Утвердження козацького устрою на Київщині викликало "справедливе" обурення місцевої шляхти та духовних осіб, адже на їхні землі стала поступово поширюватися влада С.Палія. Щоб убезпечити себе від можливого конфлікту з королем, козацький полковник запевнював польського правителя, що не має наміру займати "ті добра, які Богу і Церкві належать". Повідомлений про це з Варшави, київський бискуп А.Залуський дозволив козакам Палія розташовуватись у його володіннях за умови, щоб йому не робили "ущербу в арендах". Завдяки таким заходам правобережного полковника взаємини між ним і королівською владою, незважаючи на періодичні сутички з місцевою польською шляхтою, були досить стабільними.
Восени 1691 р., після вдалого походу на Білгород, С.Палій, повернувшись до своїх володінь, наказує стратити нобілітованого шляхтича, козацького полковника П.Апостола-Щуровського. "Такого великого утиснення Війська нашого від Апостола не могли витримати", - виправдовувався він перед королівським комісаром С.Дружкевичем. Водночас Палій запевнював польського урядовця, що не має наміру "шукати собі з Військом іншого пана", хоча перед там неодноразово звертався до І.Мазепи з проханням прийняти його під гетьманську булаву і зверхність царя.
С.Дружкевич, на відміну від короля, не довіряв запевнянням полковника, про що свідчать його листи до Варшави. Саме тому в червні 1692 р. до Фастова прибула делегація київського стольника Кшиштофа Ласки, якого Палій також переконав у своїй прихильності до монарха Речі Посполитої. Після 1692 р. польські військові частини в Правобережній Україні діяли вже не так енергійно. Хоча вони й витіснили Палієвих козаків із Полісся, планований наступ на Фастів не відбувся.
Після допомоги військам І.Мазепи у відбитті нападу "ханського" гетьмана Петра Іваненка (лютий 1693 р.), а також спільного з лівобережними полками походу на Кизикермен С.Палій намагався відновити свої позиції, що похитнулися після захоплення відділами регіментаря Бальцера Вільги значної території Фастівського полку. Для цього він знову вдається до дипломатичних заходів. У листі до Яна III Собеського від 16 травня С. Палій виправдовував те, що без дозволу короля ходив у похід з лівобережними полками, існуванням "спільної і нерозривної монаршої ліги" проти турків. Він сповіщав про вдалі дії правобережних козаків, прохав прийняти свого сотника Павла з татарським "язиком" і обіцяв для підтвердження своєї вірності королеві відновити боротьбу з турецько-татарськими військами на подільських землях. "... Щоб не був випущений з ласки і опіки монаршої з полком моїм найпокірніше прошу", - писав Палій наприкінці листа.
На початку 1694 р. поновлюється наступ польських військ під командуванням С.Яблоновського на Фастів. С.Палій вислав до короля своїх представників, прохаючи пояснити, на якій підставі коронний гетьман здійснив на нього напад, адже він неодноразово складав присягу польському монарху. Можливо, саме після цього звернення Ян ІІІ наказав припинити воєнні дії проти правобережних козаків, бо відділи регіментаря Б.Вільги відступили з території Фастівщини на Полісся. Крім того. Палій уклав перемир'я з Вільгою і Яблоновським - "... вимушений з ляхами з'їзджатися і учинити мир для того, щоб війська більше польські на мене не наступали". Внаслідок примирення козацькі війська звільнили більшу частину Фастівського полку, де знову розмістилися сотні С.Палія. Восени того ж року відділи правобережного полковника здійснили успішний похід на буджацьких татар. Повертаючись до своєї резиденції, Палій надіслав білоцерківському комендантові "реляцію" з повідомленням про знищення семи татарських поселень. Крім того, він відправив до короля і коронного гетьмана кількох узятих у полон "язиків", яких супроводжували його козаки. Саме про них писав до короля, перебуваючи в Батурині, польський посол К.Ісарович: "Пане милостивий, відаю, що у В.К.М. були двоє козаків у Жовкві від Палія, коли В.К.М. полював у полі і вони теж були в полі і кланялись В.К.М.; скоро їх гетьман коронний і каштелян краківський відправив до Палія. А як тільки прийшли, то і тієї ж години послав їх до Мазепи в Батурин, яким певно, гроші дано. щоб віддали Палію".