Он стал преподавать зоологию беспозвоночных, приступив к их классификации и составлению подробной описи. Из его наблюдений за животными родилась концепция трансформизма, утверждающая, что виды, изменяясь со временем и приспосабливаясь к окружающей среде (которая также пребывает в процессе постоянных перемен), становятся все сложнее, разнообразнее и специфичнее. В 1809 году Ламарк опубликовал свою «Философию зоологии», изложив в ней теорию эволюции видов посредством внутренних мутаций: «У каждого животного, не дошедшего до конца в своем развитии, более частое и особенно постоянное использование того или иного органа укрепляет этот орган, развивает его, способствует его росту и наделяет силой, пропорциональной интенсивности его применения. В то время как “простой” ослабляет искомый орган и в конечном счете ведет к его исчезновению».
В качестве примера Ламарк привел жирафов, которые в периоды засухи вытягивают шею, чтобы достать до листьев, расположенных на верхушках деревьев, – таким образом, организм жирафов модифицируется. Родившиеся жирафята, когда немного подрастут, тоже будут тянуть шею, чтобы добраться до лучших листьев. И чем больше они будут тянуть шею, тем длиннее она окажется у следующего поколения. Аналогичным образом, если верить Ламарку, с течением времени утратил зрение крот – утратил только потому, что под землей оно ему стало совершенно не нужно. «Все, чем природа наделяет живых существ, или все, что она отнимает у них через постоянное воздействие среды, передается потомкам, при том, однако, условии, что мутациям подвергаются оба родителя, породившие их на свет».
После публикации этой работы Ламарк подвергся нападкам и открытой критике со стороны многих коллег (в первую очередь Жоржа Кювье, признанного ученого и сторонника теории фиксизма, утверждающей, что виды со временем не претерпевают никаких изменений).
Наполеон Бонапарт, встретившись с Ламарком во время торжественного открытия одного из залов музея, сказал: «Последняя опубликованная работа порочит ваши преклонные лета, занимайтесь естественной историей, но никак не философией зоологии». По свидетельствам очевидцев, эта фраза настолько задела старого ученого, что он даже расплакался.
В 75 лет, постоянно глядя в микроскоп, Жан-Батист Ламарк ослеп. Лишившись уважения коллег, отвергаемый академической средой своей эпохи, он впал в нищету и, чтобы выжить, распродал зарубежным ученым принадлежавшие ему коллекции цветов и насекомых.
Умер он десять лет спустя, в возрасте 85 лет, одинокий и раздавленный, а его научное наследие коллеги еще долго поднимали на смех. Даже собственная семья и та от него отказалась, поэтому его похоронили в общей могиле на кладбище Монпарнас.
После его смерти Жорж Кювье выступил с речью, в которой подверг осмеянию все теории Ламарка и назвал его ученым-неудачником, постоянно впадавшим в заблуждение по причине собственной глупости и упрямства.
Славу рассуждениям Ламарка об эволюции в 1859 году (тридцать лет спустя после кончины ученого) в своей книге «Происхождение видов» вернул Чарлз Дарвин.
Впрочем, Дарвин оказался в то же время одним из самых ожесточенных оппонентов Ламарка. На его взгляд, шея у жирафов вытянулась по той причине, что те, у кого она была короче, просто вымирали, будучи неприспособленными к окружающей среде. Дарвин писал: «Я читал Ламарка и считаю, что как автор он был посредственностью».
Обобщить можно следующим образом: если для Дарвина эволюция носит случайный характер (отбор самых приспособленных и вымирание слабых, в полном соответствии с передовыми концепциями той эпохи), то для Ламарка она осуществляется посредством трансформаций индивидов, имеющих возможность самопрограммироваться, обладающих способностью к видоизменениям и выражающих к этому упорное стремление. Спустя шестьдесят лет после смерти Ламарка некоторые ученые попытались вернуться к его теориям, но тут же ощутили на себе огонь критики и потеряли уважение официальной науки, придерживавшейся, скорее, позиций дарвинизма.
Сегодня работы Ламарка забыты, а научное сообщество в целом разделяет воззрения Дарвина. В то же время некоторые явления (такие как видоизменение орхидей, позволяющее им принять определенную форму и приобрести привлекательный для пчел запах) не находят никакого объяснения с точки зрения дарвинизма. Толковать их можно только в свете теорий Ламарка, в соответствии с которыми живые существа, чтобы приспособиться к окружающей среде, могут меняться добровольно. Некоторые исследователи признают, что Ламарк не только был первым, кто поставил вопрос об эволюции видов, но и что его теории лучше подходят для объяснения сложности и многообразия современного живого мира, чем все остальные известные на сегодняшний день гипотезы.