Наполеон принимает решение покинуть Египет и следовать прямо во Францию, а не в Италию, куда он, по словам Бурьена, вначале намеревался отправиться (вот откуда родились слухи о высадке Бонапарта в Генуе), чтобы восстановить там славу французского оружия.
17 вандемьера (9 октября) Бонапарт высаживается в Сан-Рафаэле, близ Фрежюса. Не дождавшись призыва Директории, он уже 47 дней назад покинул Египет на фрегате Мюирон, в Аяччо столкнулся с английским флотом, крейсировавшим вдоль берегов Прованса, и чудесным образом ускользнул от него. Париж узнал об этом уже вечером 21 вандемьера.
А между тем Сийес судорожно искал генерала, который мог бы взять на себя роль спасителя отечества. Шампьоне скомпрометировал себя тем, что после взятия Неаполя, 23 января 1799 г., разрешил своим солдатам неограниченный грабеж и насилие, вследствие чего его армия пришла в состояние полнейшей дезорганизации. И хотя Шампьоне оказался честным человеком, ничего не бравшим для себя лично, сменивший его Макдональд не без труда восстановил порядок и дисциплину, но его армия была разбита Суворовым в трехдневном бою под Требией. Мы уже упоминали, что армия Жубера, назначенного вместо Моро, также была разгромлена под Нови, 15 августа 1799 г., соединенными австро-русскими войсками, а сам ее главнокомандующий — убит. Мантуя оказалась к тому времени вынужденной сдаться на милость победителя, но тем не менее Моро с остатками войск Жубера продолжал упорно держаться в Приморских Альпах. Австрийцы под начальством эрцгерцога Карла разбили Массену в первой битве под Цюрихом, но затем ушли из Швейцарии и таким образом доставили французскому главнокомандующему возможность одержать в сентябре месяце на том же месте победу над русским генералом Римским-Корсаковым во второй битве при Цюрихе. Брюн, в свою очередь, разбил 19 сентября того же года под Бергом англо-русскую армию герцога Йоркского и принудил его подписать в Алькмааре капитуляцию, в силу которой эта армия обязалась уйти из пределов Батавской республики. «Бернадот, — пишет Вандаль, — назначенный военным министром, подвизался в этой должности успешнее, чем на дипломатическом поприще. Он и Жозеф Бонапарт были женаты на родных сестрах (Бернадот — на Дезире Клари, кстати, первой любви Бонапарта, а Жозеф — на Жюли), но тем не менее Бернадот не мог считаться бонапартистом по той простой причине, что всегда и везде оставался
бернадотистом». Под его контролем Журдан разработал и провел новый закон о конскрипции, позволявший без труда заполнять бреши в рядах армии. Эта энергичная мера явилась естественным следствием закона Карно, по которому все французские граждане, способные носить оружие, были объявлены подлежащими воинской повинности, но призывались под знамена лишь в случае недостатка в добровольцах.