Должный порядок и настоящая дисциплина среди морского офицерства были наведены только при Павле I. Все офицеры были отныне расписаны по конкретным дивизиям и судам. Переводы с судна на судно и из дивизии в дивизию стали осуществляться только по уважительным причинам и не иначе как с личного разрешения императора. Современник пишет: «Если замечалось малейшее небрежение или медлительность исполнения, заставляющие подозревать холодность к делу офицеров, их придавали к строгим взысканиям без различия чинов и званий». Так, например, заслуженный и знаменитый адмирал Ф. Ф. Ушаков получил лично от Павла Первого строгий выговор «за неимение во время порядочных сигналов и предписанных уставом предосторожностей». Начальник Черноморского флота адмирал С. Мордвинов за случившийся на Глубокой пристани взрыв бомбового погреба был сменен с должности. Все неисправности, замеченные Павлом I при посещении морского госпиталя в Кронштадте, приказано было привести в порядок «на счет членов адмиралтейств-коллегии», в обязанность которых входил надзор за госпиталями. За удержание нижних чинов на работе в своих собственных домах и мызах 6 флагманов и 18 капитанов получили строгий выговор. За столкновение судов командиры отдавались под военный суд, и до исполнения приговора назначались к исполнению должности подвахтенных офицеров на тех судах, на которых служили, и т. п. С особенной строгостью следили при Павле Первом за сохранением дисциплины, установленных служебных порядков и особенно формы одежды.
Разумеется, что активность офицеров, их желание служить и плавать во многом определялись общей ситуацией на флоте. Например, во время управления морских министров де Траверсе и Моллера в начале XIX века (времена существенного упадка флота) среди морского общества того времени небольшое число развитых и образованных офицеров «вполне понимало печальное состояние своей службы и горячо желало ее поднятия; остальная же масса, как говорится, «плыла по течению» и, временно возмущаясь каким-нибудь особенно тяжелым явлением, вообще была даже довольна существовавшим спокойствием.
Благодушная снисходительность или, вернее, служебная беззаботность, спускавшаяся сверху вниз, с любовью усваивалась большинством служащих, входила в привычку и прочно прививалась к жизни, а тогдашняя жизнь в портах часто совершенно расходилась с требованиями службы».
Однако проблемы с дисциплиной все равно оставались, причем нарушителями ее в большой мере были сами начальники. Когда, к примеру, в январе 1828 года император Николай Первый внезапно отправился на Охтенскую верфь, то ни на одном из пяти строящихся судов не обнаружил ни одного из уже назначенных командиров. Перепуганный морской министр адмирал Моллер пытался выкрутиться, объясняя, что во время «высочайшего присутствия» командиры где-то просто обедали. Николай таких объяснений не принял. Дело в том, что императора взбесило не только одновременное отсутствие всех капитанов, но и то, что они в рабочее время «обедали», то есть, попросту говоря, где-то сообща выпивали. Скорый на расправу Николай тут же начертал ответ сердобольному министру: «Объявить господам командирам всех строящихся судов, что я поверить не могу, если один или два по крайней нужде могут отлучиться, но чтоб вдруг все пять не были на своем месте, того я не могу дозволить. И потому так, как обедать могли и после рабочего времени, то обедавших посадить на трое суток на гауптвахту, объявив приказом по флоту от вашего имени».
Весьма своеобразным в эпоху парусного флота было и производство офицеров в чины. Дело в том, что с момента создания флота Петром I этот порядок не был четко определен. Он начал устанавливаться лишь с 1706 года, а с 1714 года кроме определенного срока выслуги в каждом чине для повышения была введена баллотировка, то есть тайное голосование офицеров-сослуживцев. В 1720 году адмиралтейств-коллегия установила баллотировку до капитана третьего ранга (капитан-лейтенанта) включительно. Но затем было решено все же производить в чины по старшинству. В целом, с небольшими изменениями, этот порядок производства в чины сохранялся на флоте на всем протяжении XVIII века.