Во внутренней междоусобной войне республика также одержала заметные успехи. Уже к концу 1794 г. бретонские крестьяне, называемые шуанами, практически были усмирены.
Английская экспедиция, отправленная в следующем году во Францию с намерением возобновить междоусобицу, потерпела фиаско. Британский королевский флот 27 июня 1795 г. доставил на полуостров Киберон (южная часть французского департамента Бретань) 3500 вооруженных эмигрантов с целью организации помощи восставшей Вандее. Однако мятеж был жестоко подавлен генералом Гошем. К середине июля республиканские войска взяли в плен 6000 роялистов и их подручных. Из высадившегося десанта спаслось меньше половины. В марте следующего года вандейское восстание было окончательно подавлено. Через много лет, находясь в ссылке в Америке, Моро вспомнит об этой экспедиции, но по другому поводу.
Будучи главным соратником Пишегрю в завоевании Голландии, Моро вскоре становится и его другом. Жан-Шарль Пишегрю был в то время боевым генералом, 34 лет, крепкого телосложения и физически очень сильным. Его жесткое, почти грубое лицо выражало мужество и упорство. В прошлом преподаватель математики в военной школе в Бриенне (где учился молодой Бонапарт), он в 1780 г. поступает в королевскую артиллерию и принимает участие в кампании в Америке. По возвращении во Францию Пишегрю получает звание сержанта. Этот молодой унтер-офицер приветствовал революцию, а она, благодаря его храбрости и военному таланту, не заставила себя долго ждать и вскоре сделала его генералом. Конвент считал его незапятнанным. «Это человек с душой настоящего республиканца, — писал о нем народный представитель в армии Ришар, — для тех, кто его слушает — это Тацит и Плутарх в одном лице. Он не зря ест свой хлеб». Да, покушать генерал любил и всегда ел много — у Пишегрю было отличное здоровье и отменный аппетит. Однако поглощал он свой армейский паёк отнюдь не всухомятку — частенько запивая его немалыми дозами хорошего французского вина.
Моро тоже не был аскетом. Если ему требовался хлеб, то у него не было нужды просить взаймы 50 луидоров у своего шефа на пропитание.
В 1795 г. якобинцы решили принять новую конституцию. Роялисты, со своей стороны, видели в ее статьях средства для достижения контрреволюционных целей. Рассчитывая на враждебное отношение к якобинскому правительству как черни, так и именитых парижских горожан, они задумали произвести государственный переворот и низложить якобинцев, а потому принялись активно агитировать в военных и политических кругах. Летом 1795 г. республиканские армии оказались охваченными каким-то странным бездействием. Полагали, что Пишегрю умышленно парализовал как свои собственные войска, так и армию Журдана. Бесцельное перемирие, заключенное ими с австрийцами, похоже, подтверждает это предположение. Как впоследствии выяснилось, некоторые члены Конвента поддерживали тесные связи с роялистами.
14 марта 1796 г. генерал Моро принимает на себя командование Рейнско-Мозельской армией, куда он прибывает 23 апреля. В это время ее штаб-квартира находилась в Страсбурге. С июня по октябрь 1796 г. разворачивается знаменитая Рейнско-Дунайская кампания. Журдан переправляется через Рейн в Дюссельдорф, а Моро в Келе. У каждого из них имелось около 75 000 человек, тогда как армия эрцгерцога Карла, ослабленная войсками, отправленными Вурмзеру в Италию, оказалась численно слабее. По плану кампании, одобренному Директорией, обе французские армии должны были двигаться параллельно друг другу в глубь Германии, держась южнее нейтральной полосы, а затем, вступив через Тироль в связь с армией Бонапарта, надлежало всем сообща ударить по австрийской столице. Сражаясь против эрцгерцога Карла, Моро выходит победителем в битве при Раштатте 5 июля и продвигается до Штутгарта, а затем и Мюнхена, столицы Баварии. Следует череда блестящих, но малоизвестных побед Моро — Эттлинген (8 июля), взятие Пфорцхайма (14 июля) и, наконец, Штутгарт. Затем следуют Нересхайм (И августа) и Фрайдберг (24 августа). Тогда Вюртемберг и Баден заключают с Францией сепаратный договор, а Саксония, отозвав свои войска из коалиционной армии, объявляет себя нейтральной по примеру Пруссии. В свою очередь Журдан овладевает Вюрцбургом 11 сентября и выигрывает сражение под Альтенкирхеном, но на пути к Регенсбургу (Ратисбон) встречается близ Ноймаркта с армией эрцгерцога Карла и терпит сокрушительное поражение. Молодой эрцгерцог сумел воспользоваться уроком, который преподнес ему командующий Рейнской армией. Однако поражение Журдана при Вюрцбурге поставило под удар всю армию Моро. Вынужденный отступить, отбивая стремительные атаки австрийского генерала Латура (в корпус Байе-Латура входили французские эмигранты герцога Конде), ему удается остановить последнего у Бибераха. Кстати, знамена для корпуса Конде были вышиты воспитанницами Смольного института благородных девиц в Петербурге по просьбе Павла I.