Первые пустынножительницы появились летом 1895 года. Они построили в лесу маленькую келью, водрузив у дерева с образком деревянный крест (крест сохранился и находится в часовне у храма преп. Иоанна Лествичника), и стали собираться сюда на молитву. Слух о бесстрашных подвижницах, живущих в лесу, быстро пронесся среди местных жителей–хуторян, и они стали приходить молиться вместе с инокинями.
Беление воска продолжалось с мая по сентябрь, а осенью сестры возвращались в Рижскую обитель.
Для непрерывного пустынножительства нужен был храм; в нем нуждались и православные рабочие, приезжавшие из России трудиться на кирпичных заводах, расположенных на большом протяжении по реке Аа вблизи Митавы. Летом их число достигало шести тысяч, а зимой рабочих оставалось от шестисот до восьмисот человек. И вот эти бедняки посоветовали сестрам обратиться к хозяевам заводов с просьбой пожертвовать кирпичи для постройки храма.
6 августа 1897 года состоялась закладка в Пустыньке первого храма во имя Преображения Господня, а 20 июня 1899 года он был уже освящен. День освящения Преображенского храма является датой основания Пустыньки.
С этого времени и начала созидаться в лесной тиши монашеская жизнь пустынниц. Постепенно число сестер увеличивалось: в 1911 году их было более тридцати, к 1915 году — сорок четыре.
Слишком большой разницы в духе и строе жизни в Пустыньке и в Рижском монастыре не было, но все же пустынный устав был строже, а молитвенное уединение, близость к природе накладывали на пустынных сестер отпечаток необыкновенной простоты, духовного умиротворения и радушия ко всем.
Постепенно Пустынька благоустраивалась. В 1908 году был освящен второй храм — в честь преподобных Иоанна Лествичника и
Сергия Радонежского, рубленый из соснового дерева, без всякой облицовки снаружи и внутри. В нем все было просто: деревянные церковные сосуды, холщевые ризы, деревянные подсвечники. Здесь сохранялся первохристианский дух, когда верующие заботились не столько о благолепии и красоте храмов рукотворных, сколько о созидании живого храма души.
По соседству с храмом приютилась небольшая деревянная часовенка в честь преподобного Иоанна Лествичника, построенная в 1899 году на месте того дерева, на котором первыми пустынножительницами, начинавшими здесь свое святое дело, был водружен крест с иконой. Постепенно в Пустыньке были построены домики для сестер, странноприимный дом, устроена церковно–приходская школа, разбит небольшой плодовый сад с пчельником.
Дивная в своей духовной простоте и величии Спасо–Преображенская пустынь стала помощницей Рижской обители в ее духовно–просветительном служении в иноверном крае, соединяя в одну духовную семью рассеянных чад Православной Церкви, помогая иноверцам познать Православие. Такое значение Пустыньки проявилось постепенно.
Основательницы монастыря игумения Сергия (в миру Екатерина) и монахиня Иоанна (в миру Наталия) были наставницами, старицами для сестер, беседовали с ними, исповедовали их, были доступны сестрам в любое время. Духовно опекали сестер старцы из разных обителей, но своего, постоянно живущего в обители старца еще не было. Наместник Троице–Сергиевой Лавры архимандрит Павел (Глебов; f1904), настоятель Псково–Печерского монастыря архимандрит Мефодий (f1906) постоянно поддерживали духовную связь с пустынными сестрами. Инокини считали архимандрита Мефодия духовником своей обители. Один раз в год он приезжал на длительное время в Пустыньку; сестры–основательницы ездили к нему, окормлялись духовно через переписку. В письмах к сестрам он называл себя духовником обители. Сестры–основательницы отмечают в дневнике, что у обители появился духовный отец, многоопытный старец.
После смерти о. Мефодия личным духовным руководителем основательниц монастыря и Пустыньки стал схииеромонах Алексий, старец Зосимовой пустыни при Троице–Сергиевой лавре. Он был одним из духовников Марфо–Мариинской обители.
В декабре 1909 года игумения Сергия и монахиня Иоанна ездили в Зосимову пустынь для получения благословения на передачу старчества другим монахиням, ибо сами они из‑за физической перегрузки не могли окормлять сестер. Старец Алексий благословил, и вскоре к нему приехали выбранные сестры–старицы для благословения и назидания.
Постриги в обители совершали либо владыки, либо архимандрит Иннокентий и архимандрит Вячеслав из Рижского Алексеевского мужского монастыря. В Пустыньке и в Рижском монастыре был штатный священник при храме.