Много позднее (через сто лет после описываемых событий) в архиве Лекурба было обнаружено письмо Моро, в котором, в частности, сообщалось о секретных демаршах французского правительства на предмет возможного перемирия с австрийцами. «Мой дорогой генерал, прилагаю к настоящему письму депешу французского правительства Венскому двору, которое я направляю генералу Краю с предложением о перемирии до получения ответа, но для наших армий, полагаю, оно не будет принято».
Таким образом, время, отведенное на подготовку сложнейшей военной операции, было потрачено генералом Моро на отстаивание разработанного им плана кампании, на бесполезную борьбу с придирчивым, амбициозным и завистливым соперником в лице главы французского правительства. Этой борьбе уже не суждено будет прекратиться вплоть до жестокого урока, который преподнесет диктатору австрийский генерал Мелас при Маренго. Эта борьба еще более обострится: она станет подобием кровной мести корсиканца особенно после триумфа Моро при Гогенлиндене и с тех пор вплоть до самой смерти нашего героя не прекратится ни на минуту, не пощадив ни его самого, ни его семью.
В первых числах марта 1800 г. существование армии, державшейся до тех пор в секрете, обнаружилось отданным ей приказом передислоцироваться к Цюриху и быть готовой к переходу через Альпы. Удачные действия Массены в предшествовавшем году передали всю Швейцарию в руки французов. Швейцарская территория не была уже нейтральной, а потому имелась полная возможность воспользоваться ею для наступательных операций против неприятеля. Массена получил первые инструкции несколькими днями раньше, чем Моро. Ему предписывалось сосредоточить Итальянскую армию для обороны Генуи и путей, ведущих из Италии во Францию. Мелас, без сомнения, последует излюбленной австрийской тактике наступления тремя колоннами для концентрического нападения на противника. Французскому главнокомандующему следовало маневрировать так, чтобы уклониться от двух из этих колонн и ударить всеми силами на третью. В апреле месяце Массена был проинформирован об изменениях в планах верховного командования и ему предписано ограничиться обороной до тех пор, пока Резервная армия не перейдет через Альпы. «Для полководца, располагающего меньшими силами, чем неприятель, военное искусство состоит в том, чтобы выиграть время», — говорил Бонапарт. Массена, бывший и сам талантливым полководцем, собирался выполнить этот приказ, когда неожиданно 6 апреля 1800 г. Мелас атаковал его во главе шестидесятитысячной армии. Французам неоднократно удавалось в частных стычках одерживать верх над неприятелем, значительно превосходящим в силах, но тем не менее через каких-нибудь две недели активное сопротивление оказалось невозможным, и к 21-му апреля весь центр французской армии был вынужден укрыться за стенами Генуи. Положение становилось для французов тем опаснее, что Геную блокировал с моря Британский королевский флот, продовольствия в городе было мало, так что при максимальной экономии его могло хватить не более чем на месяц.
Тем временем генерал Сюше с левым крылом французской армии, численностью в 10 000 человек, отступил вдоль берега, преследуемый Меласом с 28 000 австрийцев, и вынужден был 14 мая 1800 г. переправиться через р. Вар. Австрийский генерал Отт, с 24 000 солдат, остался осаждать Геную, где Массене удалось продержаться до 4 июня. Эта оборона считается одной из самых упорных в военной истории.
При Директории военное министерство работало настолько плохо, что Консулат не имел возможности оперативно и быстро исправить все недостатки и просчеты. Армия Моро не была в достаточной степени снабжена всем необходимым, и ее полководец согласился перейти в наступление лишь месяцем позже, чем это было первоначально установлено.
Только уступая настоятельным требованиям Бонапарта, Моро рискнул 25 апреля двинуться вперед, несмотря на все еще недостаточное снабжение своей армии, и принялся за выполнение своего, как утверждали, осторожного плана переправы через Рейн четырьмя колоннами, а не всей армией вместе в одном пункте, как советовал первый консул. Следует признать, что план Моро являлся менее рискованным, чем план Бонапарта, но зато не обещал привести к таким же ожидаемым блестящим результатам. Несмотря на свою сложность, он был выполнен великолепно. Делая вид, будто намеревается занять Шварцвальд, Моро сумел обмануть Края относительно действительных намерений Рейнской армии и побудил его покинуть сильную позицию под Донауэшингеном. После целого ряда маршей и контрмаршей отдельные части французской армии переходили с одного берега Рейна на другой. Дивизия Сен-Сюзанна, например, трижды форсировала эту мощную водную преграду, причем в разных местах, чтобы ввести в заблуждение австрийцев. В итоге вся армия Моро оказалась сосредоточенной к востоку от Шварцвальда, удачно обойдя не только этот удобный для обороны горный хребет, но также и неприятельскую армию, которая все еще занимала позиции перед ущельями гор, сквозь которые, по мнению Края, надлежало пробиваться французам. Прекрасно продуманные контрмарши Моро напоминали искусные ходы превосходного шахматиста.