Захватив юго-восточный Афганистан, оккупанты начали грабить города и села и притеснять население. Среди афганских племен нарастало глубокое возмущение. В результате от пассивных форм протеста афганцы стали переходить к открытому сопротивлению оккупантам. На первых порах оно проявлялось в нападениях на английские обозы и на отставших от своих частей британских солдат. Постепенно борьба афганского народа против интервентов начинала принимать все более и более массовый характер.
Тем не менее на этом англичане не остановились. Ведь бедный природными ископаемыми Афганистан им был нужен лишь как стратегический плацдарм для наступления на богатую Среднюю Азию и Иран. Именно с этой целью британскими захватчиками были сформирована армия, которая в 1840 г. двинулась на север Афганистана, к Гиндукушским перевалам. Однако эти войска потерпели поражение от народного ополчения, созданного узбекским и таджикским населением левобережья Аму-Дарьи.
Афганский народ также выступил против оккупантов. Англичане были деморализованы и вынуждены временно отказаться от новых военных планов, бежав из Афганистана в свои индийские владения. Так в 1842 г. бесславно закончилась первая Англо-афганская война. Ее исход был крайне неблагоприятен для английских колонизаторов. За три с половиной года военных действий потери англо-индийской армии составили свыше 18 тыс. чел., а военные издержки — 15 млн фунтов стерлингов. При этом цель войны не была достигнута, и Афганистан по-прежнему оставался непокоренным.
Впрочем, вскоре после поражения в Афганистане Британия вновь предприняла наступательные действия в Северной Индии, постепенно приближая свои владения к границам Афганистана. В 1843 г. после непродолжительной, но упорной борьбы с народным ополчением синдцев и белуджей колонизаторы захватили Синд и часть Белуджистана. В 1845 г. англичане спровоцировали войну с Пенджабом, в результате которой аннексировали часть его территории и навязали этому государству договор, значительно ограничивший его суверенитет.
Тем временем в Средней Азии столкнулись русские и английские торговые интересы. Для подрыва русской торговли в Средней Азии британские предприниматели стали широко продавать свои товары по заниженным ценам. В этой связи в своей книге «Очерки торговли России со Средней Азией» известный русский востоковед, профессор П. И. Небольсин писал по этому поводу:
«Англичане в желании совершенно подорвать сбыт русских товаров навезли в 1841 и особенно в 1842 гг. в Бухару такое множество своих изделий и пустили их по такой низкой цене (как говорят, в явный даже себе убыток), что весь народ кинулся на эту новинку и не обращал уже внимания на наши ситцы, коленкоры и сукно. Удалив таким образом наших торговцев… англичане через год или два разом подняли цену на свои товары более чем вдвое».
Департамент внешней торговли России указывал на сокращение русского вывоза в Среднюю Азию в 1845 г. в связи с «усилившимся привозом на бухарский рынок ост-индских и английских товаров, которых цены далеко ниже наших». А отчет департамента за 1847 г. констатировал:
«Совместничество английских товаров по бухарским и хивинским рынкам препятствовало выгодному сбыту русских бумажных изделий и некоторых других товаров».
В ответ на агрессивные действия Великобритании в Иране, Афганистане и Средней Азии Петербург, начиная с 1839 г., приступает к русской экспансии в Средней Азии. Используя в качестве повода периодические нападения кокандцев на казахов, уже являвшихся в то время российскими подданными, Россия проводит под руководством генерал-адъютанта В. А. Перовского военную экспедицию за реку Или, разрушив при этом укрепление Таучубек, служившее опорным пунктом для кокандского хана, а в 1854 г. на реке Алматы русскими было построено укрепление Верное, ныне Алматы. Вскоре после чего весь Заилийский край вошел в состав России.
Для дальнейшего укрепления границы оренбургский военный губернатор В. А. Обручев построил в 1847 г. укрепление Раим (Аральское), близ устья Сырдарьи, а в 1852 г., по инициативе нового оренбургского губернатора Перовского, полковник И. Ф. Бларамберг с отрядом в 500 чел. разрушил две кокандские крепости Кумыш-Курган и Чим-курган и штурмовал Ак-Мечеть.