В романе частично упомянуты книги, на которые опирались еретики — сочинения Дионисия Ареопагита, также «Шестокрыл», «Звездозаконие», где толковались астрономические вопросы.
Отражением тогдашних богословских споров является разное произношение и написание в романе имени Христа: Исус, обычное для того времени, и Иисус, принятое еретиками.
Вообще об именах надо сказать следующее. В романе одно и то же имя передается по-разному: Олимпиада — Пиша, Ваня — Иван, Данил — Данило. Кроме того, есть имена с прозвищами: Стрига-Оболенский. (Оболенский — родовая фамилия, Стрига — личное прозвище. Вот почему встречается и Стрига-Оболенский, и Оболенский-Стрига, и просто Стрига.) Фамилии в XIV–XV веках только начинали образовываться. Звали людей обычно по имени или по имени-отчеству, при этом замужних женщин вместо отчества — по имени мужа. Поэтому Марфа Борецкая зовется то Марфой Ивановной (отчество), то Марфой Исаковной (по имени покойного мужа, Исака Андреича Борецкого). Личное отчество Марфы выясняется по документам с трудом и гадательно, по отчеству ее брата (родного или двоюродного?) Ивана Лошинского. Возможно, он и родной брат, но его отчество перепутано в летописи, ибо в «Житии» Михаила Клопского, в писцовых книгах XVI века и в одной печати, предположительно принадлежавшей именно ему, Лошинский назван Семеновичем. Можно допустить, что и Марфа была Семеновной, а не Ивановной. Впрочем, точно ничего сказать нельзя, и мы остановились на традиционном летописном отчестве.
Действие романа охватывает 1470 — 1478 годы. Все события, вплоть до мельчайших, выверялись, помимо специальных исторических исследований, по первоисточникам: летописям, грамотам, писцовым книгам, житиям и проч.
К сожалению, науке многое неизвестно, и поэтому где-то приходилось прибегать к гадательным построениям. Так, возможно, что Иван Офонасович Немир был не славенским, а неревским боярином, что родословие Своеземцевых надо передвинуть несколько назад, и, соответственно, все Своеземцевы станут старше, и т. п. Впрочем во всех подобных случаях мы предпочитали самую осторожную позицию, отказавшись, например, от соблазна придумать Марфе Борецкой предков, хотя, разумеется, «империя Борецких» выросла не на пустом месте, и одновременно от ряда легендарных сведений относительно Марфы, явно вымышленных в последующие столетия.
Несущественные отступления от хронологической и событийной исторической канвы допущены лишь в двух местах. Первое — Зосима соловецкий приезжал в Новгород, по-видимому, как это явствует из фундаментального исследования В. Л. Янина о новгородских посадниках, на год раньше, не в 1470-м, а в 1469 году, но тоже при степенном посадничестве Ивана Лукинича. Разговоры о союзе с литовским королем велись уже тогда, и мы предпочли в этом случае просто сблизить события. Второе отступление: Степан Брадатый не участвовал в «мирном» походе Ивана Третьего на Новгород. Из дьяков были только Полуектов с Беклемишевым. Однако эти московские чиновники оставили записи вполне в духе Брадатого, и мы посчитали возможным объединить их свойства в одном лице, наиболее характерном.
Отдельно нужно сказать о языке. «Цоканье» (мена «ц» и «ч»), как и другие приметы северновеликорусского говора, встречаются непоследовательно уже в берестяных грамотах XIII–XV веков. К тому же звук «ц» в слове «что» и вообще в начале слов звучит как нечто среднее между «ц» и «ч», и передать его на письме невозможно. Мы поэтому вводим диалектные особенности спорадически, применяясь к требованиям художественной прозы, социальному положению героев (чем культурнее персонаж, тем чище и книжнее его речь), зрительному восприятию читателя, которое, в общем, старались щадить, и тем тонким оттенкам смысла и мелодики речи, которые содержит сам по себе народный говор. Например, мена «ли» и «ле». «Ле» вместо «ли» возникает изредка на конце фраз в более вопросительной интонации. В целом диалектные формы ярче сохранены в прямой речи, во внутренних монологах персонажей и реже встречаются в авторской речи, лишь там, где авторскою речью передается не взгляд автора, а взгляд данного персонажа на предмет, пейзаж или событие. Элементы церковнославянской фразеологии употреблены преимущественно в языке персонажей, близких к церкви.