«...в изменчивости живых существ и в действии естественного отбора не больше преднамеренного плана, чем в том направлении, по которому дует ветер». Выход из этого тупика дала теория дискретной наследственности, созданная Грегором Менделем (1822—1884), объясняющая наследование существованием соответствующих генов, а отклонений - изменениями в генах, которые происходят в результате влияния внешних или внутренних случайных и неконтролтруемых причин, которые позже были названы мутациями. Под мутациями понимается любое изменение в химической структуре или геометрии ДНК или ее частей под действием сил, не связанных с процессами, органически свойственными этой сверхсложной «молекуле жизни». Мутантный ген передаётся всем потомкам клетки и, чаще всего, приводит к тому, что все эти клетки начинают функционировать иначе. В 1920-х годах, спустя годы после смерти Ч. Дарвина, был осуществлен синтез дарвинизма и генетики, и сформулированы положения Синтетической Теории Эволюции (СТЭ), которые и являются сегодня наиболее распространенными. Однако, с тех пор, в связи с развитием молекулярных исследований и расшифровкой генома, появилось такое количество проблем и необъяснимых фактов, что от благодушия, связанного с кажущейся стройностью СТЭ, не осталось и следа. Свою лепту внесли и эксперименты с искусственно индуцированными мутациями, и тот факт, что палеонтологи были вынуждены констатировать отсутствие многих ископаемых переходных форм разных групп организмов, т.е. неполноту палеонтологической летописи, что необъяснимо с точки зрения постепенной дарвиновской эволюции. Последнее, кстати, является одним из аргументов церковников, которые для проталкивания идеи сотворения мира богом – креационизма, не гнушаются использовать трудности дарвинизма и палеонтологии. Правда, отсутствие переходных форм пытались объяснить так называемой гипотезой прерывистого равновесия (punctuated equilibrium), т.е. эволюции, которая проходила в разные периоды истории жизни на Земле с разной скоростью. Она объясняет отсутствие некоторых переходных форм тем, что вероятность сохраниться в виде ископаемых останков у них была невелика, поскольку они претерпевали быструю эволюцию. Но на каком-то этапе в этом ряду форм, быстро меняющихся из поколения в поколение в соответствии с этой теорией, появлялись организмы, более совершенные, лучше приспособленные, чтобы жить продолжительное время не меняясь, поэтому и остатки их - отпечатки, скелеты и т. п., обнаруживались учеными достаточно часто, в отличие от быстро исчезавших переходных форм. Выглядит не слишком убедительно, поэтому на свет появились и другие теории эволюции. Например вирусологическая теория эволюции, считающая главным фактором наследственной изменчивости не мутации, а заражение вирусом. Вирус, как известно, способен переносить значительное количество генетического материала и тем самым вызывать резкое, скачкообразное изменение сразу многих признаков того или иного вида [21]. Еще одним является предположение Ю.В. Чайковского. В статье «Что же движет эволюцию?» [22], он пишет: «Самая главная... ошибка (дарвинистов) - утверждение об отсутствии какой-либо собственной активности генома, за исключением случайных мутаций и случайных же рекомбинаций... ...Генетическая система являет... зияющую дыру: якобы ее надо считать пассивно ждущей случая измениться, притом неизвестно, в какую сторону». Вывод очевидный: новые морфологические особенности организма, механизмы защиты, питания, приспособления к природным условиям, виды, классы и т.д. образуются потому – согласно Ю. Чайковскому, что их возникновение определяется собственным механизмом активности генома, практически не зависящим от внешних условий. И вот эти-то новые особи, если они вообще оказываются жизнеспособными, стараются найти незанятую нишу, или вытеснить уже существующие организмы, или ...дожидаются их естественной гибели! Под активностью генома автор не имеет ввиду ничего конкретного и определенного, ограничиваясь утверждением: «(активность) можно лишь ввести как постулат, обобщающий единое впечатление от природы. По той же причине нельзя дать ей определение. ...Наиболее короткое описание таково: всякое развитие объекта происходит под действием некоторой формы активности; это развитие приводит к появлению более сложных объектов, что в свою очередь порождает более сложную форму активности и так далее». В качестве примера приводится сравнение с гравитацией, которая собирает пылинки, образуя небесное тело, или с валентностью: два простых вещества соединяются в сложное. Также и геном, согласно автору цитируемой статьи, обладает «активностью», которая его меняет, что и служит причиной видообразования. «...Поиск нормы, а вовсе не случайные мутации, поставляет основной материал для эволюции». В отличие от сказанного, заведующий лабораторией молекулярной генетики Института проблем химической физики РАН, доктор биологических наук В. П. Щербаков в выше упоминавшейся статье, опубликованной в двух номерах «Журнала общей биологии», не подвергает сомнению роль мутаций, однако считает, основываясь на термодинамических соображениях, что «эволюция направлена на прекращение эволюции, ...эволюция — это создание не просто нового, а нового, которое сопротивляется дальнейшим изменениям».