В 1783 г. С. Ганеман вступил в брак с Генриеттой Кюхлер, падчерицей дессауского аптекаря. Через год молодая чета переехала в Дрезден, где С. Ганеман занимался врачеванием в городских больницах. С 1789 г. начинается лейпцигский период жизни С. Ганемана. К этому времени он уже пользовался репутацией ученого и опытного практического врача. Литературная деятельность С. Ганемана не ограничивалась переводами. Он стал автором следующих работ: «Об отравлении мышьяком», «Наставление основательно излечивать старые преждевременные и гнилые язвы», «Руководство для врачей к венерическим болезням»; изобрел способ изготовления растворимой ртути, описал химические свойства желчи и желчных камней и др.
Медицинская практика не принесла С. Ганеману удовлетворения. В то время применялись лечебные приемы, истощающие больных: большие дозы потогонных, рвотных, мочегонных и слабительных средств, производились частые и обильные кровопускания. Все это приводило в уныние, порождало ощущение беспомощности и бесперспективности медицины. С. Ганеман постепенно отходит от медицинской практики, погружается в литературную работу, включая и переводы.
Важное событие произошло в 1790 г. Работая над переводом труда по лекарствоведению известного в то время шотландского фармаколога Куллена, С. Ганеман обратил внимание на сообщение автора о возбуждающем действии хинной корки на деятельность желудка и решил проверить это на себе. Совершенно неожиданно, принимая внутрь хину, он отметил возникновение у себя многих симптомов малярии (скованность суставов, озноб, дрожь, вялость, сонливость, притупление чувств и др.). Повторение опыта дало тот же результат. Возникло озарение: хинная корка, излечивающая малярию, сама вызывает признаки данного заболевания. Это был звездный час в жизни исследователя! Не без основания 1790 г. считают годом рождения гомеопатии.
В жизни С. Ганемана начинается период интенсивного творческого труда. Он полностью отошел от практики, погрузился в изучение литературы с целью обнаружить мысли о гомеопатии у предшественников, проводил многочисленные опыты с другими веществами на себе, членах своей семьи, друзьях и знакомых. Постулированный С. Ганеманом принцип получил многочисленные частные подтверждения. Например, ртутные препараты в токсических дозах поражают организм, затрагивая многие органы и системы, при этом значительно повреждается толстая кишка (тяжелый язвенный колит). Между тем эти же препараты в малых дозах действуют благоприятно при дизентериеподобных колитах. Мышьяк вызывает холероподобный понос, а в гомеопатическом применении препаратами мышьяка излечиваются поносы различной природы. Йод раздражает дыхательные пути, а в малых дозах благотворно действует при бронхитах. Сера при длительном воздействии приводит к распространенному дерматиту, а в гомеопатии Sulfur iodatum излечивает различные кожные заболевания. Cantharis vesicatoria (шпанские мушки) в токсических дозах вызывает воспаление мочевого пузыря, а в гомеопатических дозах облегчает страдания больных циститом и уретритом. Спорынья в больших дозах вызывает тяжелое поражение организма со спазмом сосудов, осложняющимся развитием гангрены, а в малых дозах Secale cornutum с успехом используется при облитерирующем атеросклерозе, и т. д. Постепенно созревала концепция, которая легла в основу гомеотерапии как новой системы лечения.
Первая публикация С. Ганемана в связи с новым открытием состоялась в 1796 г. в журнале фон Гуфеланда («Опыт нового принципа для отыскания целительных сил лекарственных веществ»), Ганеман писал: «Каждое лекарственное средство вызывает в человеческом теле известный вид собственной болезни, которая тем своеобразнее, определеннее и сильнее, чем сильнее лекарство. Нужно подражать природе, которая излечивает хроническую болезнь посредством присоединения другой, и нужно применять к подлежащей излечению болезни то лекарственное вещество, которое в состоянии возбудить другую, наивозможно сходную искусственную болезнь, и первая будет излечена». Ощущается течение мысли, которая в дальнейшем будет концентрирована формулой «Similia similibus curantur» («Подобное лечится подобным»).
С. Ганеман возвращается к медицинской практике, но уже на принципиально новых, гомеопатических принципах. Его авторитет как искусного врача возрастает с каждым годом, разрастается практика. Вместе с тем С. Ганеман постоянно сталкивается с недовольством, завистью и противодействием врачей и аптекарей. В период с 1793 по 1810 г. С. Ганеман вынужден часто переезжать из одного города в другой, практикуя в Мольшкбене, Геттингене, Пирмонте, Брауншвейге, Вольфенбюттеле, Кенингслюттере, Альптоне, Гамбурге, Мелне, Махеме. Параллельно с практикой составляется объемистый «Аптекарский лексикон», создавший С. Ганеману славу авторитетного знатока фармации. В окончательно оформленном виде концепция гомеопатии представлена в первом издании знаменитого «Органона».
Важнейшим этапом становления и распространения гомеопатии стал второй лейпцигский период жизни С. Ганемана (1811–1821), когда он преподавал в университете. Вопреки противодействию многочисленных недругов, он успешно защитил диссертацию на медицинском факультете, представив обстоятельное историко-медицинское исследование «О геллеборизме древних». Необыкновенная глубина изучения предмета, блестящее знание огромного количества древних источников, убедительность и логичность изложения исключили все возражения даже самых недоброжелательных оппонентов. Получив право преподавать в крупнейшем европейском университете, С. Ганеман сплотил вокруг себя многочисленных учеников и последователей. Это был период быстрого развития знаний и практического опыта по гомеопатии, накопления обстоятельных описаний патогенеза гомеопатических лекарств. Выпущенный С. Ганеманом фундаментальный труд «Чистое лекарствоведение» включал в себя подробные сведения более чем о 60 гомеопатических средствах.
Вместе с успехами гомеопатии, ростом авторитета С. Ганемана и его школы нарастали и силы оппозиции. Возник судебный процесс между ним и лейпцигскими аптекарями, требовавшими передать изготовление любых лекарств в свои руки. В результате С. Ганеману было официально предписано все свои гомеопатические лекарства выписывать исключительно через обычные аллопатические аптеки, находящиеся в руках яростных противников гомеопатии. Это было равносильно запрещению врачебной гомеопатической практики в Лейпциге.
Летом 1821 г. С. Ганеман вынужден был переехать в небольшой городок Кетен под покровительство герцога Фердинанда Ангальт-Кетенского, приверженца гомеопатического лечения. С. Ганеман, слава о врачебном искусстве которого уже разнеслась по всей Германии, вновь получил свободу медицинской практики с правом самостоятельного приготовления и отпуска гомеопатических средств. В Кетен стали стекаться больные не только со всех регионов Германии, но и из соседних стран.
В кетенские годы С. Ганеман выпустил капитальный многотомный труд «Хронические болезни», в основу которых была положена концепция миазмов. Были также основательно уточнены и детализированы важнейшие принципы гомеопатии — потенцирование, или динамизация лекарств, доказательство и объяснение эффективности малых доз. В 1831 г., когда в Европе распространилась холера, С. Ганеман предложил использовать для лечения этого тяжелейшего заболевания, уносившего тысячи жизней, гомеопатические средства (камфора, вератрум, соли меди). Положительный эффект гомеопатии был подтвержден многими врачами того времени, в частности, в Австрии, Венгрии, Англии, Италии, России и др.
В 1830 г. С. Ганемана постигло несчастье — смерть жены, которая была его верным другом и спутником во всех жизненных невзгодах и многочисленных переездах, подарившая ему 11 детей. После смерти жены он продолжал уединенную жизнь и практику в Кетене. Количество больных, приезжавших к С. Ганеману, увеличивалось. В 1835 г. в возрасте 80 лет он женился на 35-летней парижанке Марии Мелани Харвили и переехал в Париж.