Щодо дати смерті А.Могили, то її не вдалося встановити. Б.Крупницький, керуючись кореспонденціями німецьких "летючих листків", стверджує, що гетьман помер наприкінці грудня 1688 p. Інші автори говорять про січень-лютий 1689 p.
Після смерті Могили правобережна старшина не змогла скликати загальну козацьку раду. Нез'ясованою залишається позиція в цьому питанні фастівського полковника С.Палія, котрий був "неофіційним" лідером козаків і міг претендувати на роль вибраного чи призначеного гетьмана. Відомо, що Палій був рішуче настроєний проти кандидатури на гетьманство полковника Гришка, яка, одначе, задовольняла польського короля. У квітні 1689 р. Ян III Собеський виступив на варшавському сеймі з пропозицією "... що з козаками робити, і якщо їм дати гетьмана". Королівським універсалом від 4 травня наказним гетьманом над правобережним козацтвом був проголошений полковник Гришко (інколи він підписувався як Гришко Іванович). Король також запевнив Гришка, що коронний гетьман С.Яблоновський незабаром видасть йому козацькі клейноди.
Гришко, керуючи правобережними полками, продовжував політику свого попередника. У липні 1689 р. він разом із комісаром С.Дружкевичем був на "виправі" проти турків під Сороками. Про успішні дії козаків Гришка проти турецько-татарської загрози неодноразово повідомляли італійські "летючі листки".
Водночас нової сили набуває конфлікт між гетьманською владою та С.Палієм, який розпочався ще за часів А.Могили. У період гетьманування Гришка він дістав нового забарвлення у зв'язку із зростаючим військовим та політичним потенціалом Палія. Однією з причин перебування фастівського полковника в польській в'язниці (жовтень 1689-квітень 1690 pp.) стало самовільне розташування ним своїх козаків "там, де мали стояти Гришковї".
За гетьманування Гришка триває "споконвічний" козацько-шляхетський конфлікт, який був відлунням українсько-польського протистояння в попередні роки. 29 листопада 1689 о. Ян III видав універсал "до наказного гетьмана, старшини всієї черні Війська Запорозького", щоб вони не "свавільничали" на землях Хмельницького старости Потоцького. Неодноразово звертався до Гришка й гетьман С.Яблоновський з вимогою не "чіпати добр панів Єльців". У свою чергу, правобережні козаки скаржилися королю на немирівського коменданта, "що втручається у їхні справи". Наприкінці року Гришко на чолі посольства разом із делегатами від Запорожжя вирушив до королівської резиденції. Старшина вимагала надати їм додаткову територію для розташування своїх полків на лівому березі Бугу. Сам король схилявся до позитивного розв'язання козацьких проблем. Була скликана комісія, на якій представники польської шляхти, враховуючи власні інтереси, запропонували українцям лише невеличку територію поблизу Ягорлика. Українське посольство не погодилося на цю пропозицію. На наступних засіданнях комісії якогось компромісного рішення вироблено не було. У жовтні 1690 р. підрозділи Гришка прислали королеві "язика татарського під Очаковим взятого". Сеймові рахунки коронного скарбу свідчили про те, що протягом осені-зими Гришко ще кілька разів присилав "язиків" до Варшави, а також особисто приїжджав до короля в справі функціонування козацької організації Правобережної України. Ян ІІІ неодноразово відзначав його вміле керівництво: "... відвагу рицарську в землі Білогородській показали, даємо добро на подальші акції".
Під тиском С.Дружкевича підрозділи Гришка влітку 1692 р. вирушили до Сорок, але ця операція провалилася. Полковник С.Палій умовив Гришкових козаків перейти під своє командування. За свідченням Дружкевича, "козаків по приходу в Сороки жодного не залишилось". Саме в цьому листі до Яна III від 30 серпня королівський коміcap назвав гетьмана Гришка небіжчиком. Отже, можна стверджувати, що правобережний гетьман помер (можливо, загинув) у липні-серпні 1692 р.
Після цього гетьманська булава пропонувалася С.Палію, однак у 1693 р. наказним гетьманом Правобережної України стає полковник Самійло Іванович. Він разом зі своїми козацькими побратимами веде ї запеклу боротьбу з польською шляхтою за утвердження на Правобережжі полково-сотенного устрою.
Слід відзначити, що правобережне козацтво під час гетьманування А.Могили, Гришка та Самуся вийшло на вищий етап у своєму розвитку, як порівняти з його функціонуванням протягом кінця 70-х-початку 80-х pp. Українське військове керівництво на чолі з цими гетьманами забезпечувало ефективніший захист кордонів Правобережжя, Речі Посполитої та усієї Південно-Східної Європи від турецько-татарських нападів. Саме в другій половині 80-х pp. відроджуються та набирають сили козацькі "місцеві" полки, які в наступному десятилітті утворять так звану Палієву державу. Виконуючи спочатку лише військові функції, козацька організація Правобережної України від року до року міцнішала й дедалі частіше виявляла невдоволення відведеною їй урядом Речі Посполитої роллю.