В отношении религии Грациан вначале занял нейтральную позицию. Будучи в 378 году единственным императором, он издал закон о религиозной терпимости, но согласился на просьбу папы о предоставлении военной силы для того, чтобы заставить непокорных епископов принять юрисдикцию римской епархии. В следующем году указ о религиозной терпимости был отменен, возможно под влиянием Амвросия, епископа Милана, и было возобновлено гонение на еретиков.
С 374 по 397 год Амвросий играл ведущую роль й в церковных и в государственных делах. Он был сыном преторианского префекта и по существу являлся консулом Эмилии, когда был всенародно избран епископом Милана. Он отличался решительным, если не сказать — деспотичным, характером и эта самоуверенность еще более усиливалась его принадлежностью к сенаторскому сословию (в это время- епископы обычно были выходцами из незнатных родов). Он неправомерно вмешивался во все церковные споры на территориях вплоть до Паннонии и даже Дакии и претендовал на то, чтобы диктовать свою политику правительству в делах религии и морали. Когда Феодосий наказал епископа Каллиники в Месопотамии за сожжение еврейской синагоги, Амвросий, применив церковный террор, заставил императора отменить свой указ и вновь, когда Феодосий устроил. резню среди населения Фессалоники за самосуд над его п^1$1ег тПШпп, Бутари-ком, Амвросий отказался с ним общаться до тех пор, пока тот не принес покаяния. Вполне возможно, что кампания Феодосия против язычества была также вдохновлена Амвросием.
Правление Максима отмечено в основном только процессом над Присциллианом, испанским еретиком, и его последователями. Присциллиан и несколько его сторонников были казнены по обвинению в магии, но на самом деле — за религиозные верования, а всеобщие преследований были отменены только в результате протестов Мартина, епископа Тура.
Юстина, которая была арианкой, заставила своего сына, Валентиниана II, издать закон о провозглашении веры ари-анского православия и потребовала отдать церковь в Милане арианцам. Она вынуждена была тем не менее уступить Амвросию, который организовал пассивное сопротивление католиков.
По своему воспитанию Феодосий был убежденным приверженцем никейского символа веры, а по темпераменту'' — фанатиком и сторонником авторитарной власти. Через год после принятия трона он издал указ (27 февраля 380 года), признающий доктрины Дамасия Римского и Петра Александрийского основами истинной католической веры, а еще через год (10 января 381 года) он приказал отдать все церкви епископам, признающим католическую религию, как он ее понимал. Навязывая церкви этими действиями свои собственные верования, он в мае 381 года собрал Собор 150 епископов в Константинополе. Собор утвердил решения императора и издал два канона об организации церкви. Первый из них признавал второе по значимости место за константинопольской епархией, Новым Римом, а другой устанавливал верховный авторитет епископа Александрийского в Египте. В других провинциях восточной части епископы каждой провинции должны были вести свои дела без местного вмешательства. Собор, по просьбе императора, должен был утвердить список возможных кандидатов, из которых он бы мог выбрать нового епископа Константинополя. В результате был выбран Нектарий — набожный, но все еще не крещенный сенатор.
Феодосий был фанатичным преследователем еретиков, против которых он издал не менее восемнадцати законов. Его взгляды совпадали со взглядами большинства восточных епископов, которые к тому времени уже примирились в ЬотооиБюп. Арианство быстро потеряло былую важность и сохранилось по существу только среди германских племен. Вестготы былй обращены еще при Констанции. В то время, как разновидность арианства стала официальной верой империи, они остались верными доктрине, полученной от их первого епископа, Ульфилы, который перевел Священные Писания на готский язык. Остготы, вандалы, бургунды и другие племена* похоже, унаследовали свою христианскую веру от вестготов.