Помнил царь, что в стране по случаю гибели наследника-царевича был объявлен многодневный траур. Каждый день Грозный присутствовал на поминальной службе, наложив на себя покаяние… Об этом он доверительно рассказал Годунову, вспомнив и дружеские, братские отношения сына Ивана с Борисом, и то, что Годунов во время ссоры царя с сыном, во время царского гнева, разымал их, подставляя под царский посох свои руки. Сначала сильно разгневался царь на вмешавшегося боярина, хотел наказать его, но быстро отошел, даже извинился перед Годуновым за вспыльчивость с видимым удивлением: «Надо же, не испугался против царя пойти в страшной ссоре отца с сыном. Значит, мой Иван тебе близок как друг…» – «Царевич Иван мне не только друг, но и брат мне… Не было у меня братьев… только одна сестра Ирина, что младше меня на семь лет… А твой сын Иван, царь, был мне как младший брат… Иван ведь на два года младше меня…»
Вспомнив этот разговор с Годуновым, Грозный поехал на покаяние в Троицкую обитель, взяв в тайные свидетели перед Господом боярина Бориса. Там царь, втайне от архимандрита и других важных лиц, призвал старика-келаря, заведовавшего кельями и наблюдением за их чистотой и порядком, и, встав перед стариком на колени, положил шесть глубоких поклонов в землю с горькими слезами и отчаянными рыданиями. Он упросил братию, чтобы его погибшему сыну Ивану в Троице была оказана особая честь – поминание «по неделям».
Вспомнил Грозный и о том, как без меры осыпал золотом монастыри, которые еще недавно попрекал лихоимством и богатством. За год до гибели царевича Ивана царь категорически запретил всем монастырям и иерархам-иосифлянам высшего духовенства приобретение любого имущества и богатства, тогда же он с укором написал епископу Казанскому Гермогену: «Священнослужители должны возделывать сердца, а не земли. Их наследством должно быть Царство Небесное, а не деревни и земли. Многие наши епископы думают больше о мирских делах, чем о Церкви…» Но и этого Грозному казалось мало: он послал баснословную сумму по тем временам, десять тысяч рублей, иноземным патриархам Константинопольскому, Антиохийскому, Александрийскому и Иерусалимскому, чтобы они молились за упокой души царевича, когда жестокая судьба практически бесповоротно обрекла династию последних московских Рюриковичей на исчезновение… Годунов был одним из немногих, кто знал детали переписки царя с иноземными патриархами… Не тогда ли у него возникли первые робкие мыслишки об установлении патриаршества в Русском царстве?… Только стоило ли говорить об этом с убитым горем – потерей главного наследника престола – царем в его сумеречном отрешенном состоянии?…
Вот тогда-то перед своим близким концом, в муках совести, Грозный и пошел на один из самых странных и удивительных поступков его царской жизни, несказанно удививший Годунова. «Примириться» со всеми погубленными им, «простить» всех казненных по его приказу людей, чтобы хоть как-то очиститься от тяжких земных грехов и облегчить свою участь на том свете.
Правда, многие недоверчивые придворные, узнав о странном поступке с составлением Синодика царя-грешника, пекущегося о спасении своей души на том свете, посчитали, что тот таким хитроумным способом пытается к тому же облегчить положение на престоле нового наследника «не от мира сего», царевича Федора. Причем, зная о неприспособленности царевича к жесткому царскому управлению страной, но руководствуясь в то же время трезвым расчетом государевым, Грозный желал помирить царствующую династию с духовенством и боярством.
Тем не менее, не обращая никакого внимания на слухи и домыслы, гулявшие по столице и по всей Руси, царь приказал составить поминальный Синодик опальных – загубленных за время его правления – и велел учредить всем торжественное поминание, обязав монахов молиться за всех казненных им людей «во веки веков». Царева прощения заслужили все его «изменники», имена которых были извлечены Грозным из забвения. «Чин православия», читавшийся обычно в первое воскресенье Великого поста и заключавший в себе провозглашение «вечной памяти» новым ревнителям православия, предполагал также и огромные царские пожертвования. На Церковь и православное духовенство пролился обильный золотой и серебряный дождь: посмертная реабилитация множества опальных, самые имена которых находились долгие годы в забвении и под строгим запретом, явилась актом чудотворной и жертвенной воли царя Грозного…