Сдерживая напор и искусное преследование эрцгерцога Карла, Моро с армией пересекает лесной массив Шварцвальд; вновь переходит р. Рейн и приводит во Францию целой и невредимой лучшую из революционных армий республики, даже несмотря на поражение, которое он потерпел при Эммендингене 19 октября 1796 г. «Если Моро и не обладал тем ярким гением, который его соперник с успехом применял в Италии, — пишет Тьер, — то он имел твердость духа и стойкость, неподвластную несчастьям… Он командовал армией, численностью более 60 000 человек, моральный дух которой не могло сломить ни одно поражение, а вера в своего командира только придавала ей силы. Имея такой ресурс за спиной, он ничего не опасался и принял решение отвести войска во Францию». Моро отступал в образцовом порядке вдоль правого берега Дуная на Биберах, имея в качестве прикрытия озеро Констанц. Здесь, под деревушкой, полное название которой Биберах-ан-ден-Рисс, Моро одержал одну из своих блестящих побед этой кампании. 2 октября он взял 5000 пленных, 20 пушек и несколько знамен у Байе-Латура.
Некоторые историки считают, что генерал Моро оставался в оборонительной позиции в течение всей осени 1796 г. На самом деле это не совсем так.
Находясь у истоков Дуная на высотах Донауэшингена, Моро созывает военный совет с командирами трех корпусов. Вопреки мнению Гувьона Сен-Сира, он принимает решение передислоцироваться на Рейн через Нойштадт — Фрайбург в Брайзахе. В Шварцвальде на высоте 1000 м над уровнем моря Моро в диких местах Черного леса отбивает бесполезные атаки неприятеля. Холод дает о себе знать. Обмундирование пришло в негодность: солдаты плохо одеты, а треть из них без обуви. Разрозненные банды германских партизан тревожат тылы, жгут фургоны с фуражом, перехватывают обозы с продовольствием, пытают отставших, издеваются над ранеными. Поставив повозки с ранеными в центр колонны, Моро идет на Страсбург. Здесь, у Келя, разворачивается сражение с войсками эрцгерцога Карла. Город Кель — это ворота во французский Эльзас. Пишегрю (уже на стороне австрийцев) уговаривал эрцгерцога немедленно атаковать Кель, чтобы открыть ворота во Францию. План Пишегрю был прост: собрать разбитые войска Моро под знаменем Бурбонов и вместе с австрийцами идти на Париж.
Но не тут-то было. В ноябре Моро атакует западный выступ австрийской боевой линии у Келя, чуть южнее его поддерживает Лекурб, а генерал Декан — в центре. Многие редуты взяты, но французы не в состоянии отбить стремительную атаку численно превосходящих австрийцев. Потеряв пленными 800 человек, среди которых много старших офицеров, Моро отдает приказ к отступлению. При отходе французы не забывают заклепать 15 австрийских пушек и 8 увезти с собой. Французы теряют 3000 человек убитыми, ранеными и пленными. В ночь на 24 ноября 1796 г. эрцгерцог Карл начинает подготовку к осаде. В стане французов много больных и раненых, в артиллерии не хватает канониров, их заменяют артиллеристами из конной артиллерии, но и они истребляются в результате ежедневных обстрелов; кроме того, в Страсбурге действует «пятая колонна» — целая армия шпионов, организованная Пишегрю. Из документов, захваченных у австрийца Клинглина, о которых мы расскажем ниже, неприятелю были известны часы начала выступления войск и прохождения их через единственный мост в Келе, который австрийцы методично обстреливали, нанося ощутимый урон живой силе французов. Тем не менее, и это делает им честь, французы продержались целых 45 дней.
Однако 9 января 1797 года генерал Дезе (правильно по-французски его фамилия произносится Дезекс) подписал капитуляцию, которая была вручена эрцгерцогу Карлу и генералу Бельгарду.
Другое предмостное укрепление наплавного моста у Юнинга защищал генерал Абатуччи, позиции которого подвергались интенсивному артиллерийскому обстрелу с правого берега Рейна, где была установлена мощная австрийская батарея. Князь Фюрстенберг направил своего парламентера с предложением сдать мост, на что храбрый французский генерал ответил: «Попробуйте его взять!» После чего последовала сильная атака австрийцев, которая была отбита, оставив у моста 1800 человек убитыми и ранеными. На рассвете, повернувшись спиной к австрийцам, чтобы оценить свои собственные потери, генерал Абатуччи был убит выстрелом из ружья в спину одним легко раненным венгерским гренадером, который замаскировался и всю ночь прятался в небольшой траншее.