Подобный материал в отношении других конфессий на территории СССР содержит фонд Совета по делам религиозных культов. Следует отметить и ряд других фондов. Так, в особой папке И. В. Сталина (Ф. Р-9401) имеются документы 1944 г. о насильственном переселении 1673 истинно-православных христиан из центральных областей России в Сибирь и на Алтай. Они свидетельствуют о том значении, которое высшее руководство страны придавало борьбе с катакомбным движением. Информация об участии священнослужителей в международной антифашистской содержится в фонде Всеславянского комитета (Ф. 6646. Оп. 1. Д. 20, 35, 36). Большую ценность составляет и доходящий до 1941 г. фонд Архиерейского Синода Русской Православной Церкви Заграницей (Ф. Р-6343).
В Российском государственном архиве социально-политической истории (РГАСПИ) материалы по истории темы содержатся в фонде Центрального комитета ВКП(б) — КПСС (Ф. 17), в следующих пяти описях: Оп. 88 — Сектор информации Организационно-инструкторского отдела (Д. 351), Оп. 121 — Технический секретариат Оргбюро, Оп. 122 — Организационно-инструкторский отдел, Оп. 125 — Управление пропаганды и агитации (Д. 44, 79, 92, 93, 188, 235, 261, 313, 327, 329, 332, 407), Оп. 132 — Отдел пропаганды и агитации (Д. 7, 111, 497). Среди материалов, большей частью не введенных в научный оборот, находятся секретные циркуляры ЦК, постановления Секретариата и Политбюро ЦК, документы Управления пропаганды и агитации, рассказывающие об организации контроля за деятельностью религиозных объединений, о роли партийных комитетов в проведении этой работы, сборе секретной информации о религиозной ситуации в стране, различного вида сводки, поступившие в ЦК из НКВД-МГБ, Совета по делам Русской Православной Церкви и других государственных органов. Значительный интерес представляют немецкие трофейные документы, содержащие данные о религиозной политике нацистской Германии и патриотической позиции конфессий на территории СССР. В этом же архиве следует упомянуть фонд Центрального штаба партизанского движения при ставке Верховного Главнокомандования, содержащий информацию об участии священнослужителей в партизанском движении, (Ф. 69. Оп. 1. Д. 747, 1075) и председателя ЦК «Союза воинствующих безбожников» Емельяна Михайловича Ярославского (Ф. 89. Оп. 4. Д. 92, 94, 96, 175).
Российский государственный военный архив в Москве (РГВА), хранит большую часть трофейных документов III рейха, вывезенных из Германии в 1945–1946 гг. Очень богат фонд Рейхсминистерства церковных дел (Ф. 1470), при этом его материалы территориально относятся лишь к оккупированным европейским странам и самой Германии, исключая СССР. Можно упомянуть следующие дела, содержащие переписку с различными государственными ведомствами и православными архиереями о положении Русской Церкви, проведении богослужений для восточных рабочих и советских военнопленных (Оп. 1. Д. 5, 9, 17–19: Оп. 2. Д. 5, 10, 11, 17). Не менее содержателен, применительно к избранной теме, фонд Главного управления имперской безопасности — РСХА (Ф. 500). Он включает специальное дело с приказами шефа полиции безопасности и СД о религиозной политике на оккупированной территории СССР за июль-ноябрь 1941 г. (Оп. 5. Д. 3). В нескольких делах хранится скопированная службами РСХА частная и деловая переписка русских священнослужителей за 1937–1942 гг. (Оп. 3. Д. 450, 453, 454, 456). Фонд Рейхсминистерства занятых восточных территорий (Ф. 1358) относительно небольшой, и по церковной тематике в нем могут быть использованы лишь доклады о положении в Прибалтике и Белоруссии за 1942–1943 гг. (Оп. 1. Д. 11, 12, 14) и бюллетени министерства (Оп. 4. Д. 10–12). Отдельные документы о Русской Православной Церкви хранятся также в фондах командующего полицией безопасности и СД «Остланда» (Ф. 504), Рейхсминистерства юстиции (Ф. 1146), Полицейских и административных учреждений Германии и временно оккупированных территорий (Ф. 1323), Рейхсминистерства просвещения и пропаганды (Ф. 1363) и ряде других.
В Центральном государственном архиве Санкт-Петербурга (ЦГА СПб) большая часть материалов по теме хранится в 15 фондах. Следует отметить, что епархиальные власти лишь в 1990-е гг. получили возможность создавать собственный полноценный архив, документов до 1943 г. в нем почти нет, и поэтому источники, содержащиеся в ЦГА СПб, являются уникальными. Значительная доля их ранее была засекречена и закрыта для исследователей, другая находилась в свободном доступе, но практически не вовлекалась в научный оборот.