Первые атаки австрийцев были отражены, но с большим трудом и со значительными потерями со стороны французов. Войска Отта продолжали напирать на левый фланг Ланна. Бой становился все жарче и отчаяннее, а между тем от Дезе было получено известие, что он не сможет прибыть на поле боя ранее 16.00. Бонапарт отправил на подкрепление Ланну небольшой резерв — 72-ю полубригаду под командованием Монье, но все усилия оказались тщетными. Мармон вспоминал: «Приняв боевое построение, атакованная большим отрядом кавалерии и полностью окруженная, она не проявила ни малейшего страха: две первые шеренги стреляли прямо перед собой, а третья, повернувшись кругом, вела огонь по наседавшей кавалерии, прикрывая свой тыл. Тем не менее к полудню французы были выбиты из деревни Маренго, и их боевая линия оказалась прорванной. Началось полное отступление французской армии по всему фронту. Их войска шли к востоку по направлению к Сан-Джулиано. В отчаянии первый консул двинул в бой свой последний резерв, консульскую гвардию, в составе всего 800 человек, чтобы хоть как-то сдержать натиск австрийцев и прикрыть отступление главной армии. Смятение французов было всеобщим, почти паническим. Этот драматический момент сражения хорошо описывает А. Тьер: “800 солдат консульской гвардии, построенные в каре, отражают атаки драгун Лобковица, подобно “гранитному бастиону, возведенному посреди равнины”, как позднее скажет Наполеон. Но эти храбрецы могли лишь на короткое время замедлить движение австрийцев и под огнем орудий были вынуждены отступить.
Бонапарт, сидя на насыпи у большой дороги, держал свою лошадь за поводья и хлыстом откидывал маленькие камушки. Ядер, летящих над дорогой, он как бы не замечал и тихо напевал арию из комической оперы “Пленники”, бывшей тогда в моде. Тем временем мимо него, справа и слева, в сильном беспорядке отступала пехота. Некоторые батальоны шли толпой без всякого строя». Капитан Куанье в своих мемуарах писал, что «видел слева колонну беглецов, удиравших со всех ног». Жорж Санд приводит отрывок из письма своего отца, участника сражения при Маренго: «Одних мы старались удержать ударами сабель плашмя, других увещевали словами, так как среди бегущих было немало храбрых солдат. Не успею я выстроить одну шеренгу, но, пока начинаю строить вторую, первая пускается наутек».