Едва успела стихнуть война с Польшей, как правительство должно было обратить внимание на новые внутренние беспорядки, на Соловецкое возмущение и бунт Разина. С падением Никона не уничтожено было главное его нововведение: исправление церковных книг. Многие священники и монастыри не согласились принять эти новшества. Особенно упорное сопротивление оказал Соловецкий монастырь; осажденный с 1668 г., он взят был воеводой Мещериновым 22 января 1676 г.; мятежники были перевешаны. В то же время на юге поднял бунт донской казак Степан Разин. Ограбив караван гостя Шорина в 1667 г., Разин двинулся на Яик, взял Яицкий городок, грабил персидские суда, но в Астрахани принес повинную. В мае 1670 г. он снова отправился на Волгу, взял Царицын, Черный Яр, Астрахань, Саратов, Самару и поднял черемис, чува, мордву, татар, но под Симбирском разбит был князем Ю. Барятинским, бежал на Дон и, выданный атаманом Корнилом Яковлевым, казнен в Москве 6 июня 1671 г. Вскоре после казни Разина началась война с Турцией из-за Малороссии. Брюховецкий изменил Москве, но и сам был убит приверженцами Дорошенко. Последний стал гетманом обеих сторон Днепра, хотя управление левой стороной поручил наказному гетману Многогрешному. Многогрешный избран был в гетманы на раде в Глухове (в марте 1668 г.), снова перешел на сторону Москвы, но был свергнут старшинами и сослан в Сибирь. На его место в июне 1672 г. избран Иван Самойлович. Между тем турецкий султан Магомет IV, которому поддался Дорошенко, не хотел отказаться и от левобережной Украины. Началась война, в которой прославился польский король Ян Собесский, бывший коронным гетманом. Война окончилась двадцатилетним миром лишь в 1681 г.
Из внутренних распоряжений при царе Алексее замечательны: запрещение (в 1648 г.) беломестцам (монастырям и лицам, находившимся на государственной, военной или гражданской службе) владеть черными, тяглыми землями и промышленными, торговыми заведениями (лавками и проч.) на посаде; окончательное прикрепление тяглых классов, крестьян и посадских людей к месту жительства; переход воспрещен был в 1648 г. не только крестьянам-хозяевам, но и детям их, братьям и племянникам. Основаны новые центральные учреждения, каковы приказы: Тайных дел (не позже 1658 г.), Хлебный (не позже 1663 г.), Рейтарский (с 1651 г.), Счетных дел (упоминается с 1657 г.), занятый проверкой прихода, расхода и остатков денежных сумм, Малороссийский (упоминается с 1649 г.), Литовский (1656–1667), Монастырский (1648–1677). В финансовом отношение сделано также несколько преобразований: в 1646 и последующих годах совершена перепись тяглых дворов с их совершеннолетним и несовершеннолетним населением мужского пола, сделана неудачная вышеуказанная попытка введения новой соляной пошлины; указом от 30 апреля 1654 г. запрещено было взимать мелкие таможенные пошлины (мыт, проезжие пошлины и годовщину) или отдавать их на откуп, и велено было зачислить в рублевые пошлины, взимаемые в таможнях; в начале 1656 г. (не позже 3 марта) ввиду недостатка денежных средств выпущены медные деньги. Вскоре (с 1658 г.) медный рубль стал цениться в 10, 12, а в шестидесятых годах даже в 20 и 25 раз дешевле серебряного; наступившая вследствие этого страшная дороговизна вызвала народный мятеж 25 июля 1662 г. Мятеж усмирен обещанием царя наказать виновных и высылкою стрелецкого войска против мятежников. Указом от 19 июня 1667 г. велено было приступить к постройке кораблей в селе Дединове на Оке; впрочем, выстроенный тогда же корабль сгорел в Астрахани. В области законодательства: составлено и издано Уложение (печаталось в первый раз 7-20 мая 1649 г.) и пополняющие его в некоторых отношениях: Новоторговый устав 1667 г, Новоуказные статьи о разбойных и убийственных делах 1669 г., Новоуказные статьи о поместьях 1676 г. При царе Алексее продолжалось колонизационное движение в Сибирь. Прославились в этом отношении А. Булыгин, О. Степанов, Е. Хабаров и другие. Основаны Нерчинск (1658 г.), Иркутск (1659 г.), Селенгинск (1666 г.).