В относящемся ко второй группе архивов Центральном архиве Министерства обороны Российской Федерации к избранной теме относится небольшое количество документов, в частности, о передаче советской армии танковой колонны «Дмитрий Донской» и другой боевой техники, построенной на церковные пожертвования (Ф. 32. Оп. 11302. Д. 275; Ф. 364. Оп. 116513. Д. 15; Ф. 516. Оп. 187899. Д. 10).
В Центральном архиве Федеральной службы безопасности Российской Федерации (ЦАФСБ) и архивах региональных управлений ФСБ хранятся сотни следственных дел, содержащих материалы о репрессиях представителей духовенства и мирян различных конфессий в годы Великой Отечественной войны. Так, в Архиве Управления ФСБ по Санкт-Петербургу и Ленинградской области (АУФСБ СПб ЛО), содержатся сведения о репрессиях священнослужителей в годы блокады и на бывших оккупированных территориях после их освобождения. Наибольший интерес здесь представляют дела протоиерея А. Кибардина, иеромонаха Тихона (Зорина), священников В. Апраксина, И. Молчанова, М. Рождественского, архимандрита Клавдия (Савинского) и др. (Ф. архивно-следственных дел). Очень информативными по избранной теме являются архивно-следственные дела руководителей Псковской православной духовной миссии: протопресвитера К. Зайца, протоиерея Н. Жунды и др., а также группы насельников Псково-Печерского монастыря, в т. ч. настоятеля обители игумена Павла (Горшкова) — в Архиве Управления ФСБ по Псковской области. Следственные дела членов Псковской миссии (священников П. Кононова, Н. Соловьева и др.) хранятся и в Архиве Управления ФСБ по Новгородской области.
В Государственном архиве общественно-политической истории Воронежской области находятся следственные дела и другие материалы, позволяющие изучить историю оппозиционного советской власти катакомбного церковного движения в его главном очаге — Центральном Черноземье России — в 1940–1950-е гг. (Ф. 9323). В Центре документации новейшей истории Костромской области могут быть использованы следственные дела 1940-х — 1950-х гг. катакомбников и священнослужителей Московского Патриархата (Ф. 3656).
В Центральном государственном архиве общественных объединений Украины (ЦГАООУ) в Киеве находится большая группа архивно-следственных дел украинских священнослужителей конца 1930-х — 1940-х гг. (Ф. 263), а также документы, касающиеся отношений Церкви и советского государства на Украине в послеоккупационный период (Ф. 1).
В Архиве Комитета государственной безопасности Республики Беларусь содержатся сведения о репрессиях ряда православных священнослужителей на бывших оккупированных территориях после их освобождения — в 1944–1945 гг.: следственные дела архимандрита Серафима (Шахмутя), священников Анатолия Гандаровича, Николая Гуриновича и др. Подобные же дела могут быть изучены в Архиве КГБ по Гродненской области: священников Анатолия Миссюка, Афанасия Яссиевича, Николая Устиновича, — а также в Архиве КГБ по Витебской области: протоиерея Павла Каменцова, председателей церковного подотдела Витебской городской управы В. Н. Еленевского, П. В. Пароменского и др. В отделе фондов Государственного музея истории Великой Отечественной войны в городе Минске хранится большая группа сообщений Белорусскому митрополиту священников и приходов Белоруссии об их деятельности в годы немецкой оккупации.
Третью группу образуют государственные архивы Западной, Юго-Восточной Европы и США. При этом наибольшее значение имеет Федеральный архив (Бундесархив) в Берлине (Bundesarchiv Berlin — ВА). Фонд Рейхсминистерства занятых восточных территорий содержит важнейшие акты, разработанные в министерстве и определившие церковную политику гражданской администрации на занятой германскими войсками территории СССР. Основная их часть, как и сообщения с мест представителей ведомства Альфреда Розенберга, хранятся в трех делах, имеющих единое название «Религиозная свобода на занятых восточных территориях и церковная политика РМО и рейхскомиссаров 1941–44» (R 6/177, 178, 179). Большой интерес представляет также дело с перепиской А. Розенберга с шефом Имперской канцелярии Ламмерсом 1940–44 гг. (R 6/22) и дело «Критические отзывы и жалобы рейхсминистра Розенберга фюреру и рейхсканцлеру 1941–43» (R 6/18). Они позволяют проследить, как шла разработка закона о религиозной свободе на занятых восточных территориях, какая острая борьба различных ведомств велась по поводу этого указа, который в итоге так и не был принят. Дело «Создание самоуправления на занятых восточных территориях и участие местных жителей в управлении 1942–44» (R 6/281) содержит много ценных сведений о положении религиозных организаций в рейхскомиссариате «Украина» и попытках германских властей использовать в своих целях Украинскую Автокефальную Православную Церковь.