В большей степени исследователям доступны документы фондов ведущих федеральных архивов, и, напротив, более строгие ограничения действуют в ряде ведомственных и местных архивохранилищ. Практически недоступен исследователям Архив Президента Российской Федерации (далее – АПРФ). Лишь в незначительной степени введены в научный оборот документы архивов ФСБ. Существенные сложности возникают и при обращении к документам бывших партийных архивов, которые содержат немало конфиденциальной информации. В результате отдельные архивные учреждения вообще прекратили выдачу целого ряда дел военного времени. В качестве одного из наиболее распространенных способов ограничения доступа исследователей к документам в ряде архивов применяется расширительная трактовка понятия тайны личной жизни. На этой основе остаются засекреченными документы о преступлениях, совершенных членами партии, борьбе с хищениями, перестали выдаваться списки лиц, ушедших с оккупантами.
В РГАСПИ выдаче не подлежат документы, которые содержат сведения о коллаборационистах и коллаборационистских формированиях, аморальных явлениях среди партизан (случаях дезертирства, пьянства), фактах их недоброжелательного отношения к местному населению (расстрелах, грабежах), протоколы допросов военнопленных противника. Не выдаются и документы о местах дислокации партизанских баз, а также сведения о количестве партизанских отрядов и участников партизанского движения.
В ЦАМО РФ в читальный зал не выдаются судебно-следственные дела и постановления военных советов фронтов и армий о снятии с военнослужащих судимости, отклоненный наградной материал, документы, содержащие сведения о чрезвычайных происшествиях и аморальных явлениях, нарушениях конвенций о ведении войны, стенограммы допросов военнопленных противника и другие источники. Только в декабре 2005 г. в ЦАМО РФ отменили цензурирование выписок исследователей из предоставленных им рассекреченных материалов и ограничение на вынос рабочих тетрадей с территории архива. Все эти ограничения, безусловно, сужают исследовательские возможности историков, специализирующихся на рассматриваемых проблемах. Следует отметить негативную тенденцию последних лет: повторно засекречиваются или немотивированно перестают выдаваться в читальный зал целые пласты документов, которые были доступны еще в начале 2000-х гг. К таковым относятся политдонесения, документация военных советов фронтов и другие документы.
Необходимым условием организации работы в любом архиве является соответствующий научно-справочный аппарат в виде путеводителей, каталогов и картотек, позволяющих в огромном количестве документов найти необходимые сведения. В большинстве федеральных и региональных архивов, содержащих материалы по истории горцев Северного Кавказа в 1941–1945 гг., имеются путеводители, систематические и именные каталоги. В ряде региональных архивов ведутся специальные каталоги и картотеки. Например, в УЦГА АС КБР имеются каталоги по истории государственных учреждений, фондов личного происхождения, картотеки граждан, расстрелянных в годы Великой Отечественной войны (она включает и сведения о ста с лишним лицах, сотрудничавших с противником), репрессированных, участников войны и другие. Следует отметить, что путеводитель по архивам Кабардино-Балкарской Республики полностью размещен на сайте республиканской архивной службы. Подобная практика используется и рядом федеральных архивов, однако на региональном уровне она, к сожалению, остается пока скорее исключением, чем правилом, хотя, безусловно, позволяет экономить время и исследователей, и архивистов, выполняющих их запросы.
Создание электронных каталогов и указателей к фондам, баз данных, перевод описей в электронный формат остается главным направлением развития и совершенствования архивного научно-справочного аппарата. Внедрение автоматизированных технологий выводит на новый уровень не только предоставление пользователям информации о составе и содержании архивных документов, но и организацию работы с ними в рамках самого архива, а оцифровка и микрофильмирование документов позволяют обеспечить их лучшую сохранность.
Однако в настоящее время далеко не все федеральные и тем более архивы субъектов Российской Федерации располагают системой электронного каталога, даже для внутреннего пользования, еще меньше сделано в сфере оцифровки документов. В ЦАМО РФ и ряде других архивов вообще отсутствуют путеводители, во многих других хранилищах, особенно региональных, их сведения в значительной степени устарели вследствие образования новых фондов, рассекречивания документов. Далеко не всегда соответствуют современным требованиям и аннотации к документам.