К концу 1919 года 46-ю дивизию передали в 13-ю армию, т.к. последняя была сильно ослаблена в боях. Задача же перед ней стояла чрезвычайно важная – не допустить отход белогвардейских войск в Крым. Однако выполнить её армия оказалась не в состоянии: корпус белого генерала Я.А. Слащёва успел выйти на Перекоп и занять на нём позиции. Единственным соединением красных, которое подтянулось к Перекопу сразу же за корпусом Слащёва, оказалась 46-я дивизия. Здесь она в течение довольно продолжительного времени вела «дуэль» с белым корпусом, даже захватывала Перекоп и Армянск, но, уступая противнику в силах, в конечном счёте была отброшена. В феврале 1943 года служивший в войсках Волховского фронта капитан И. Бахтин, сослуживец Мехлиса по 46-й дивизии, написал последнему, бывшему тогда членом Военного совета Волховского фронта, письмо:
«Помните ли Вы, дорогой генерал, такой же тающий февраль между Юшунем и Армянским базаром в 1920 году и наши две одинокие фигуры, ведущие огонь по слащёвской коннице, пока наши отступавшие части не опомнились и не залегли в цепь вместе с нами?» [26; 299].
Очень ценные для нас строки. Они не только ещё раз свидетельствуют о храбрости Мехлиса, но и показывают, каково было отношение к нему со стороны писавшего их. Строевой капитан не только не побоялся написать письмо генералу, члену Военного совета, но и называет его в письме «дорогой генерал», что, безусловно, говорит о глубочайшем уважении автора письма к Мехлису, уважении, зародившемся во время гражданской войны и никуда не «испарившемся» за межвоенный период и годы Великой Отечественной. Значит, было за что уважать. И капитан Бахтин в этом своём отношении не единственен. Есть множество свидетельств уважительного отношения ко Льву Захаровичу как фронтовиков Отечественной, так и людей, работавших с ним в мирное время.
Но всё это будет позже, а тогда, в 1920 году, подтянувшаяся к Перекопу 13-я армия в марте предприняла ещё ряд попыток пробиться в Крым. Несмотря на то, что однажды красным удалось прорвать оборону на Перекопе, они всё-таки были отброшены. В апреле же уже белые, накопившие силы, перешли в наступление. 14 апреля южнее Мелитополя, в районе деревни Кирилловки, с моря был высажен десант – Алексеевский пехотный полк и Корниловская артбатарея. Противник стремился перерезать железную дорогу Мелитополь – Большой Утлюк, по которой шло снабжение всей 13-й армии. Район высадки десанта был тыловым как раз для 46-й дивизии. Её части и провели уничтожение высадившихся белогвардейцев. В четырёхдневных боях комиссар дивизии вновь отличился. Первоначально сформированный Мехлисом сводный отряд из частей мелитопольского гарнизона и городских рабочих до подхода 409-го полка дивизии смог остановить белых десантников, а затем, с прибытием подкрепления, даже перейти в контрнаступление и отрезать белогвардейцам пути отхода. Части десанта удалось вырваться и вдоль морского побережья уйти к Геническу. По дороге остатки белых ударили по тылам 411-го полка красных. Неожиданный удар вызвал панику и беспорядочное отступление полка. Прибывший в этот момент в полк Мехлис быстро навёл в нём порядок. Под руководством комиссара остатки белого десанта были уничтожены в боях на улицах Геническа [26; 299-300].
Как докладывал командованию армии начдив Ю.В. Саблин, комиссар дивизии «всё время находился в передовых цепях, увлекая вперёд в атаку красноармейцев своим личным примером» [26; 300].
В ходе боя за Геническ Мехлис был довольно сильно ранен в левое плечо (сквозное ранение ружейной пулей со значительным раздроблением кости), но из боя не вышел вплоть до его окончания.
За ликвидацию Мелитопольского десанта Ю.В. Саблин и Л.З. Мехлис были представлены к орденам Красного Знамени [26; 300].
После недолгой службы членом реввоенсовета Юго-Западного фронта Мехлис был назначен политкомиссаром в так называемую Ударную группу Правобережной Украины. Именно её силы, переправившись через Днепр в ночь на 7 августа 1920 года, захватили знаменитый Каховский плацдарм. Есть свидетельства, что передовой отряд группы возглавлялся Мехлисом [26; 301]. Все попытки врангелевцев скинуть красных в Днепр успехом не увенчались. Каховский плацдарм стал символом мужества, стойкости и героизма Красной Армии. И, как всегда, Мехлис был в передовых рядах бойцов. Так, в ходе боя 5 сентября он лично, будучи артиллеристом, возглавил батарею, на участке которой врангелевцы особо яростно атаковали [26; 301-302].
После войны Мехлис, карьера которого на политическом поприще в РККА была обеспечена, как ни странно, уходит из армии. Он занимает должность совершенно незаметную – возглавляет канцелярию Совнаркома, которая к тому времени, погрязнув в бюрократизме и волоките, была крайне неэффективным органом. И Мехлис занялся рутинной бумажной работой. Налаживая контроль за прохождением документации, наказывая разгильдяев и бюрократов, он очень быстро добился того, что канцелярия Совнаркома заработала, «как часы» [26; 304].