На кінець XVII ст. з переселенців були сформовані слобідські полки: Острогозький (Рибинський), Охтирський, Сумський, Харківський та Ізюмський, які також поділялися на сотні. Політико-адміністративним устроєм у регіоні керував, головно, царський уряд. Як і на Лівобережжі, полкове управління тут очолювали полкова (обозний, суддя, осавул, хорунжий, два писарі) й сотенна (сотник, отаман, осавул, хорунжий і писар) старшина.
Гетьман Іван Самойлович
Спочатку старшин обирали переважно на козацьких радах, а з XVIII ст. їх уже призначає влада Москви. На першому етапі існування правління полків підпорядковувалося Розрядному приказові, з 1688 р. - Посольському, а з 1708 зосередилося в руках азовського військового губернатора.
Запорозька Січ законодавчо підпорядковувалась адміністрації обох країн (воля гетьмана не бралася до уваги). Західний кордон між Річчю осполитою і Російською державою визначався по Дніпру, починаючись від порогів і доходячи до нижньої течії р.Сож. Від останньої по межі Речицького повіту (охоплював "кут" південно-східного району нішої Мінської губернії на берегах Дніпра, Прип'яті та Березані) й частково Мстиславського воєводства демаркаційна лінія повертала на схід за Сож і дуже ламано окреслювала східний кордон, встановлений ще Поляновським трактатом від 1634 p.
Отже, більшість здобутків українського народу, завойованих протягом майже двадцятилітньої кривавої війни за національне визволення, розчерком пера фактично була принесена в жертву дипломатичним міркуванням Росії та Польщі. Оцінюючи цей факт, літописець Самійло Величко зазначив, що "всем козакам (тут: українцям - авт.) не полезен Андрусовский торг". "Страшним ударом" для Української держави назвав його відомий історик Омелян Терлецький.
Договір про "Вічний мир" між Росією і Польщею від 26 квітня (6 травня) 1686 р. підтвердив попереднє рішення про поділ України, але в значно категоричнішій формі. Він остаточно (не тільки юридично, а й фактично в міжнародному розумінні) закріпив за Москвою право на володіння Гетьманщиною. Згідно з ним, р.Орель окреслила південну межу краю, а Польща відмовилася від протекторату над Запорозькою Січчю. Північно-західний рубіж володінь Війська Запорозького і Речі Посполитої пройшов від Січі вгору по Дніпру та гирлу р.Тясмин, а звідти до Чигирина й далі до Чорного лісу.
З початком нового століття, після оголошення війни Швеції в 1700 р., Петро І перетворює Україну (передусім її прикордонні з Польщею землі) в свою заручницю при розв'язанні великодержавницьких проблем. Так, укладаючи з польським королем Августом II Сильним (роки правління - 1697-1706, 1709-1723) угоду про спільні дії проти шведського короля Карла XII (1697-1718 pp.), він, нехтуючи інтересами Української держави, обіцяє "уступити" Речі Посполитій кілька "городів" на Правобережжі й окремі села Стародубського полку. А вже після цього відправляє до гетьмана Івана Мазепи, щоб розвідати, як той поставиться до такого рішення, дяка Бориса Михайлова з таємними" статтями.
Гетьман добре розумів тактику і загальну політику царського двору щодо України. В цій справі для нього майже не існувало таємниць. Тому, щоб не сваритися з Петром І, Мазепа вирішив повністю не відмовляти посланцю й після дворазової зустрічі з ним "в тайне наедине ж" погодився віддати полякам Трахтемирів, Стайки і Трипілля. Але зажадав, враховуючи попередній досвід і "многое непостоянство польское", зафіксувати цю угоду в конституції на сеймі, а сам зміст її опублікувати. Очевидно, так він хотів убезпечити Українську державу від подальших зазіхань і королівської, і царської влади. На всі інші пропозиції гетьман не пристав.
Іван Мазепа протягом усього свого правління не полишав надії знову возз'єднати під власною булавою Правобережжя й Лівобережжя.
Цікаво відзначити, що навіть в іменних указах і грамотах його нерідко називали гетьманом "Войска Запорожскаго обоих сторон Днепра". Зокрема, таке титулування знаходимо в царському указі й "изволеніи" 1688 р. чернігівським полковнику Я.Лизогубу та старшині, котрі були відсутні під час обрання нового гетьмана, про їх "во всяких делах послушаніе и повиновеніе" Мазепі. Таке ж титулування міститься й на сторінках багатьох тогочасних офіційних документів. Мазепа тим часом здебільшого підписувався так: "Гетьман Войска его царскаго пресветлаго величества Запорожскаго".