В архиве содержатся в основном материалы государственных учреждений, регулирующих деятельность религиозных организаций, в Ленинградской области. Наиболее крупный комплекс документов хранится в фонде Ленгорисполкома (Ф. 7384), в описи дел городской комиссии по делам культов. Это, прежде всего, дела по наблюдению за деятельностью храмов северной столицы с 1917 по 1943 гг.: исторические справки, инвентарные описи, анкеты и списки членов приходских советов, священнослужителей, протоколы приходских собраний, переписка, планы, фотографии церковных зданий и т. д. Значительную ценность представляют данные об открытии и закрытии храмов, проведении религиозных празднеств, регистрации различных религиозных обществ. Имеются в материалах комиссии и дела по разрушению церквей, арестам и высылке священнослужителей в 1930-е — 1940-е гг. Аналогичные сведения по другим городам Ленинградской области содержатся в документах Леноблисполкома, до 1944 г. имевшего в своем составе органы, регулировавшие деятельность религиозных объединений (Ф. 7179).
История Ленинградской епархии в первые годы Великой Отечественной войны отражается не только в материалах Ленгорисполкома, Леноблисполкома, но и некоторых райисполкомов. Например, в фонде Дзержинского райисполкома (Ф. 4769) имеется отчет общины Спасо-Преображенского собора о всех сторонах ее деятельности за 1941–1944 гг. Сведения о религиозной жизни на подвергшейся оккупации части Северо-Запада России, а также Прибалтики содержатся в фонде Коллекции документов немецких оккупационных властей (Ф. 3355). В библиотеке архива хранится и ценнейшая трофейная коллекция газет, выходивших в период оккупации. Данные по избранной теме за 1943–1945 гг. можно почерпнуть из фондов Ленинградских уполномоченных Советов по делам Русской Православной церкви (Ф. 9324) и по делам религиозных культов (Ф. 2017). В целом материалы архива позволяют достаточно полно представить историю религиозных организаций региона за военный период.
В Центральном государственном архиве историко-политических документов Санкт-Петербурга (ЦГАИПД СПб) интерес представляют материалы фондов Ленинградского областного комитета ВКП(б) — КПСС (Ф. 24) и некоторых райкомов партии: Выборгского, Московского, Василеостровского, Невского и Петроградского (Ф. 2, 3, 4, 5, 6). Могут быть использованы политсводки, отчеты, переписка, различного рода доклады органов НКВД (МВД) и НКГБ (МГБ), в которых имелись сведения о религиозных организациях. К примеру, важная информация о ликвидации тайной иосифлянской общины содержалась в справке областного управления НКВД от 1 октября 1942 г. Однако надо учитывать условия создания этих документов, а также источник их происхождения. В отличие от официальных отчетов, порой приукрашивавших действительность, секретная переписка дает более правильное представление о событиях.
В Центральном государственном архиве высших органов власти и управления Украины (ЦГАВОВУ) в Киеве особенный интерес представляют фонды штаба рейхсляйтера Розенберга на оккупированных восточных территориях (Ф. 3676), командующего полицией безопасности и СД в г. Киеве (Ф. 4398). В них содержатся документы, касающиеся отношения к Православной Церкви на Украине со стороны немецких оккупационных органов власти. Также следует упомянуть фонд Совета по делам религий при Совете Министров УССР (Ф. 4648), а именно опись 1 данного фонда, отражающую деятельность уполномоченного Совета по делам Русской Православной Церкви по Украинской ССР в период с 1943 по 1945 гг.
В Национальном архиве Республики Беларусь следует выделить фонд Совета по делам религий при Совете Министров БССР (Ф. 951), содержащий богатый материал о церковной жизни в республике в период оккупации и после изгнания захватчиков — в 1944–1945 гг., в частности, о патриотических денежных взносах верующих (Оп. 1. Д. 1–3; Оп. 2. Д. 1–3). Интересны и документы Государственной комиссии БССР по оценке ущерба, причиненного немецко-фашистскими захватчиками, в том числе о разрушении храмов и убийствах священников (Ф. 861. Оп. 1. Д. 36), а также материалы немецких оккупационных органов власти (генерал-комиссара Белоруссии и т. п.) о церковной жизни в 1941–1944 г. (Ф. 370. Оп. 1. Д. 1–3, 25, 177, 305, 378, 382, 386, 387, 414, 433, 436). Наконец, в этом архиве могут быть использованы документы различных органов Коммунистической партии Белоруссии, имеющие отношение к церковной деятельности в годы войны (Ф. 4. Оп. 2. Д. 146; Оп. 29. Д. 146, 539; Оп. 47. Д. 19).
В Государственном архиве Гродненской области к избранной теме относятся некоторые документы фонда уполномоченного Совета по делам Русской Православной Церкви по этой области (Ф. 478. Оп. 1. Д. 10, 12, 32, 52; Оп. 2. Д. 1), а в Государственном архиве Витебской области — материалы местного уполномоченного Совета по делам Русской Православной Церкви и немецких оккупационных органов власти (Ф. 2290. Оп. 1. Д. 22–27, 140; Ф. 1431. Оп. 1. Д. 1).