По новому уложению оба министерства были подчинены ИГШ и входящим в него Главным Штабам, а единственной их обязанностью отныне была администрация всякого рода. Проще говоря — добывание и распределение денег. Чтобы подчеркнуть этот "чисто административный" статус, начальники получили указание на службу надевать мундиры не офицерские, а чиновные. И хотя это означало повышение — для Куропаткина, всего лишь генерал-лейтенанта, аж на два ранга, поскольку чин Имперского Министра по Табели относился ко II классу… Но новые "чиновники" восприняли это крайне негативно.
Как и их "товарищи по несчастью", те, что в свое время выбрали не строй, а "теплое местечко": только в одной Канцелярии Военного Ведомства в "штатское" состояние были обращены одиннадцать (!) генералов и двадцать пять офицеров. Блистательные полковники и капитаны, внезапно превратившиеся в каких-то СОВЕТНИКОВ и СЕКРЕТАРЕЙ, хором взвыли. Но было поздно.
Собственно Имперский Генеральный Штаб делился на пять главных управлений, подчиненных пяти пронумерованным генерал-квартирмейстерам, два отдела, три службы и отдельное Центральное управление: отделы "организации ГенШтаба" Ц-1, ведающий вопросами организации работы и внутреннего порядка в Генеральном Штабе и управлением Корпуса Генштабистов, и "общевойсковой боевой подготовки" Ц-2, занимавшийся отработкой взаимодействия родов войск от бригады и выше, а во время войны также обобщением и распространением нового опыта в боевой подготовке войск и командного состава действующей армии и армии резерва — если это не проводилось по линии отдельных родов войск, а касалось общевойсковых соединений.
1-й генерал-квартирмейстер возглавлял Оперативное управление, состоящее из четырех отделов. Здесь составлялись планы операций, а во время войны с его помощью Верховный Главнокомандующий оперативно руководил войсками. В задачи "операторов" входила подготовка директив, анализ и обработка оперативной информации, распределение сил и средств в действующей армии и флота. Отделы делились по направлениям — I-а "Европа", I-б "Юг", I-в "Восток" и I-м "Морской".
2-й генерал-квартирмейстер начальствовал над Организационно-Мобилизационным Управлением, в которое входили отдел российской статистики II-а ("Ростат-отдел"), собиравший всю возможную статистическую информацию о России — в первую очередь военную и военно-промышленную, но не только, мобилизационный отдел II-б и отдел II-в, в ведении которого находились вопросы организации войск действующей армии (потому чаще он именовался "ОРДА"). 3-й отдел также определял права и обязанности создающихся инстанций действующей армии и разрабатывал вопросы организации высших органов управления военного времени.
В подчинении 3-го генерал-квартирмейстера находилось Главное Разведывательное Управление — всего восемь отделов, включая три аналитических: отделы III-а, "Иностранная статистика-Европа", III-б, "Инстат-Юг" и III-в, "Инстат-Восток". Добыванием информации занимались два отдела: через 7-й, "Военно-Дипломатический", проходила вся информация, добытая военными и морскими атташе, а 9-й отдел — "Земля" — ведал разведывательными и контрразведывательными пунктами в штабах приграничных военных округов, флотов и бригад ОКПС, Отдельного Корпуса Пограничной Стражи. Отдел III-д именовался "группой технического обеспечения" — здесь делали фальшивые документы, мгновенно смывающуюся краску для волос, ядовитые карандаши, стреляющие портсигары… и тому подобные чудеса из фильмов о Джеймсе Бонде. 11-й отдел состоял из двух групп — связи и шифров. "Отдел Особых Операций" — три "О" или "Три-О". Поэтому отдел получил 15-й номер — III-o. Такая типа шутка. В составе отдела имелась группа "Центр", планировавшая и осуществлявшая стратегические… операции, и управление "Терра", в ведение которого входили батальоны особого назначения, оперативно подчиненные армейским и фронтовым штабам, а также морской особый отряд "Нереида".
4-й генерал-квартирмейстер руководил Управлением полевого материально-технического снабжения. Ему подчинялись отделы руководства снабжением войск, военной администрации и собственно материально-технического снабжения. В тот же IV-в входили транспортная и инженерная службы полевого тыла.
5-й генерал-квартирмейстер во время войны, когда ИГШ делился на Ставку Верховного Главного Командования и тыловые органы штаба, оставался в Петербурге и осуществлял контроль за всеми тыловыми органами ИГШ. В его подчинении находилось Научное управление — отделы военно-научный (V-a), занимающийся "направлением ученой деятельности генерального штаба и развитием образования в армии", военной истории и геральдики (V-б) и топографический (V-в), гидрографическая и метеорологическая службы. Отделу V-в был подчинен особый Корпус Топографов.