Собор утвердил несколько правил церковной дисциплины. Духовенству было запрещено покидать свой родной город без разрешения епископа. Епископам было совсем запрещено переезжать из одного города в другой. Епископам провинциальных столиц или митрополитам было предписано два раза в год проводить соборы всех епископов своих провинций. Посвящение нового епископа должно было быть одобрено митрополитом и большинством епископов провинции. В шестом каноне признавался высший авторитет нескольких Великих церквей: «Пусть Египет, Ливия и Пентаполис сохраняют древние традиции при высшем для них авторитете епископа Александрийского, епископ Римский соблюдает те же традиции, а Антиохия и ряд других провинций пусть сохраняет свои привилегии». В Египте существовала традиция, в соответствии с которой епископ Александрийский посвящал всех других епископов в сан либо лично, либо через представителя, так как других митрополитов, кроме Птолемея из Ливии, не было. Вторым пунктом, судя по латин-ской версии канона, было установление таких же полномочий для папы в римских предместьях (южная Италия и Сицилия), в которых также не было митрополита. Главенство Антиохии над провинцией «Восток» (ОпепЬ) было определено не так четко. Странно, что собор не утвердил главенствующей роли Карфагена в Африканской провинции, хотя среди его участников были сицилийцы. В других провинциях не было митрополита, и поэтому старший епископ обладал верховенством в любой провинции. Иерусалимская епархия получила особые привилегии, хотя официально осталась подчиненной митрополиту провинциальной столицы Кесарии.
Очередным указом Константина был указ о конфискации церквей у различных еретических сект на Востоке и вынесении запретов для них на проведение служб. Через год он снял запрет с новатиан, которые, очевидно, поразили его своей исключительной набожностью. Следующей целью было примирение с церковью Ария и горстки его последователей. Он пригласил Ария ко двору и заставил написать неопределенный символ веры, который показался ему удовлетворительным. Затем он, судя по всему, снова собрал Никейский собор, который вернул Ария и его друг зей, в том числе Евсевия из Никомедии и Феогнида из Никеи, в лоно церкви. Александр, тем не менее, отказался принять Ария назад. Отказался и Афанасий, вскоре сменивший его в качестве епископа Александрии.
Если Константин надеялся на то, что после Никейско-го собора водворится мир, он был глубоко разочарован. После недолгого перемирия милициане в Египте вновь вступили в спор с католиками. Епископы, которые питали отвращение к ЬотооизшБ, не посмели открыто выступить против него, пока был жив Константин. Он искренне верил, что оно было вдохновлено Богом, «так как решение 300 епископов следует рассматривать не иначе, как волю Бога, ибо вселившийся в умы этих людей святой дух вдохновлял их божьей волей». Тем не менее, им удалось сохранить свое негативное отношение к тем, кто принципиально поддерживал Константина. Марцелл из Анкиры был осужден за ересь, а Евстафий из Антиохии — за аморальное поведение: Много нападок было делано в адрес Афанасия..
Против Афанасия было выдвинуто два главных обвинения. Первое, что Макарий, один из его священников, прервал обряд причастия и разбил потир в деревенской церкви в Марее возле Александрии. (Службу проводил священник по имени Искирас.) Второе, что его агенты убили Арсения, мелитианского епископа из Ипсилы. Было доказано, что Макарий не мог прервать причастия, так как он еще не прибыл в церковь в воскресенье, единственный день, когда этот обряд мог иметь место. Афанасий, тем не менее, был склонен послушно признать, что Макарий разбил мифический потир в мифической церкви. Искирас был раскольником. Правда об Арсении очевидно состояла в том, что люди Афанасия связали его в собственном доме и подожгли. Он сбежал и эмигрировал в Тир, где через несколько лет был обнаружен и представлен в качестве опровержения обвинения в убийстве. Афанасий и его брат Далмаций были оправданы Константином йо обоим пунктам обвинения. Но их враги выдвинули другие обвинения, и в конце концов в 335 году Константин приказал собрать в Кесарии совет для расследования этого дела. Афанасий отказался на нем присутствовать, заявив, что все обвинения против него были сфабрикованы. В следующем году он, тем не менее, согласился предстать перед судом совета в Тире, на котором председательствовал Дионисий, ставленник императора. На этом совете присутствовало много врагов Афанасия, которые послали в Марею комиссию по расследованию. Комиссия доложила, что обвинение, касающееся разбитого потира, основывалось на действительных событиях. Афанасий был осужден и отправлен морем в Константинополь, где он убедил императора в своей невиновности. Правда, через несколько дней прибыли делегаты от совета в Тире и Константин изменил свое мнение: Афанасий был изгнан в Трир в Галлию.