в прагненні «центру» нав'язати народам колишньої радянської імперії то «оновлений Союз», то «Союз суверенних держав», над котрими «центр» волів поставити ще одну державу, тобто відновити імперію.
Коли Україна визволилася з-під польської влади і утворилась Українська Гетьманська держава, її фінансова політика набрала характеру суверенності. Всі податки, які людність України повинна була давати до королівського скарбу, на короля, католицькі монастирі та церкви, на панів, були передані до скарбу Війська Запорозького, Української Гетьманської держави. До того ж Богдан Хмельницький установив мито з чужоземного краму. Податки з меду, пива, горілки також давали великий прибуток Українській державі.