Первое свое сражение Жубер решил дать у северных отрогов Апеннин под прикрытием реки Скривии. Это сражение произошло у местечка Нови 15 августа 1799 года. Моро не советовал Жуберу принимать бой, так как напротив стоял Суворов, лучший генерал коалиционных войск. Суворов по образу своих действий чем-то напоминал Наполеона, но только был значительно старше последнего. «Старый скиф», как и Бонапарт, любил стремительные атаки. Суворов искусно применял смешанный боевой порядок (колонна — линия). «Пуля — дура, штык — молодец», — говорил он. Суворов, как и Бонапарт, преодолевал суровые Альпы и отдавал предпочтение фронтальным атакам. Кроме того, у Суворова были казаки. Эти «дикие люди» наводили ужас на французов, а длинные казачьи пики могли достать любого неприятельского кавалериста и не только. Более того, Суворов получил подкрепление в 12 000 австрийцев барона фон Края, высвободившихся в связи с капитуляцией Фуассак-Латура в Мантуе.
Сийес тревожно следил за первыми шагами генерала Жубера по ту сторону Альп. «Он не сводил глаз с этого сверкавшего на горизонте клинка, от которого могло прийти спасение», — писал Альберт Вандаль.
Как мы уже упоминали, назначенный в июле 1799 г. командующим вновь формируемой Рейнской армии, Моро был заменен Жубером в Италии, но последний, желая иметь при себе столь опытного советника, попросил Моро задержаться. Движимый патриотическими чувствами, Моро согласился. Этот патриотизм, как мы увидим ниже, сослужит ему плохую службу.
Жубер прибыл в Итальянскую армию 17 термидора (4 августа 1799 г.). Он тотчас же двинул ее вперед и в силу врожденной своей решительности, и сообразуясь с установленным планом. К тому же французские солдаты, изголодавшиеся в суровых апеннинских ущельях, надеялись вновь найти изобилие во всем на равнинах Ломбардии. Жубер знал, что Суворов близко, но надеялся, что осада Мантуи удержит вдали от него часть австрийских войск, действовавших совместно с русскими. Однако Мантуя, как оказалось, сдалась уже пять дней тому назад, и австрийцы форсированным маршем спешили на помощь Суворову.
Первое столкновение произошло 26 термидора (13 августа); а на рассвете 28 термидора, т.е. 15 августа, в день рождения Наполеона, перед французами открылась вся русская армия, развернувшаяся перед Нови. Жубер немедленно устремился в атаку на линию аванпостов. С обеих сторон уже началась перестрелка. С виноградников и из предместий, которыми была изрезана местность, раздавалась ружейная стрельба, еще слабая и редкая, Жубер несся вперед, увлекая за собой слабеющую колонну; вдруг он упал с лошади, истекая кровью, раненный пулей в грудь навылет. Его отнесли в тыл на носилках, прикрытых холстом, чтобы вид умирающего вождя не деморализовал солдат, и еще до полудня он скончался. Делать было нечего, и Моро пришлось взять на себя командование плохо подготовленным и плохо организованным сражением против грозного и непобедимого Суворова. Пальба разгоралась; битва завязывалась серьезная и жаркая. В течение 12 часов республиканские войска стойко держались под артиллерийским и ружейным огнем, защищая свои позиции, отбивая постоянно повторявшиеся атаки русских. Под Моро было убито две лошади (по другим сведениям три). Но в конце концов, когда подоспевшие в полдень австрийцы обошли французов с левого фланга, их шеренги расстроились, и армия отступила, хотя в порядке, но потеряв свою артиллерию, несколько генералов и много пленных. Моро снова увел ее за Апеннины и мог прикрыть только Геную, оставив во власти неприятеля весь полуостров, кроме узкой кромки Лигурийского побережья.
Первая весть об этой катастрофе была получена 9 фрюктидора. Парижу сообщили, что в Италии произошло кровопролитное сражение, что потери неприятеля огромны, значительно больше, чем у французов, но что Жубер погиб. «Как ни равнодушно стало большинство французов к славе родины, — писал Альберт Вандаль, — предчувствие несчастья и смерть Жубера повергли в уныние общество».
Впечатление катастрофы еще усиливалось тем, что полученные сведения были облечены какой-то таинственностью; так называемые «осведомленные» люди отвечали на вопросы сдержанно, с недомолвками, иные как будто не смели сказать всего, что знали. «Глухо циркулировал слух, — продолжает Вандаль, — будто Жубер, сраженный в самом начале боя, был ранен вовсе не вражеской пулей, но кем-то из предателей-якобинцев, прокравшихся в ряды армии или в обоз; что это гнусная фракция, искавшая в каждом народном бедствии удовлетворения своим зверским аппетитам и мести за свои обиды, недавно только пытавшаяся среди Марсова Поля умертвить двух членов Директории, подло преследовала по пятам молодого генерала с целью убить в лице его надежду всех честных людей во Франции». Можно ли было этому верить? Многие думали, что это было убийство. Перед отъездом в армию Жубер получил довольно безграмотное письмо, в котором его земляк настоятельно просил свидания. Жубер, по-видимому, не соглашался. Возможно, его хотели предупредить об опасности и посоветовать быть настороже. Как бы то ни было, правительство, объявив в стране траур, оказало памяти Жубера необычайные почести.