С начала XVIII века, вследствие реформ Петра I, хозяйство Ипатьевской обители постепенно пришло в упадок. Однако в 1744 году по решению Святейшего синода была учреждена Костромская епархия, и архиерейская резиденция разместилась в Ипатьевском монастыре, а Троицкий собор получил статус кафедрального. Таким образом, древняя обитель стала административным центром Костромской епархии, и в истории Ипатьевского монастыря начался новый период.
В монастыре возобновились ремонтно-восстановительные и строительные работы. В 1760–1762 гг. на месте сильно обветшавшей церкви Рождества Богородицы был возведен новый храм, а в подклете южной галереи Троицкого собора устроена «погребальная церковь во имя Лазарева Воскресения», которая впоследствии стала усыпальницей для почивших костромских архипастырей. В 1766 году, в преддверии визита императрицы Екатерины II, в северной стене Старого города были устроены новые ворота, получившие название Северных или Екатерининских.
В 1800–1811 гг. в монастыре разбивается Архиерейский сад. Через десять лет был расширен Архиерейский корпус, в несколько диссонирующем с древней монастырской архитектурой XVI–XVII вв. стиле классицизма оформляются его каменный третий этаж и восточный фасад.
Во второй четверти XIX века государь вновь посетил Ипатьевскую обитель и распорядился о реконструкции всех поврежденных зданий и о придании обители статуса «колыбели» царской семьи. С этого знаменательного во всех отношениях императорского визита представители династии Романовых стали постоянно бывать в Ипатьевском монастыре.
В 1913 году Кострома и Ипатьевский монастырь явились центром празднования 300-летнего юбилея Царственного Дома Романовых. Все семейство во главе с императором Николаем II, императрицей Марией Федоровной, наследником цесаревичем Алексеем, великими княжнами Ольгой, Татьяной, Марией и Анастасией, многочисленными родственниками – великими князьями и княгинями прибыло на празднование в Кострому. Древняя Ипатьевская обитель предстала перед собравшимися гостями во всем своем великолепии.
Но уже в 1919 году Ипатьевский монастырь был закрыт: наступил страшный богоборческий период. Большая часть монастырской ризницы была вывезена в Москву, остальное – отправлено на хранение в Костромской краеведческий музей. В монастыре разместили детский приют, военные казармы, стадион, танцплощадку, общежития для костромских текстильщиков.
В начале 1930-х годов был уничтожен храм Рождества Пресвятой Богородицы. Однако милостью Божией Ипатьевскую обитель миновала страшная участь полного разрушения.
В 1958 году советское правительство присвоило вконец обветшавшему монастырю статус музея-заповедника, было решено начать его восстановление, на которое ушло более 20 лет.
В 1991 году была зарегистрирована Свято-Троицкая Ипатьевская монашеская община, а в 1993 году в пользование монашеской общины была передана территория Нового города.
В 2002 году полностью сгорел главный экспонат музея деревянного зодчества внутри Нового города – церковь Спаса Преображения 1628 года постройки, привезенная из села Спас-Вежи.
С 2004 года в стенах Ипатьевского монастыря был возрожден Церковный историко-археологический музей Костромской епархии.
Ныне Свято-Троицкий Ипатьевский монастырь является поистине уникальным объектом культурного наследия нашей страны, пережившим несколько смен политического режима, войны, упадок и расцвет, и, конечно, просто одним из красивейших монастырей России.
Возвышение рода Годуновых
Возвышение всего рода Годуновых началось после того, как Соломония Сабурова, дочь Юрия Сабурова, стала женой великого князя Василия III. Это произошло в 1505 году. После этого Сабуровы, ближайшие родственники Соломонии, получили боярские чины, а Годуновых стали назначать воеводами главных полков во время военных походов Василия III. Они прекрасно проявляли себя в ведении военных действий, их успехи, зафиксированные в Разрядных книгах, в дальнейшем помогли Борису Годунову выйти победителем из нескольких местнических споров с представителями титулованной знати и занять довольно высокое место при дворе Ивана IV.
В середине XVI в. Годуновы представляли собой уже более многочисленный и разветвленный род: в третьем колене от Ивана Годуна уже насчитывалось 16 человек. Среди известных представителей можно назвать Ивана Ивановича Черемного, родного дяди Бориса Годунова, который в 1551 г. являлся одним из воевод Смоленска, считавшегося в то время одним из крупнейших городов и важным стратегическим пунктом. Также одним из воевод Смоленска был Михаил Васильевич Толстый, участвовавший в Полоцком походе 1563 г. и значившийся на Земском соборе 1566 г. как дворянин 1-й статьи. Примерно в 1561 г. Григорий Васильевич Годунов, известный как высоконравственный, набожный и хорошо образованный человек, был назначен дядькой царевича Федора, которому Григорий позднее, видимо, сосватал сестру Бориса Годунова Ирину.