На рубеже 1943/1944 гг. в Транснистрии появились представители автокефальной Украинской Церкви. Шесть автокефальных священников из занятых советской армией областей приехали в Одессу, установили связь с Миссией и намеревались проводить в греческой церкви богослужения на украинском языке. Но Румынская духовная миссия не приняла их в свои ряды. Автокефальным священникам пришлось уехать дальше в Болгарию. Тогда же в Одессу прибыл с женой и детьми епископ автокефальной Украинской Церкви Михаил Хороший, однако Миссия не признала его даже священником и переслала прошение «владыки» на имя Патриарха Никодима на отзыв архиепископу Антонию (Марценко), который, естественно, отреагировал негативно[1043].
Когда в начале июля 1944 г. русский профессор-богослов из Варшавы М. В. Зызыкин написал Первоиерарху РПЦЗ митрополиту Анастасию (Грибановскому) о том, что Румынская Патриархия якобы разрешила сослужение с неолипковцами (украинскими автокефалистами), владыка в ответном письме от 15 августа опроверг эти сведения и сообщил, что ему «неизвестно о перемене взгляда Румынской Православной Церкви на неолипковщину»[1044]. 29 июня 1944 г. митрополит Анастасий также написал председателю Священного Синода Болгарской Православной Церкви митрополиту Неофиту о том, что Румынская Церковь не признает законность украинской автокефальной иерархии.
В конце февраля 1944 г. положение на фронте стало критическим, и Духовная миссия переехала в Тирасполь, а затем в Измаил. При этом за неделю до эвакуации Миссии ее начальник епископ Антим (Ника) приказал настоятелю кафедрального Свято-Ильинского собора иеромонаху Антиму (Табаку) срочно вывезти из соборной ризницы в г. Аккерман семь архиерейских облачений и другие церковные ценности, привезенные из Херсона архиепископом Антонием (Марценко). 31 июля 1944 г. приехавший через Румынию в Белград владыка Антоний в докладе Первоиерарху РПЦЗ отметил недопустимость подобного поступка и попросил написать Румынскому Патриарху о необходимости возвратить вещи Архиерейскому Синоду РПЦЗ, а в будущем — Херсонской епархии. 17 августа митрополит Анастасий действительно написал об этом деле Патриарху Никодиму, указав, что передачу вещей Архиерейскому Синоду можно осуществить при помощи немецкого военного командования или через представителя Русского охранного корпуса в Бухаресте. Однако вскоре Румыния объявила войну Германии, и просьба владыки не была выполнена[1045].
Когда с приближением фронта румынские клирики «Заднестровья» покидали приходы, их места занимали эвакуировавшиеся из Восточной Украины священники украинского и русского происхождения, пользовавшиеся несравненно большим доверием и любовью народа. Часто происходило, что приходы по-настоящему «расцветали» только с новым славянским пастырем в короткий промежуток времени, оставшийся до прихода советских войск. Управление церковной жизнью «Заднестровья» в это время — после эвакуации Миссии (в начале марта) — взял на себя настоятель Одесского Свято-Пантелеимоновского монастыря, выходец из Бессарабии игумен Василий (Солтици)[1046]. Но он оставался на этом посту недолго, 28 марта советская армия освободила Николаев, а 10 апреля 1944 г. — Одессу.
Следует отметить, что, несмотря на благоприятные внешние условия, развитие церковной жизни на Юго-Западе Украины в годы войны испытывало серьезные затруднения. Активно проводившаяся Миссией румынизация не могла вызвать резонанса в украинском и русском населении «Заднестровья». Без этого негативного фактора успехи церковного возрождения были бы еще больше, хотя в целом ситуация в Транснистрии оказалась значительно благоприятнее, чем в немецком рейхскомиссариате «Украина».
Не только миссионеры, но и часть русских и украинских клириков «Заднестровья» в начале 1944 г. была эвакуирована в Бессарабию, однако здесь их встретили настороженно. Измаильской епископией была создана специальная комиссия по проверке документов священников-беженцев. Отказавшихся проводить румынизацию населения клириков комиссия передавала румынской жандармерии для их отправки в концлагеря. Даже не вызвавших подозрения комиссии русских и украинских священников чаще всего не допускали к занятию приходов, лишали их права церковного служения[1047].