Записи в вахтенном журнале и показания указанных лиц свидетельствовали о том, что до момента потери связи на «Трешере» произошло что-то неладное. Однако о последних сообщениях с подводной лодки на «Скайларк» и о том, что на спасательном судне слышали шум стравливаемого воздуха и звук разламывающегося корабля командование ВМС узнало только 13 апреля при ведении следствия, то есть через три дня после гибели «Трешера». На пресс-конференции, состоявшейся через 25 часов после гибели «Трешера», адмирал Андерсон заявил, что последнее сообщение с подводной лодки говорило о том, что на ней все шло нормально. В свою очередь начальник информационного отдела ВМС сообщил, что до показаний Уотсона в комиссии по расследованию командование ВМС абсолютно ничего не знало о звуках и шуме, которые слышали на «Скайларке».
13 апреля комиссия заслушала показания Шэфера — старшего брата двух старшин, погибших на «Трешере». Он заявил, что его братья «не были уверены» в том, что те, кто ремонтировали корабль, делали свою работу добросовестно. Шэфер указал, что его братьев беспокоила мысль, что с«Трешером» может что-то случиться. Это же подтвердил и сварщик судоверфи «Электрик боут» Мэйн. Затем перед комиссией выступил начальник отдела подводных лодок главного управления кораблестроения капитан 1 ранга Керн. Он указал, что на глубине 2560 метров корпус «Трешера» несомненно должен был целиком заполниться водой, отсеки разрушиться и корабль — разломиться, в результате чего некоторые предметы должны были всплыть на поверхность.
Затем комиссия и эксперты осмотрели предметы, подобранные в районе гибели «Трешера». Было установлено, что они не радиоактивны.
15 апреля комиссия заслушала командира «Скайларка» Хеккера. Он несколько иначе истолковал содержание последнего сообщения «Трешера». Хеккер утверждал, что с «Трешера» передали: «Испытываю незначительные трудности… Имею дифферент на корму… Пытаюсь продуть цистерны». Хеккер добавил, что сообщение передавал совершенно спокойный голос. Вскоре после этого он ясно услышал шум, который свидетельствовал, что подводная лодка продувала балластные цистерны. Одновременно Хеккер услышал голос, пытавшийся, казалось, сквозь шум стравливаемого воздуха передать что-то, но разобрать слова он не смог. Далее командир «Скайларка» доложил, что он не мог обозначить место последнего погружения «Трешера» по той причине, что длина имевшегося на корабле нейлонового троса не превышала 2200 метров.
На вопрос комиссии о замеченном со «Скайларка» неизвестном судне в районе поиска Хеккер доложил, что он видел судно и подходил к нему на дистанцию три мили, но, убедившись, что это не «Трешер», отошел и потому не знает, что это было за судно и куда оно ушло. В ходе расследования комиссия предъявила Хеккеру обвинение в том, что он своевременно не донес командованию ВМС содержание последнего сообщения «Трешера».
В ходе следствия многие задавали такие вопросы: «Почему Хеккер в течение полутора часов не сообщал о потере связи с подводной лодкой и не указал в своем донесении, что она передавала об испытываемых ею затруднениях?», «Что означают утверждения, что ремонтные работы на «Трешере» выполнялись недоброкачественно?», «Имело ли какое-либо отношение к гибели «Трешера» виденное «Скайларком» неизвестное судно?»
15 апреля комиссия заслушала командира дизель-аккумуляторной лодки «Догфиш» Ларкомба. Он сообщил, что за день до выхода «Трешера» в море Харвей заверил его, что его лодка и экипаж готовы к выполнению программы испытаний. То же самое заявил и офицер штаба 2-й группы опытовых лодок капитан 3 ранга Беллах. Один из ведущих инженеров ВМС — главный инженер портсмутской судоверфи капитан 1 ранга Хиронимас, знавший все, что делалось на «Трешере» во время ремонта, заявил, что подводная лодка была отлично подготовлена к проведению испытаний в море. Он подчеркнул, что и экипаж «Трешера» был хорошо подготовлен к выполнению поставленных перед ним задач.
Выступивший перед комиссией командующий подводными силами Атлантического флота вице-адмирал Гренфелл заявил, что по командной линии ни на Хеккера, ни на работников судоверфи не оказывалось никакого нажима с целью ускорить возвращение «Трешера» в строй. Он указал также, что личный состав «Трешера» был не менее опытен, чем на других атомных подводных лодках ВМС США. Касаясь возможных причин гибели лодки, адмирал заявил, что его мнение на этот счет имеет секретный характер. Это свое мнение Гренфелл доложил на закрытом заседании.
16 апреля комиссия заслушала контр-адмирала Рэмиджа. Он заявил, что о последнем сообщении «Трешера» узнал от Уотсона только через два дня после принятия на себя обязанностей руководителя поиском лодки. При этом адмирал добавил, что эта информация не могла повлиять на планы поиска, но если бы она была получена своевременно, то первоначальная оценка событий была бы сделана быстрее. Рэмидж сообщил также, что замеченное «Скайларком» неизвестное судно было норвежским траулером, не имевшим никакого отношения к гибели «Трешера». Затем адмирал рассказал о том, что было найдено в радиусе 20 миль в районе поиска в течение первых двух дней после гибели «Трешера»: масляные пятна, куски пробки и пластмассы, рабочие перчатки. Он подтвердил высказанное адмиралом Гренфеллом мнение о хорошей подготовленности экипажа «Трешера» к проведению глубоководных погружений.
18 апреля комиссия заслушала начальника портсмутской судостроительной верфи контр-адмирала Палмера. «Трешер» строился и ремонтировался на этой верфи, и Палмер считал необходимым присутствовать на заседаниях комиссии и сообщить свое мнение по многим вопросам. Затем показания в комиссии дал инженер-электрик лейтенант Маккул и старшина машинного отделения Дестефано — двое из четырех членов экипажа «Трешера», которые по разным причинам не были на нем в день его гибели.
Оба показали, что, пока «Трешер» находился на верфи, на нем постоянно возникали неполадки с забортным клапаном для питания охладительных систем. Кроме того, Маккул указал, что из-за неисправности редукционных клапанов, которые приходилось заменять почти ежедневно, воздушные системы корабля работали плохо. Воздушные системы, как известно, имеют жизненно важное значение для подводной лодки, так как они обеспечивают продувание балластных цистерн и тем самым всплытие лодки на поверхность. Маккул доложил комиссии, что при проверке клапанов гидравлической системы оказалось, что в двадцати случаях из ста они монтировались неправильно. Лейтенант отметил также один случай неправильной установки механизмов управления перископом. Более того, как показал Маккул, за день до выхода «Трешера» на испытания на нем пришлось менять механизмы управления горизонтальными и вертикальным рулями. Маккул сообщил комиссии, что в марте из-за технических неполадок пришлось прекратить швартовые испытания «Трешера». Он указал также, что в ночь перед выходом «Трешера» на испытания рабочие верфи налаживали на нем горизонтальные рули. Под конец лейтенант заявил, что все обнаруженные в ходе ремонта дефекты были устранены.
Дестефано сообщил комиссии, что учения по борьбе за живучесть, которые проводились на «Трешере» в марте во время швартовых испытаний, не дали желаемых результатов по той причине, что личный состав не был знаком с новым, измененным расположением забортных клапанов. Кроме того, как указал Дестефано, во время учений обнаружилось, что некоторые важные невозвратные клапаны с весьма непонятными названиями были установлены неправильно. Силами экипажа этот дефект был устранен. Как Маккул, так и Дестефано очень тепло отзывались об Аксене и Харвее.
Выступавший перед комиссией химик судостроительной верфи указал, что подобранный в районе гибели «Трешера» обгоревший кусок пластмассы со следами разрыва, используемой для защиты ядерного реактора на подводных лодках этого типа, имел признаки, свидетельствовавшие о том, что он подвергся моментальному воздействию пламени. Он подчеркнул, что признаков продолжительного действия огня на кусок пластмассы нет. Химик сообщил также, что им проведены различные испытания этого сорта пластмассы — на разрыв, на удар, на давление — с целью определения причин разрыва, но безуспешно.