Партийная администрация предприняла попытку «взорвать» Ленинградское гомеопатическое общество изнутри, выдвинув председателем Правления своего ставленника, не Имеющего ничего общего с гомеопатией (член партии И. И. Штофер ранее была аптекарским учеником). Свою разрушительную миссию новый партийный председатель выполняла методически, единолично распоряжаясь всей внутренней жизнью Общества, окружив себя собственными выдвиженцами. Даже заведующий гомеопатической лечебницей был смещен и заменен «своим» врачом-аллопатом. Между тем на нужды горздрава переводились финансовые средства.
В 1934–1939 гг. проводилась «проверка» эффективности гомеопатического лечения, начатая по инициативе Всесоюзного института экспериментальной медицины. По замыслу это была прогрессивная идея — «освободить гомеопатию из оков кустарщины, а подчас и грубого эмпиризма и поставить ее на подлинно научный фундамент». К проверке были привлечены крупные ученые того времени — профессора Н. Н. Аничков, М. В. Черноруцкий, Л. Н. Федоров, С. В. Аничков и др. Гомеопатам предоставлялся доступ в клиники — терапевтическую, офтальмологическую, болезней уха, носа и горла, кожных болезней. Предполагалось, что специалисты-теоретики (биохимики, фармакологи, бактериологи и др.) будут проводить проверку действия гомеопатических средств. Было организовано Бюро по изучению гомеотерапии, которое возглавлял профессор М. В. Черноруцкий. Официальные результаты «проверки» оказались не в пользу гомеопатии. В «Советском врачебном журнале» (1939 г.) М. В. Черноруцкий писал: «…широко задуманная попытка изучения эффективности гомеопатии… привела к результатам, которые не дают основания для признания непосредственной эффективности гомеопатии. Представляет ли гомеопатия как своеобразная теоретическая система сама по себе определенную практическую ценность, мы на основании истории вопроса и нашего собственного опыта должны дать ответ отрицательный». В декларации группы врачей-гомеопатов, представленной в связи с проводимыми испытаниями, указывалось на существенные нарушения методики гомеопатического лечения в клиниках. Подчеркивалась, в частности, тенденция к стандартизации лекарственных средств гомеотерапии, что в корне противоречит ее основным принципам. Были обнаружены ошибки в подборе врачей для проведения испытаний, отсутствие согласованных планов обследования и лечения больных. Но главным дефектом испытаний было игнорирование основной гомеопатической аксиомы — лечение не болезни, а больного, с учетом его конституционального типа (в гомеопатическом понимании) и яркими характерными симптомами. Проведение таких сравнительных «испытаний» по стандартным аллопатическим меркам, как показали и другие подобные попытки, для оценки гомеопатического метода лечения неприемлемо. Г. Келлер остроумно сравнивает гомеопата с хорошим портным, который шьет костюм точно по фигуре, в то время как магазины изобилуют дешевым «ширпотребом».
Осенью 1928 г. было организовано Всероссийское общество врачей-гомеопатов в Москве, но с Ленинградским обществом у него отношения не установились. Оба общества приказом Наркомздрава СССР в 1938 г. были упразднены. Это, однако, не означало, что гомеопатия в России запрещалась как лечебный метод. В Ленинграде две гомеопатические лечебницы, ежедневно обслуживавшие 500–600 больных, были переданы горздравотделу и в дальнейшем использовались как платные гомеопатические поликлиники, а гомеопатические аптеки — городскому аптечному управлению.
Однако в СССР, в отличие от многих других стран, гомеопатия не была признана официальной медициной. Подготовка гомеопатов проводилась главным образом в крупных гомеопатических поликлиниках Москвы и Ленинграда. Сопоставим это, например, с Англией, где многие десятки лет существует подготовка врачей на гомеопатическом факультете Лондонского университета, созданного еще в 1850 г. специальным актом парламента. В Аргентине лекции по гомеопатии читаются на медицинском факультете университета в Буэнос-Айресе. В Бразилии более 100 лет существует Институт гомеопатии. В Мексике Национальная школа медицины и гомеопатии подчинена Национальному политехническому институту. В Индии гомеопатия официально признана государством наравне с аллопатией и некоторыми традиционными методами лечения, а в институтах функционируют гомеопатические факультеты. Аналогичные системы гомеопатического образования существуют во многих странах Европы, Азии и Африки.
Полуофициальное, не поддерживаемое государством положение гомеопатии в нашей стране значительно ухудшилось в конце 60-х годов. Чувствительный удар по гомеопатии был нанесен приказом № 610 Министерства здравоохранения (1968 г.) «Об усилении контроля за работой и регламентацией дальнейшей деятельности врачей-гомеопатов и применением в лечебной практике гомеопатических средств». Было запрещено осуществлять подготовку врачей-гомеопатов, издавать какую-либо литературу по гомеопатии, использовать в гомеопатической практике вещества, не разрешенные для медицинского применения Министерством здравоохранения (с изъятием их из аптек). По-существу, это означало разгром гомеопатии и гомеопатических аптек. Последовала серия приказов и распоряжений об изъятии из аптек ценнейших препаратов — змеиных ядов, сепия, аконита, каустика, спонгия, агарикуса, сабина, петролеума, цикуты, кониума и многих других. Такому разгрому гомеопатические структуры не подвергались за всю историю гомеопатии! И нужно отдать должное гомеопатам: они перенесли это несчастье, выжили и продолжали лечить больных.
С середины 80-х годов гомеопаты, десятками лет работавшие изолированно, получили возможность общаться, делиться опытом, создавать профессиональные объединения.
Постепенно изменялось и отношение к гомеопатии официальной медицины.
В 1987 г. в Москве была проведена научно-практическая конференция гомеопатов. В 1989 г. в Ленинграде состоялась юбилейная конференция, посвященная 120-летию гомеопатической поликлиники. Национальный гомеопатический конгресс в ноябре 1990 г. собрал более 200 участников из разных городов России, зарубежных стран. Проведен обширный обмен опытом, намечены пути возрождения и развития гомеопатии. В С.-Петербурге ежегодно проводятся научно-практические конференции врачей-гомеопатов, на которых обсуждаются актуальные вопросы клиники внутренних болезней и смежных дисциплин с участием ведущих ученых страны. Уточняются возможности и место гомеопатии в решении актуальных задач практического здравоохранения. Поставлена и успешно решается важнейшая задача — введение гомеопатии в русло официальной медицины.
Большое значение имело вступление отечественных гомеопатов в Международную лигу гомеопатов, основанную в 1925 г. Съезды лиги проводятся ежегодно в разных странах. В 1990 г. впервые делегация отечественных гомеопатов приняла участие в Международном гомеопатическом конгрессе, состоявшемся в Барселоне (Испания). Годом ранее была создана и зарегистрирована Советская гомеопатическая лига. Президентом был избран В. Г. Глаз. В учредительном собрании лиги принимал участие генеральный секретарь Международной лиги Давид Флорес Толедо — врач-гомеопат из Мексики. Контакты с зарубежными гомеопатами оказались весьма полезными для российской гомеопатии, в то же время накопленный в нашей стране опыт гомеопатического лечения больных с интересом воспринимался за рубежом. Стали популярными международные семинары по гомеопатии. Так, гомеопаты Перми в течение последних трех лет дважды в году встречаются с гомеопатами Бельгии, изучая опыт бельгийской гомеопатической школы и приобретая навыки использования реперториума Кента. В Москве и С.-Петербурге с успехом проводил семинары известный французский гомеопат и психоаналитик Дидье Гранжорж.