Навчався Сагайдачний в Острозькій школі на Волині, заснованій у 70-х роках XVI ст. Це був час особливого загострення ідейних протистоянь. Польська шляхта, загарбавши українські землі, встановила тут тяжкий феодально-кріпосницький гніт. Жорстоким примусом насаджувався католицизм, велося насильницьке ополячування українців. «Вогнем і мечем» діяли в Україні єзуїти — представники войовничого католицького ордена. Відкриваючи свої школи-колегіуми, єзуїти перетворювали їх на знаряддя боротьби з православ'ям, викорінення культури, літератури та мови українців і білорусів.
Чимало українського феодального панства зрікалося своєї нації, віри, рідної культури, мови. Та народ непохитно протидіяв цьому, з другої половини XVI ст. набирає сили освітній рух, очолюваний братствами та міськими організаціями, котрі об'єднували ремісників, торгових людей, козаків, українську шляхту, їм належить величезна роль у відсічі єзуїтській ідеологічній експансії. Заслуговує на увагу їхня діяльність щодо розвитку освіти й друкарства, організації братських шкіл, піднесення-національної самосвідомості народу.
Вважається, що першою й найбільшою була школа Львівського Успенського братства, відкрита у 1586 р. Проте значно раніше виникла Острозька школа, яка стала першим українським навчальним закладом. Фундатором її був багатий і впливовий магнат Костянтин-Василь Острозький, котрий зберігав вірність своїй нації.
Острозьку школу, що проіснувала до смерті її засновника, називають академією. Найвидатніший природознавець нашого століття, нащадок запорозьких козаків Володимир Іванович Вернадський у своєму програмному виступі «До створення Української Академії наук», здійснюючи історичний екскурс у минуле академій, згадав і Острозьку школу, яка об'єднувала групу діячів культури. Він вважав її типовим науковим закладом саме першого етапу існування академій, коли вони були гуртками вчених, підтримуваних меценатами.
Курс навчання в Острозькій школі складався зі знаменитих «семи вільних наук» доби Ренесансу — граматики, риторики, діалектики, арифметики, геометрії, музики й астрономії. Провідне місце посідало вивчення старослов'янської та грецької мов. Ректором школи був громадський діяч і письменник Герасим Смотрицький, учителями — відомі педагоги-письменники Іов Княгинецький (друг Івана Вишенського), клірик острозький Василь Суразький, ієромонах Кіпріян, Дем'ян Наливайко (брат Северина Наливайка, керівника козацько-селянського повстання 1594 р.).
Разом із Сагайдачним учився Мелетій Смотрицький, який згодом став автором «Грамматики словенськия правилное синтагма», що неодноразово перевидавалася в Україні, Москві й за якою вчилося кілька поколінь українців, білорусів, росіян (наприклад, Михайло Ломоносов називав її «вратами» своєї освіченості).
Отже, в Острозі Петро Сагайдачний не тільки глибоко опанував знання. Тут сформувався його прогресивний, гуманістичний, патріотичний світогляд. Тож можна стверджувати, що Сагайдачний тривалий час перебував у атмосфері напруженого інтелектуального й духовного життя, де панували передові ідеї доби, порушувалися гострі політичні та ідеологічні питання, які хвилювали тодішнє українське суспільство. Згодом він потрапляє до Львівської братської школи, де зустрічається з Іовом Борецьким, з яким підтримував зв'язки до кінця свого життя. Вони були речниками спілки козаків та інтелігенції, яка тоді репрезентувалася переважно особами духовного стану.
Після переїзду зі Львова до Києва Сагайдачний стає домашнім учителем у київського судді Аксака. Є дані, хоч і побічні, про його активну громадську діяльність того часу.
6 жовтня 1596 р. у Бресті відбувся церковний собор, який проголосив унію — релігійне єднання православних і католиків. Визнаючи своїм духовним зверхником папу римського, уніати приймали основні догмати католицизму. Православна церква оголошувалася поза законом.
Селянство, міське населення, козаки, значна частина православного духовенства і української шляхти виступили проти унії, що призвело до подальшого загострення соціальної, політичної, ідеологічної конфронтації, яка досягла особливої гостроти в перші десятиріччя XVII ст., а в 30-ті роки боротьба проти унії стає одним із гасел козацько-селянських повстань.