На особом месте среди даров Дмитрия Ивановича Годунова находятся книжные вклады. Украшенные драгоценными окладами, разнообразными лицевыми миниатюрами и изящнейшими орнаментами напрестольные Евангелия, Псалтыри, Служебники были изготовлены лучшими московскими мастерами. К примеру, напрестольное Евангелие 1605 года украшает драгоценный оклад, где на серебряных дробницах выгравированы изображения небесных покровителей семьи Годуновых, а внутри самой книги написано более ста лицевых миниатюр, лучшими кремлевскими иконописцами и орнаменталистами исполнены многочисленные заставки и буквицы. Во вкладной записи на серебряной дробнице Дмитрий Годунов сам обращается к Господу с молитвой о здоровье своем и жены, о вечной памяти умерших и погребенных в Ипатьевском монастыре родителей. Это Евангелие – последний вклад Дмитрия Ивановича, поскольку в 1605 году, после смерти царя Бориса Федоровича, Годуновы были отстранены от управления государством, многих из представителей рода отправили в ссылку. Дмитрий Иванович завершает свой жизненный путь в ссылке в городе Свияжске в 1606 году. Перед смертью он принял монашеский постриг с именем Дионисий. После смерти, согласно завещанию, тело инока Дионисия было перевезено в Ипатьевский монастырь и погребено в усыпальнице рядом с покоившимися там родственниками.
Смутное время пошатнуло благоденствие Ипатьевского монастыря – впрочем, как и всей России. Восстание в Костроме, последовавшая за ним осада монастыря, его взятие и уничтожение сторонников Лжедмитрия II… это было невероятно сложное время. После этого для Ипатьевского монастыря на несколько лет наступил период покоя от политических баталий.
Но уже в 1613 году Ипатьевская обитель вновь заняла одно из ведущих мест в отечественной истории. Земским собором был избран на русский царский престол Михаил Федорович Романов, сын пострадавших от годуновского гнева боярина Федора и боярыни Ксении Романовых. С восшествием на престол нового государя завершилась многолетняя Смута и начался новый период в истории нашей страны.
Ипатьевский монастырь всегда особо почитался царской династией. Экономическое положение обители укреплялось многочисленными жалованными царскими грамотами. В Троицкий собор из Московского Кремля в знак особой царской милости было прислано Царское место. Также из Московского Кремля государь передал в Ипатьевский монастырь сохранившийся до наших дней Тихвинский образ Божией Матери. Почти четыреста лет он считается одной из главных святынь Ипатьевского монастыря. В 1626 году, по велению патриарха всея Руси Филарета, в монастырь привезли ковчег с частью Ризы Господней.
Последние два вклада особо почитались не только в самом монастыре, но и во всей Костроме. Любовь костромичей к Тихвинской иконе Божией Матери была так велика, что во время главного Крестного хода, совершающегося и поныне, в день летнего почитания чудотворной Федоровской иконы Божией Матери (29 августа по новому стилю), Тихвинский образ выносили из монастыря и вслед за Федоровским образом проносили по всему городу.
«Романовский» период в истории архитектурного ансамбля монастыря ознаменован значительными работами по ремонту и перестройке «годуновского строения». Надстраиваются крепостные стены и башни, территория монастыря увеличивается почти вдвое (за счет присоединения к Старому городу земельного участка, названного Новым городом), перестраиваются настоятельский и казначейский корпуса. Одним из самых красивых сооружений Нового города стала Зеленая надвратная башня, расположенная в центре западной крепостной стены. Она была возведена в ознаменование того, что Михаил Федорович «сим местом изшел на царство Московское».
К сожалению, первому каменному «годуновскому» Троицкому собору не суждено было дожить до наших дней. Официальной причиной его разрушения считается несчастный случай, вызванный ураганным вихрем, разрушившим купола и верхнюю часть стен собора. В 1652 году по разрешению царя Алексея Михайловича на месте старого был возведен новый Троицкий собор, росписи которого являют собой вершину русской монументальной духовной живописи XVII века.