Спрямувавши всю свою енергію й знання на боротьбу з султанською Туреччиною та Кримським ханством, Сагайдачний усвідомлював, що виступати проти Польщі ще не час. Воювати на два фронти Україна не могла. Досвід козацько-селянських повстань кінця XVI ст., керованих Криштофом Косинським і Северином Наливайком, показав, що для всенародного повстання проти польської шляхти поки що бракує сили.
Саме з цих причин гетьман, «політик великий і справний», як називали його сучасники, не йшов на відкриту політичну конфронтацію з Річчю Посполитою, а використовував дипломатію для утвердження і проведення своєї лінії.
Слід зауважити, що у вітчизняній історичній літературі побутувала оцінка особи Сагайдачного як «польсько-шляхетського угодовця». Приналежність його до вищої козацької старшини ніби визначила, як стверджували деякі автори, обмеженість та однобічність його політики, начебто спрямованої тільки на задоволення інтересів панівної верхівки. Цей стереотип аж ніяк не відповідає історичній правді.
Проаналізувавши поза межами вульгарного соціологізму діяльність Петра Конашевича, переконаємося, наскільки твердо, наполегливо й неухильно він проводив свою політичну лінію, дотримуючись чіткої позиції щодо польського короля, магнатів та шляхти. Найбурхливіше діяльність Сагайдачного розгорнулась у перші два десятиліття XVII ст. Так, значна кількість постанов сейму Речі Посполитої прямо чи опосередковано була спрямована проти козацтва. Магнатів і шляхту, королівський уряд турбувало масове покозачення селян і міщан, які прагнули звільнитися від феодально-кріпосницької залежності та національно-релігійних утисків.
Зростання козацтва, посилення його суспільно-політичної ролі спричинилося до того, що сучасники-іноземці починають називати весь український народ козацьким. Річ Посполита для розв'язання цієї проблеми намагалася спочатку підкорити запорожців своїй владі. Прагнучи чисельно зменшити козацтво, взявши незначну його частину на королівську службу, щоб потім його ліквідувати, уряд намагався скласти для цього реєстр, а тих, котрі до нього не увійшли, повернути до кріпацтва.
Реєстрове козацьке військо мало свої самостійні виборні органи й власну юрисдикцію. Хоча уряд Речі Посполитої й прагнув ліквідувати суверенність українського козацтва, перевести його із категорії численної соціально-економічної верстви з державними тенденціями в суто військові рамки, проте був змушений зберегти реєстровому війську елементи автономії, а також легалізувати й офіційно визнати козацьку військову та політичну організацію, яка склалася внаслідок внутрішнього розвитку. Отже, козацтво, очолюване Сагайдачним, боролося за розширення реєстру, й це був легальний шлях протидії шляхетському наступові.
Петро Конашевич Сагайдачний брав також активну участь в опозиційному русі українського міщанства, православного духовенства, частини української шляхти проти політики національно-релігійних утисків. З усім двадцятитисячним Військом Запорозьким вступив він до Київського (Богоявленського) братства, яке виступало проти політики шляхетської Польщі, відіграючи одночасно роль культурного та наукового центру України.
Маніфестаційний вступ усього війська до братства, яким запорожці продемонстрували солідарність із його програмою, а також те, що беруть його під свій захист, був виявом величезної політичної ваги, який сприяв популярності організації в широких народних масах, високо підніс авторитет братства, а водночас оберігав його від репресій. Хоча нову культурну інституцію було засновано без дозволу короля, проте ні польський уряд, ні коронний гетьман (він же київський воєвода) С. Жолкевський, ні католицьке й уніатське духовенство не наважувалися заборонити його, бо побоювалися козацтва, очолюваного Сагайдачним. Уніатські єпископи у своєму меморандумі папі до Рима скаржилися, що співробітництво між Київським братством і запорожцями на чолі з гетьманом Сагайдачним несе велику загрозу католицизму.