Тем не менее, даже такой легендарный сыщик, как Абберлин, не смог помочь расследованию. Полиция в те времена ещё не обладала инструментами научного криминального анализа. Только примитивная фотография и не менее примитивный метод цементирования следов наличествовали в арсенале Скотланд Ярда. И всё это несмотря на серьёзный организационный и методологический прогресс: первый официальный следователь был принят на службу Ярдом более, чем за сорок лет до событий в Уайтчапеле — в 1842 году, тогда как cпециальное Отделение Криминальных Расследований было создано за десять лет до появления в эфире Джека Потрошителя. Но основоположник дактилоскопии Галтон опубликует свою первую работу только через четыре года, а первая научная лаборатория при Скотланд Ярде возникнет почти через полвека — в 1934 году. Поэтому детектив викторианских времён мог полагаться только на свой опыт, контакты среди местного люда, собственные ноги и титаническое терпение. Прежде всего — терпение, потому что на применение опыта, контактов и ног требовалось время. А времени у Скотланд Ярда не было.
Всего через неделю — 8 сентября — неизвестный убийца проявился во второй раз. Его новой жертвой стала Анни Чапман. Чапман, как и Полли Николс, была несчастной, одинокой женщиной. Вдовой, скитавшейся по ночлежным домам. Как и Полли, она частенько была вынуждена зарабатывать на пропитание и ночлег проституцией. Анни вышла на улицы Уайтчапела в два часа пополуночи так как денег на постель в ночлежном доме ей не хватило… Ранним утром 8 сентября Анни была найдена мёртвой на заднем дворе дома номер 29 по Ханбюри стрит. В тот же день она была опознана Тимоти Донованом, помощником управляющего того самого ночлежного дома, в котором Анни так и не переночевала. Донована привлёк шум и гвалт на соседней Ханбюри стрит. Когда словесные описания убитой напомнили ему о Чапман, он решил отправиться в морг, чтобы удостовериться в своих подозрениях. На следующий день, узнав о гибели Анни из газет, в морге появился её брат — Фаунтейн Смит, который окончательно подтвердил личность убитой.
Никаких улик рядом на месте преступления обнаружено не было. Поначалу полиция возлагала большие надежды на конверт Сассекского полка, обрывок которого был обнаружен рядом с телом. Как выяснилось, личный состав полка к делу отношения не имел. Конверты со штампом полка свободно продавались в соседнем с гарнизонными бараками почтовом отделении. Кто-то попросту купил этот конверт и отправил письмо одному из регулярных постояльцев ночлежного дома. По свидетельству одного из таких постояльцев, Анни нашла клочок от конверта на полу в общей комнате и использовала его как обёртку для каких-то таблеток, обнаруженных позже рядом с её телом. Обыск каждой комнаты в этом ночлежном доме, как и во всех соседних ночлежных домах, ничего не дал: пятен крови, человеческих внутренностей и подозрительных инструментов полицейским не встретилось. Безрезультатными оказались и допросы обитателей дома и соседей. Правда нашлась некая миссис Лонг, которая утверждала, что примерно в 5.35 утра видела Анни и мужчину, стоявшего к ней, мисссис Лонг, спиной. Мужчина по её описанию был одет в плащ, на голове имел шляпу (чрезвычайно оригинальный стиль одежды для викторианского Лондона!), и показался ей иностранцем. Никаких обоснований для последнего утверждения миссис Лонг не предоставила.
Полиция была несколько сбита с толку тем, что убийца забрал с собой два бронзовых колечка, которые Анни носила на среднем пальце левой руки. Преступник с силой сорвал их, отчего повредил кожу на нижней фаланге. Кольца эти не имели никакой ценности и даже в тусклый рассвет не могли быть приняты за золотые.
Вся страна была ошарашена и потрясена наглостью преступления. Анни была убита на заднем дворе дома, в котором проживали семнадцать человек. Незамеченным преступник мог ускользнуть только при очень крупной удаче. Убийство произошло в двух шагах от Спиталфилдского рынка — весьма бойкого места: несмотря на раннее утро, Ханбюри стрит была уже заполнена народом, подтягивавшимся к рынку со стороны Уайтчапела. Более того, во двор дома номер 29 постоянно заходили люди — местные жильцы и работники магазинов, помещавшихся на первом этаже. Преступник ухитрился затащить Анни на задний двор дома, задушить её и хирургически безупречно вскрыть живот и удалить матку, красочно разложив внутренности вокруг тела. На всё это, между визитами жильцов дома во двор, у него было не более пятнадцати минут. Один из самых опытных патологоанатомов Лондона — доктор Филипс — в своих показаниях коронерскому дознанию заявил, что даже он не смог бы менее, чем за полчаса, так чисто провести вскрытие и удаление внутренних органов. Более того, во всей операции он видел руку мастера. Мнение Филипса было подтверждено статьёй в ведущем медицинском журнале «Ланцет», которая обсуждала детали «вскрытия» и заключалась выводом о высоком профессионализме преступника. Разрезы были произведены довольно странным, исключительно острым, длинным и прочным инструментом. По мнению Филипса, это был не хирургический скальпель, а что-то похожее на нож скорняка или сапожника. Последнее заявление добавило веса кандидатуре Кожаного Передника Пайзера.