После многих жизненных перипетий, включающих политический арест 1866 г., Алексей Александрович Козлов проживал в Машарове, занимаясь сельским хозяйством. Серьезное увлечение философией произошло именно в этот период, когда ему было уже 40 лет, и внешне выглядело довольно случайным. Вот как пишет об этом Аскольдов:
«Козлов имел обыкновение, ложась спать, брать какую-нибудь книгу для чтения перед сном. Однажды вечером он случайно взял с полки первую попавшуюся книжку, которая оказалась известным сочинением Фрауенштедта «Briefe über die Schopenhauer’sche Philosophie». Эта книга так его увлекла, что он читал ее до утра, и на другой день даже пропустил ради нее некоторые сельскохозяйственные работы. Результатом чтения этой книги было то, что он выписал себе все сочинения Шопенгауэра и всецело подпал его влиянию. Вместе с этим он стал основательно знакомиться и с другими философами и прежде всего с Кантом. Хотя это событие являлось случайностью, как бы решающей всю дальнейшую судьбу Козлова, однако по существу эта случайность была лишь внешним поводом для перемены его интересов и деятельности. Если принять в расчет весь склад ума и характер Козлова, то его обращение к изучению философии можно признать в известном смысле неизбежным и от случайностей здесь зависело то, заинтересовался ли он философией годом раньше или годом позже… В сущности, философский склад мышления был присущ ему и раньше и только не мог найти адекватное ему содержание, отчасти вследствие отсутствия философских наук в университетском преподавании того времени, отчасти ввиду того, что вся обстановка, его ближайшие товарищи и друзья, а главным образом его страстный темперамент направляли его внимание и интерес в совершенно другую сторону» [28] .
Занятия Козлова философией носили вполне систематический характер, так что он вошел в круг философских интересов того времени и следил за философской литературой. После изучения философии Шопенгауэра Алексей Александрович перешел к изучению трудов Эдуарда Гартмана. Результатом такой работы стала книга «Философия бессознательного Эд. Гартмана» [29] , имевшая большой успех. В процессе создания этой книги Козлов вошел в переписку с Гартманом, который в числе прочего знакомил Алексея Александровича с новейшей философской литературой Германии, а последний, в свою очередь, немецкого философа с наиболее значимыми философскими работами в России.
Поворотными для Козлова стали 1875–1876 гг., когда он сначала, продав имение, уехал вместе с семьей в Париж, а затем через короткий срок вернулся в Россию и стал приват-доцентом Киевского университета. В Киев Козлова пригласил его университетский товарищ профессор А. А. Котляревский [30] . На тот момент Козловым были изданы еще две статьи («По поводу диссертации Соловьева» и «Об исторических письмах Миртова [31] »), а также первая часть самостоятельного философского исследования – «Философские этюды». В 1880 г. он защитил магистерскую диссертацию «Метод и направление философии Платона» и был назначен доцентом. В 1884 г. Козлов написал докторскую диссертацию «Генезис теории пространства и времени у Канта» и защитил ее в Петербургском университете. В том же году Алексей Александрович становится экстраординарным, а через два года (1886) ординарным профессором Киевского университета.
Среди филосовских произведений, написанных в период работы в Киевском университете (1876–1887), стоит отметить «Философию действительности», в которой излагалась система Евгения Дюринга, и статьи под общим названием «Современные направления в философии», выходившие в издававшемся В. Ф. Коршем [32] «Заграничном вестнике» (1881–1882).
C 1885 г. Алексей Александрович начал издавать первый в России философский журнал «Философский трехмесячник», состоявший из его собственных статей. Издание прекратилось после случившегося инсульта. Еще целый учебный год (1886/87) после болезни Алексей Александрович преподавал, отмечая в беседах с близкими, что болезнь нисколько не сказалась на его умственных силах, и они не только не ослабли, но до известной степени возросли. Однако физически Козлову было крайне нелегко, так как передвигаться самостоятельно по комнате он не мог.