Проект Наполеона оказался, однако, слишком грандиозным для того, чтобы его можно было применить при тогдашних условиях. Моро не соглашался играть второстепенную роль, а Бонапарт как нельзя лучше сознавал свое политическое положение недостаточно упроченным для того, чтобы ссориться с таким влиятельным соперником. Этот проект Наполеона будет блестяще исполнен им самим несколько лет спустя. Теперь же Моро, считая себя лучшим полководцем республики, не желал пользоваться советами первого консула, даже относительно организации переправы через Рейн.
«Ответственность за неисполнение первоначального плана кампании почти полностью ложится на генерала Моро, — пишет Д. Чандлер. — Несмотря на все свои способности и хладнокровие, он был слишком осторожен по темпераменту и выучке, чтобы провести такую мощную и, по его мнению, опасную серию операций. Безусловно, часть его возражений продиктована и чувством личного соперничества. Он был старше и ему совсем не улыбалось подчиняться приказам молодого корсиканского ловкача”. Вот что вспоминал по этому поводу сам Наполеон: “Было невозможно преодолеть упрямство Моро, желавшего играть какую-нибудь блестящую роль от своего имени. Вначале он отказался быть моим заместителем, если бы я прибыл в его армию, затем он стал возражать против моих планов, утверждая, что переправа у Шаффхаузена опасна”. Моро считал, что маневрировать и прокормить армию на столь ограниченном пространстве невозможно, и, нарушив план Бонапарта, нанеся этот удар по ключевой идее его стратегии, спокойно предложил, чтобы тот “следовал принципам прежних кампаний” и переправился бы через Рейн в четырех удаленных друг от друга пунктах. Этим предложением он хотел перечеркнуть концепцию первого консула — мощного удара по рейнскому выступу, — заменив ее на стратегию широкого фронта с некоторым усилением правого фланга, так как два корпуса он все-таки согласился переправить у Шаффхаузена. Удивительно, что Бонапарт как бы сквозь пальцы посмотрел на такое неповиновение Моро; во всяком случае, тон его писем оставался вполне дружелюбным».
Согласно Жомини, в последующие годы Наполеон более не скрывал своих мотивов и объяснял, почему он не снял Моро с должности командующего Рейнской армии: «Мое положение тогда было еще недостаточно прочным, чтобы идти на открытый разрыв с человеком, имевшим многочисленных сторонников в армии и которому только не хватало энергии, чтобы попытаться занять мое место. С ним необходимо было обходиться как с самостоятельной силой, какую он, собственно, и представлял в то время».
Однако в разговоре с генералом Дессолем, начальником штаба упорствующего Моро, Наполеон дал волю подавленному негодованию, заметив: «Я выполню этот план, который он не может понять, в другом месте театра войны. То, что он не осмеливается сделать на Рейне, я сделаю там, за Альпами». Бонапарт в какой-то мере был отмщен пятью годами позже, в 1805 г., когда блестяще провел Ульмскую операцию.
При таких обстоятельствах пришлось предоставить Рейнской армии полную свободу действий и ограничиться лишь присылкой ей из Парижа инструкций относительно немедленного перехода в наступление с задачей отбросить неприятеля в Баварию, за р. Лех, и прервать прямое его сообщение с Миланом через озеро Констанц и Гризон (Граубюнден). Генерал Лекурб с двадцатитысячным отрядом должен был наблюдать за горными проходами, расположенными в северной части Альпийского хребта.