Во время Великой Отечественной войны были открыты многие храмы, и в 1944 году отец Никон получил возможность священнослужения – сначала в Козельске, потом его переводили из города в город и наконец определили на приход в городе Гжатске.
Первое время на новом месте приходилось претерпевать неимоверные бытовые и материальные трудности. Денег батюшка вообще никогда не имел, так как раздавал их почти немедленно после получения. Всё его имущество за исключением самых необходимых вещей составляли одни лишь книги, в основном писания святых отцов Православной церкви.
Он был большим тружеником, не выносил праздности и всегда чем-нибудь занимался, но больше читал. Если ему в руки попадала интересная книга, то он не спал ночи и не расставался с ней целый день, пока не прочитывал её. Постоянным его чтением были святоотеческие творения, жития святых, проповеди, редко – учёно-богословские и философские сочинения. Особенно же тщательно и постоянно перечитывал он творения епископа Игнатия Брянчанинова, которого в качестве духовного отца завещал всем своим духовно близким. Сочинения епископа Игнатия (тогда ещё не прославленного в лике святых) батюшка считал лучшим руководством для нашего времени. Святые отцы, считал он, нам уже во многом недоступны, мы их не можем правильно понять, а епископ Игнатий переложил их учение на современный язык с учётом наступившего времени, с учётом новой психологии людей.
Он никогда не оставлял разрешение возникшего вопроса на будущее, сразу же брал толкования, особенно епископа Феофана (Говорова) или какие-либо сочинения, где затрагивался данный вопрос, обращался к словарям, справочникам. Зная французский и немецкий языки, он иногда читал и иностранную литературу.
В быту батюшка редко когда позволял сделать для себя какую-либо услугу: принести что-либо, убрать и прочее. С трудом, кряхтя, но делал сам, несмотря на то что был очень больным. Четыре года, проведённые в лагере, чрезвычайно подорвали его здоровье. Более всего он страдал от болезни сердца и ревматизма суставов рук и ног. Тем не менее он считал, что без крайней нужды пользоваться услугами другого человека нехорошо, грешно. Он вменил себе в обязанность некоторые домашние и хозяйственные дела: топил и вычищал печь (печь топилась углём и была очень неудобной), обрабатывал плодовые деревья и кустарники, пилил и колол дрова, копал землю.
По отношению к людям батюшка был различен. С некоторыми разговаривал спокойно, других утешал, а иных прямо обличал. Он не знал, что такое человекоугодие, и очень не любил людей льстивых и лукавых. Последним более всего от него обычно и доставалось...
Батюшка очень любил церковную службу и служил собранно, сосредоточенно, от всей души, что чувствовалось всеми. Совершал богослужение просто, сдержанно, естественно. Не переносил артистизма или какой-либо вычурности в совершении богослужения, чтении, пении и «артистам» делал замечания.
Очень насущны сегодня пророческие слова игумена Никона о духовных путях, вернее, беспутьях, современной России: «Хорошо, что у нас граница закрыта. Это великая милость Божия к нашему народу. Нас бы завалили (особенно Америка) дьявольской сектантской литературой, а русские люди очень падки на всё заграничное, и окончательно погибли бы». Не менее остро звучит ныне и такое скорбное признание батюшки: «Народ в своём подавляющем большинстве совершенно не знает христианства и ищет не пути спасения, не вечной жизни, а тех, кто бы помог ему что-то "сделать", чтобы сразу избавиться от скорби».
В последние годы жизни на долю отца Никона выпало множество различных скорбен, житейских неприятностей, суеты. «Но эта суета, – говорил он перед смертью, – дала мне возможность увидеть: ничего не можем мы сами сделать доброго». В это время он, по собственному признанию, понял и пережил состояние начального христианского смирения, открывающего, «что мы сами ничто, мы только создание Божие. Поэтому чем нам гордиться?»
Постепенно он стал всё больше слабеть, скорее уставать, меньше есть. Но ни разу за всё время болезни никому он не жаловался. Никто не видел в нём уныния или скорби. Он был спокоен, сосредоточен и большей частью даже с лёгкой улыбкой на лице.
До дня смерти был в полном и ясном сознании и из последних сил наставлял окружающих. Завещал хранить веру всемерным исполнением заповедей и покаянием, всячески держаться епископа Игнатия Брянчанинова, избегать особенно суеты, совершенно опустошающей душу и уводящей ее от Бога. Скорбящим у его постели он говорил: «Вот мой завет умирающего: кайтесь, считайте себя, как мытарь, грешниками, умоляйте о милости Божией и жалейте друг друга».