На рассвете в понедельник, 1 декабря 1800 года, генерал Моро с основной армией готовился форсировать реку Инн, когда вдруг был внезапно атакован своим новым соперником при Ампфинге. Эрцгерцог Иоанн развернул шестидесятитысячную армию у подножия Ампфинга и атаковал дивизию генерала Тренье, у которого в строю было только 26 000 человек. Австрийцы одновременно наступали тремя колоннами: 15-тысячный корпус взбирался вдоль долины реки Изен, вторая колонна наступала по главной дороге, ведущей в Мюльдорф и далее в направлении Гогенлинден — Мюнхен. И, наконец, третий отряд форсировал Инн в Крайбурге, занял Ашау и атаковал во фланг армию Моро. Французы из дивизий Гренье и Нея не смели верить своим глазам, когда их левое крыло было вначале остановлено, а затем оттеснено назад, очевидно натиском главных сил неприятеля. Так оно и оказалось: 40 000 австрийцев одновременно атаковали 26 000 французов. На помощь последним пришла дивизия генерала Гранжана, предусмотрительно отправленная Моро, чтобы прикрыть разрыв. Частично потерпев поражение в этом бою, но отступив в полном порядке, Моро приказывает всем своим дивизиям занять позиции у деревни Гогенлинден, фасом к западной кромке леса Изен перпендикулярно дороге из Мюльдорфа в Мюнхен, проходящей через лес. Это была ловушка, рассчитанная на пылкость неопытного и юного эрцгерцога. Последний, опьяненный своим успехом при Ампфинге, попался на «крючок». Адольф Тьер писал в этой связи: «…хладнокровию и энергии Моро предстояло встретиться лицом к лицу с неопытностью эрцгерцога, окрыленного своим первым успехом». Вечером, накануне сражения Моро ужинал в компании офицеров, когда ему принесли депешу. Прочитав ее, он повернулся к гостям и с гордостью (которая не была свойственна его характеру) произнес: «Меня поставили в известность о передвижении армии эрцгерцога. Это то, что мне нужно». В депеше речь шла о том, что главные силы австрийцев направляются по главной дороге Мюльдорф—Гогенлинден—Мюнхен. Дело в том, что это шоссе идет через густой пихтовый лес практически на всем своем протяжении, и только в районе Гоненлиндена лес немного расступается, образуя небольшую поляну, на которой расположены деревня Гогенлинден, почтовая станция и несколько ферм. Моро рассудил здраво: раз уж эрцгерцог ввязался в бой с левым французским крылом, он непременно захочет атаковать и его центр; а раз так, его надо заманить на равнину Гогенлинден и уничтожить, тем более ничего особенного и делать не надо — он сам идет к нам в руки.
Моро развернул на этой равнине дивизию Гренье, дивизию Гранжана, а также резервную кавалерию и артиллерию. Эти силы составляли левое крыло его армии. Справа от дороги и деревни он поставил дивизию Груши, а слева — дивизию Нея. Непосредственный удар эрцгерцога должны были принять на себя дивизии Леграна и Бастуля, как только первые австрийские колонны выйдут по дороге из леса. Артиллерийский и кавалерийский резерв находился в тылу этих четырех дивизий. Центр Рейнской армии, сведенный до двух дивизий Ришпанса и Декана, при этом находился в нескольких лье от поля предстоящего сражения, на дороге, проходящей значительно правее, в районе Эберсберга. Уже цитированный нами А. Тьер пишет: «Моро направил в эти две дивизии туманно сформулированные, но верные приказы, суть которых сводилась к тому, чтобы быстро передислоцироваться с одной дороги на другую и прибыть в район Маттенбот (нем. Майтенбет. — А. З.), с задачей атаковать тыл австрийской армии, зажатой в лесу. Эти приказы не были ни точными, ни ясными, ни детально проработанными, то есть не такими, как у генерала Бонапарта. В приказах ничего не говорилось о том, по какой дороге нужно идти и какие угрозы могут возникнуть при совершении маневра. Эти депеши были рассчитаны на смекалку и сообразительность генералов Декана и Ришпанса. И они на свое усмотрение могли сделать то, о чем не говорилось в приказах главнокомандующего».