По ходатайству ли зятя Романовых, Ивана Ивановича Годунова, или движимый общей любовью и сочувствием народа к опальным, Борис начал снимать с Романовых опалу. Княгине Черкасской, Марфе Никитишней, с невесткой, сестрой и детьми Федора Никитича велел жить в вотчине Романовых, в селе Клине (Юрьевского уезда). Здесь, лишенный отца и матери, вырастал и будущий царь России Михаил Феодорович. В 1605 г. Борис велел, наконец, посвятить Филарета в иеромонахи и сделать архимандритом. В том же году, но уже новый царь, Лжедмитрий, вызвал Филарета (после шестилетнего заточения) и дал ему сан митрополита Ростовского. «Его же тогда едва Священным собором умолиша», — прибавляют хронографы.
Филарет соединился с женой и сыном: они поселились в епархии Филаретовой, близ Костромы, в монастыре Ипатьевском.
Сделавшись впоследствии патриархом всероссийским, Филарет Никитич не забыл бедной Сийской обители. Он прислал сюда следующие подарки: 1) паникадило большое о 24 рамах, 2) яйцо строфокамилово в 104 руб. 60 коп. (под паникадило), 3) ризу атласу золотого по червчатой земле, 4) потир серебряный, 5) дискос, 6) три блюда чеканных, 7) звезду резную и копье, 8) складни на двух досках с окладом серебряным, 9) кисть для паникадила разных шелков с золотом, и 10) сто рублей деньгами. К монастырю, по его же ходатайству, в разное время приписано царем 3333 души крестьян. Между многими приношениями, в монастыре находится Евангелие, присланное в дар великим князем Константином Николаевичем на память посещения монастыря в июне 1844 г. Евангелие это в серебряной оправе с финифтяными образами, украшенными стразами.