В фонде Главного управления имперской безопасности имеется богатейшая информация о положении Русской Церкви на оккупированной территории СССР в трех группах сообщений представителей этого ведомства за 22 июня 1941 — 21 мая 1943 гг. (R 58/60, 214–225, 697–699). Указанный источник содержит не только информационные сводки, но и заявления православных священнослужителей в германские органы власти, порой копии важнейших церковных документов, например, акта объединения Украинских Автокефальной и Автономной Церквей от 8 октября 1942 г. Следует отметить также протокол беседы Гитлера с Розенбергом и рейхскомиссаром Э. Кохом о германской политике на Украине от 19 мая 1943 г. (R 58/1005), докладные записки о «русском вопросе» 1942 г., Украине 1940 г. (R 58/13, 37) и документы об особом обращении с восточными рабочими (R 58/243).
Фонд Рейхсминистерства церковных дел содержит, прежде всего, материалы о положении приходов Русской Православной Церкви на территории Германии, однако с информативной целью министерство также получало различные сообщения и докладные записки о ситуации на оккупированной территории СССР, Центральной и Юго-Восточной Европы: в Греции (в том числе на Святой Горе Афон), Протекторате Богемия и Моравия (в Чехии), Болгарии, Румынии и Сербии. Они отложились главным образом в деле «Православная Церковь в новых рейхскомиссариатах Востока 1941–45» (R 5101/22183). Это дело заканчивается важным документом от 29 января 1945 г., в котором говорится об указаниях, данных рейхслейтером Мартином Борманом германским средствам пропаганды в связи с избранием нового Московского Патриарха. Интересны и материалы о попытках создания Православного богословского института в Бреслау или Берлине в деле «Православная Церковь Заграницей, 1936–39» (R 5101/23173) или о религиозной ситуации на оккупированной территории Польши и Западной Белоруссии, 1939–41 гг. (R 5101/22181).
В фонде Рейхсминистерства иностранных дел хранятся дела, содержащие донесения немецких посольств и уполномоченных МИД о религиозной ситуации в европейских странах. В двух подобных делах, в частности, имеются сведения о положении русских обителей на Святой Горе Афон (R 901). Кроме того, в Федеральном архиве отдельные акты, относящиеся к германской церковной политике на Востоке, содержатся в фондах Имперской канцелярии (R 43/II), Рейхсминистерства юстиции (R 22), Рейхсминистерства финансов (R 2), Внешнеполитической службы национал-социалистической германской рабочей партии (NS 43) и др.
Очень ценным архивохранилищем является Политический архив Министерства иностранных дел в Бонне (Politisches Archiv des Auswärtigen Amts Bonn — АА), где хранятся десятки дел с аналитическими записками, отчетами, письмами, телеграммами немецких дипломатических служб о религиозной ситуации в странах Восточной и Центральной Европы, в том числе в Сербии, Хорватии, Греции, Словакии, Венгрии и т. д. (Inland I-D, 4740–4742, 4797–4800 и др.).
Третьим важным для темы германским архивом является Федеральный военный архив во Фрейбурге (Bundesarchiv-Militärarchiv Freiburg — BA-MA), материалы которого позволяют исследовать церковную политику военной администрации на оккупированных территориях СССР. В фонде командующих армейскими тыловыми областями хранятся указы, определившие отношение к Русской Православной Церкви военнослужащих вермахта, деятельность в этой области военной администрации и армейских отделов пропаганды (RH 22/7, 171, 272a). А одно из дел составляет доклад о переговорах представителя командующего частями вермахта на Украине с православным епископом Николаевским (RH 22/160). В фонде комендантов тыловых армейских областей были обнаружены интересные документы о деятельности Псковской православной духовной миссии на Северо-Западе России в 1941–1943 гг. (RH 23/281). Материалы Верховного командования армии (ОКХ) / Генерального штаба армии свидетельствуют об определенном внимании, которое ОКХ уделяло церковной проблеме в России. Здесь можно встретить и суждение Восточного отдела иностранной армии о необходимости изменить религиозную политику на Востоке от 25 ноября 1942 г. (RH 2/2089), и подборку подробнейших сведений из прессы, сообщений радио, допросов военнопленных, донесений разведки о церковной жизни в СССР за июль 1944 — апрель 1945 гг. (RH 2/2336), и доклады абвера 1943 г. о настроениях населения в религиозной сфере на Украине и Северо-Западе России (RH 2/2560).