Кроме того, члены Директории были бессильны сделать что-либо полезное уже потому, что их было несколько, что они не доверяли друг другу и боялись запятнать себя в глазах своих коллег пороком умеренности, и еще потому, что во Франции собирательные единицы совершенно лишены политического чутья. «Таким образом, — заключает Вандаль, — коллективное правительство VII года республики не могло придумать ничего, кроме инквизиционных строгостей и исключительных мер, чтобы защитить себя от различных заговоров, включая наиболее опасный из всех — роялистский. По всей стране проводились аресты, не прекращались гонения и на священников. Революция пожирала своих героев».
Еще находясь в Акке (Сен-Жан д'Акр), к Бонапарту прибыл посланец Директории с депешами и газетами от февраля 1799 г. Наполеон узнал, что два австрийских генерала, Мак и Саксен, стали во главе Неаполитанской армии и собирались идти на Рим. Одна из австрийских дивизий фактически уже начала враждебные действия, вступив в Граубюнден и, таким образом, нарушив нейтралитет союзной с Францией Швейцарской республикой. Между Россией, Турцией и Австрией был заключен союз, по которому Россия обязалась направить свои войска на защиту турецкой столицы и помочь завоеванию Италии австрийцами. Французы, в свою очередь, выставили на театр войны две полевые армии. Единственный первоклассный французский полководец, генерал Моро, подозревался в сочувствии к Пишегрю, и потому не был назначен главнокомандующим, а получил лишь разрешение добровольно состоять при Итальянской армии. Журдан, доказавший, в качестве члена Совета пятисот, искренность своих демократических воззрений, снова вошел в милость и командовал армией на Дунае. Место Бонапарта в Италии должен был занять Жубер. Что касается самого Наполеона, то его не стесняли никакими инструкциями. Директория предоставляла ему на выбор три варианта действий. Он мог или остаться в Египте, чтобы завершить организацию этой колонии, или же двинуться в Индию, с целью низвержения там английского владычества, или же, наконец, идти прямо на Константинополь и атаковать русских. Одновременно тон правительственных депеш свидетельствовал о том, что члены Директории были не на шутку встревожены и озабочены положением внутри страны. На Бонапарта действительно глубокое впечатление произвели известия о поражениях, понесенных французами под Требией и Нови, о смерти Жубера, о падении итальянских республик и тщетных попытках Моро держаться под прикрытием пьемонтских крепостей. Сильнее всего на него повлияло, вероятно, известие о том, что прежняя Директория фактически пала уже 30 прериаля и что для соблюдения внешних приличий в ее члены был избран Сийес, который уже продолжительное время разрабатывал новую конституцию. Во время отсутствия Бонапарта Директория совершила ту же ошибку, которую она пыталась совершить во время первой итальянской кампании, но которую Наполеон не позволил ей сделать. Она распылила армии. Испуганная неожиданным возобновлением военных действий, она начала энергично готовиться к войне, но эти спешные приготовления оказывались не во всех случаях целесообразными. Так, Шампьоне был направлен в Неаполь, Брюн назначен главнокомандующим в Голландии, Бернадот — на среднем течении Рейна, Журдан — в Центральной Германии, Массена — в Швейцарии, Макдональд — в Неаполе и Шерер — в Северной Италии. На основании нового закона о конскрипции были призваны под знамена 200 000 человек. Эти конскрипты пополнили ряды республиканских армий, которым суждено было сражаться с неодинаковым успехом. Брюн и Массена показали себя искусными полководцами и вели войну достаточно успешно, остальные же военачальники, назначенные Директорией, потерпели жестокие поражения. «Верхом недальновидности, — писал Альберт Вандаль, — следует признать назначение Шерера на такой важный пост, каким является командование армией в Северной Италии. Он уже и ранее проявил полнейшую неспособность управления войсками на итальянском театре, а на этот раз только подтвердил сложившееся в армии мнение, что он не понимает основ военного искусства. Журдана, который к концу марта месяца был разбит эрцгерцогом Карлом под Острахом и Штокахом, сменил Лемуань, но ему пришлось немедленно уйти из Северной Италии. Шерер, отступивший вначале за р. Минчо, а потом за р. Ольо, был разбит в апреле месяце под Маньяно и добровольно сдал начальство над войсками генералу Моро. Он сложил с себя командование армией среди общего негодования не только со стороны офицеров, но и простых солдат».
Наполеон принимает решение покинуть Египет и следовать прямо во Францию, а не в Италию, куда он, по словам Бурьена, вначале намеревался отправиться (вот откуда родились слухи о высадке Бонапарта в Генуе), чтобы восстановить там славу французского оружия.
17 вандемьера (9 октября) Бонапарт высаживается в Сан-Рафаэле, близ Фрежюса. Не дождавшись призыва Директории, он уже 47 дней назад покинул Египет на фрегате Мюирон,в Аяччо столкнулся с английским флотом, крейсировавшим вдоль берегов Прованса, и чудесным образом ускользнул от него. Париж узнал об этом уже вечером 21 вандемьера.
А между тем Сийес судорожно искал генерала, который мог бы взять на себя роль спасителя отечества. Шампьоне скомпрометировал себя тем, что после взятия Неаполя, 23 января 1799 г., разрешил своим солдатам неограниченный грабеж и насилие, вследствие чего его армия пришла в состояние полнейшей дезорганизации. И хотя Шампьоне оказался честным человеком, ничего не бравшим для себя лично, сменивший его Макдональд не без труда восстановил порядок и дисциплину, но его армия была разбита Суворовым в трехдневном бою под Требией. Мы уже упоминали, что армия Жубера, назначенного вместо Моро, также была разгромлена под Нови, 15 августа 1799 г., соединенными австро-русскими войсками, а сам ее главнокомандующий — убит. Мантуя оказалась к тому времени вынужденной сдаться на милость победителя, но тем не менее Моро с остатками войск Жубера продолжал упорно держаться в Приморских Альпах. Австрийцы под начальством эрцгерцога Карла разбили Массену в первой битве под Цюрихом, но затем ушли из Швейцарии и таким образом доставили французскому главнокомандующему возможность одержать в сентябре месяце на том же месте победу над русским генералом Римским-Корсаковым во второй битве при Цюрихе. Брюн, в свою очередь, разбил 19 сентября того же года под Бергом англо-русскую армию герцога Йоркского и принудил его подписать в Алькмааре капитуляцию, в силу которой эта армия обязалась уйти из пределов Батавской республики. «Бернадот, — пишет Вандаль, — назначенный военным министром, подвизался в этой должности успешнее, чем на дипломатическом поприще. Он и Жозеф Бонапарт были женаты на родных сестрах (Бернадот — на Дезире Клари, кстати, первой любви Бонапарта, а Жозеф — на Жюли), но тем не менее Бернадот не мог считаться бонапартистом по той простой причине, что всегда и везде оставался бернадотистом».Под его контролем Журдан разработал и провел новый закон о конскрипции, позволявший без труда заполнять бреши в рядах армии. Эта энергичная мера явилась естественным следствием закона Карно, по которому все французские граждане, способные носить оружие, были объявлены подлежащими воинской повинности, но призывались под знамена лишь в случае недостатка в добровольцах.
Закон о конскрипции, принятый 5 сентября 1798 г., предоставлял в распоряжение военного ведомства всю молодежь мужского пола в возрасте от 20 до 25 лет, причем оно, разумеется, могло брать из этого запаса именно такое число людей, которое действительно требовалось. Этот закон практически без изменений дошел до нашего времени и существует почти во всех странах Западной Европы. Вместе с тем он создал наполеоновские армии, которые отличались от прежних, республиканских, тем, что пополнялись уже не добровольцами, а по жребию. Эти армии, подразделявшиеся на дивизии, бригады и полубригады, сражались с таким же восторженным мужеством, как и прежде, потому что французская молодежь усматривала теперь для себя в войне кратчайший путь к славе. Обращаясь к новобранцам, Бернадот говорил им: «Между вами, ребята, без сомнения, найдутся и великие полководцы». В этих словах высказывалось искреннее убеждение всей тогдашней честолюбивой молодежи.
Сундуки государственного казначейства удалось пополнить с помощью принудительного займа, прикрывавшегося маской дополнительных таможенных пошлин. Кроме того, был принят чрезвычайно строгий закон о заложниках, на основании которого ни в чем не повинные родственники какого-нибудь эмигранта или шуана оказались ответственными за его поступки.