Получилось, что все четыре австрийских корпуса, сформированные в такое же число походных колонн, шли на значительном расстоянии друг от друга, пробираясь сквозь густой лес по плохим лесным дорогам и просекам. Лишь центральная колонна шла в относительно благоприятных условиях — по мощеной дороге на Мюнхен. К этому времени подошло баварское подкрепление, и численность австрийской армии превысила 70 000 человек.
В ночь со 2-го на 3-е декабря генерал Груши получил приказ от начальника штаба Рейнской армии генерала Лаори, который гласил: «Генерал Моро поручил мне сообщить вам, что генерал Ришпанс имеет приказ передислоцироваться завтра на дорогу Хааг — Мюльдорф и выйти на шоссе в районе деревни Рамеринг, чем может обнаружить себя на участке до реки Инн. Одновременно генерал Гренье должен следовать за неприятелем по равнине Лайтен. Намерение главнокомандующего состоит в том, чтобы вы действовали в соответствии с маневром генерала Ришпанса, с задачей быть готовым занять позицию с частью вашей дивизии в деревне Ашау, а другую часть оставить в Райхершайме. Если генерал Декан также выступит по направлению на Хааг, то у него есть приказ прикрывать маневр Ришпанса на дороге, ведущей в Вассербург, и иметь резерв, чтобы атаковать в направлении на Мюльдорф в зависимости от ситуации. Главнокомандующий просит вас зачистить лес Гогенлинден и взять в плен солдат противника, которые могут там оказаться». Как видно из этого приказа Моро, действия его подчиненных расписаны достаточно детально, и хотя в нем не упоминаются ни точное время начала атак или передислокаций отдельных частей, ни возможные угрозы, способные помешать осуществлению его планов, каждому генералу было ясно, что от него ожидает главнокомандующий.
В среду утром, 3 декабря 1800 года в условиях снежной метели эрцгерцог направил всю свою армию четырьмя параллельными колоннами на деревню Гогенлинден. Понимая важность светлого времени суток, столь короткого в этот зимний день, как для марша, так и для сражения, войска двигались быстро, насколько позволяли дороги и начавшийся снег. Он падал густыми хлопьями и не позволял различать предметы даже на близком расстоянии.
Моро был верхом на коне во главе своего штаба и всей армии. На отдалении генералы Ришпанс и Декан выполняли маневр, предписанный им — передислоцироваться с дороги в районе Эберсберга на шоссе, проходящее через Гогенлинден.
Эрцгерцог Иоанн во главе центральной колонны углубился в лес, простиравшийся от деревни Майтенбет до Гогенлиндена, и уже начал выходить из него значительно раньше генералов Байе-Латура и Кинмаера, застрявших на плохих дорогах, фактически на бездорожье. Его передовые части показались на опушке леса прямо напротив дивизий Гранжана и Нея, построенных в боевой порядок, к востоку от деревни Гогенлинден. Австрийцы развернули свои части и бросили в бой 8 батальонов венгерских гренадер. 108-я полубригада из дивизии Гранжана находилась в развернутом строю, тогда как 46-я и 57-я полубригады стояли плотными колоннами, готовые сразиться с врагом. Их тыл прикрывали 4-й гусарский и 6-й линейный полки. С обеих сторон началась интенсивная артиллерийская подготовка. Первоначально австрийцам удалось оттеснить 108-ю полубригаду, которая, оказывая жестокое сопротивление, начала медленно отступать. Атака велась по всему фронту, обороняемому 108-й полубригадой, а также вдоль дороги, ведущей в Гогенлинден. На помощь храбрым французам был направлен 4-й гусарский полк и три орудия под командой генерала Буайе (не путать с Байе-Латуром). Это подкрепление помогло сдержать наседающих австрийцев. Но ненадолго. Командир 108-й полубригады генерал Марконье («отличившийся» позднее при Ватерлоо) был ранен и взят в плен. Потеряв своего командира, полубригаде вновь пришлось отступить, оставив часть позиции. Тогда на помощь ей поспешила 46-я полубригада, которая в течение всего этого времени стояла под интенсивным картечным огнем австрийской артиллерии и сама понесла значительный урон. Эту полу бригаду вел в атаку генерал Гранжан. Пол батальона этой полубригады, примкнув штыки, ворвался в лес, где среди елей и пихт завязалась кровавая рукопашная схватка. На правом фланге была аналогичная картина: несколько рот 57-й полубригады атаковали левое крыло австрийцев и также мужественно дрались как у кромки леса, так и в самом лесу. Этот упорный, но славный бой принес победу французам на данном участке поля боя. Много австрийцев сдалось в плен, среди них и генерал-майор Спаночи, возглавлявший атаку венгерских гренадер. Этот успех не позволил австрийцам полностью развернуть свои силы на выходе из леса Гогенлинден.