Там, где католическая церковь навязывала своим последователям единую веру и побуждала поступать единообразно, протестантизм продвигал де-факто не столько сомнения, сколько неопределенность и неуверенность, даже скептицизм в восприятии любых попыток установить какие-то авторитеты. Это был самый резкий разрыв с прошлым, причем в эпоху, когда все пришло в движение. Сформировался теологический фундамент для другого мощного интеллектуального прорыва — научной революции.
Лютер настаивал на том, что время чудес прошло — все чудеса свершились в годы основания церкви Христа. Это значило, что божественное вмешательство более не будет нарушать естественный ход вещей, который сам Бог когда-то определил. Мироздание стало предсказуемым и стабильным: работали законы природы, раз и навсегда установленные Богом. Тогда встал вопрос: а как мы познаем эти законы? Библия давала какие-то ответы, но она в основном имела дело не с естественными, а со сверхъестественными сущностями, с Богом и его волей. Поэтому логика лютеранства приводила к выводу, что у человечества должен быть еще один путь познания Бога — через познание природы, которая устроена по божьей воле. Природу же познать через Библию невозможно, для этого нужна наука.
Научная революция связана с именами целой плеяды выдающихся мыслителей. Она ни в коем случае не была чисто протестантским феноменом, однако многие ее корни уходят в протестантизм: и с точки зрения необходимости познания природы, и из-за постановки совести отдельного индивидуума в центр интеллектуальной и моральной вселенной. В дополнение ко всему один из самых великих деятелей времен начала научной революции был протестантом, политиком, сторонником и приверженцем английской королевы Елизаветы I и короля Якова I. В этом смысле рождение науки в современном понимании слова соотносится и с появлением протестантства, и с мировой политикой.
Фрэнсис Бэкон родился в 1561 году, через 15 лет после смерти Мартина Лютера. В своем трактате «Великое возрождение наук» Бэкон выдвинул новый подход к познанию мира. Не подвергая сомнению место Бога в первоначальном акте сотворения мира, он предложил для изучения внешнего мира опираться на данные человеческих органов чувств, вполне сообразуясь с материалистическим восприятием того, что «дано нам в ощущениях». Конец всех чудес означал, что материальный мир и его законы в процессе познания следует рассматривать как последнее слово Бога, который более в этот мир вмешиваться не намерен. Дедуктивный метод, преобладавший в средневековой схоластике, должен уступить место индуктивной методологии: получению знаний из окружающего мира через эксперимент, наблюдение и проверку гипотез. Новое знание необходимо черпать из природы, а не из кем-то написанных трактатов, в которых отражались какие-то откровения.
Метод Бэкона имел целью раскрытие секретов природы, научность заключалась в наблюдениях за внешними вещами и явлениями и последующих выводах на основе этих наблюдений. Выводы должны складываться в гипотезы, охватывающие более широкий круг явлений, чем те, на которых эти гипотезы были основаны и которые должны быть либо подтверждены, либо опровергнуты в результате дальнейших наблюдений и экспериментов. Научный метод имел под собой принцип постоянно накапливающегося знания через попытки опровержения (или, по крайней мере, через постановку под сомнение) того, во что верили в прошлом, и одновременно через рациональную и аналитическую проверку этих «верований». Сердцевина научного подхода состояла в том, что все предположения о сути внешних материальных явлений должны находить подтверждение через доказательства и умозаключения. Таким образом, под научный метод познания была явным образом подведена философская база. Особо подчеркивалось, что все идеи об устройстве материального мира должны подвергаться сомнению и проверке.