Одновременно с религиозной пропагандой шведские миссионеры вели, по сути, подрывную работу против Новгорода. Уговорами и подарками они сумели подчинить своему политическому влиянию и настроить против русских правящую верхушку племени емь. В результате в середине 20-х гг. XIII в. происходит временное отпадение значительной части земли племени емь от Новгорода. Новгородский князь Ярослав Всеволодович был одним из немногих, кто понял, какую опасность для Новгорода представляет отпадение и экспансия шведов. Он убедил новгородских бояр в необходимости вернуть емь под власть Новгорода. Было принято решение об организации большого похода в землю еми. Во главе похода встал Ярослав. Зимой 1226–1227 гг. Ярослав Всеволодович со своею дружиной перешел по льду Финский залив, прошел через всю землю еми и силой подчинил непокорные области. Судя по летописи, в походе было захвачено много пленных[78]. Но закрепить эту военную победу политически не удалось. Как только новгородские войска ушли из Финляндии, большая часть областей снова отпала от Новгорода и возвратилась под власть шведов. Чтобы воспрепятствовать продвижению шведов на русские земли, Ярослав пошел на очередные чрезвычайные меры. В западных областях Карелии, прилегавших к земле племени емь, было проведено массовое крещение населения. В результате крещения Ярослав добился на долгие годы (до последней трети XIII в.) закрепления западно-карельской территории в составе Новгородского государства[79]. Поход Ярослава Всеволодовича в 1227 г вызвал жалобу Томаса папе. В 1229 г. Григорий IX призвал основные торговые центры Прибалтики Линчепинг (Швеция), Висби, Ригу, Дюнамюнде и Любек под угрозой отлучения не продавать язычникам и союзным им русским, как это делается и относительно арабов, оружия, лошадей, судов, продуктов.
В 1232 г. папа обратился к Ливонскому ордену с призывом защитить Томаса от нападения Руси. В том же году папа Григорий IX поручил своему легату в Прибалтийских странах Балдуину Альнскому в пределах вверенной ему области запретить всем католикам без его разрешения вести переговоры и заключать мир или перемирие с русскими или с языческими народами[80]. В 1234 г. папа включил в пределы легатской области Балдуина Финляндию. Тем самым легату вменялось в обязанность поддерживать финляндскую церковь и шведскую колониальную политику в Финляндии. Все эти мероприятия стали реакцией на изменение ситуации в Финляндии. Емь из противника Новгорода стала его союзником. Дружественные отношения еми со шведами продолжались до тех пор, пока шведы ограничивались распространением католичества. Когда же они перешли от религиозной пропаганды к установлению политического господства, емь восстала и перешла на сторону Новгорода. В 1237 г. папа получил известие от архиепископа Упсальского Ярлера о восстании тавастов (еми) против шведов и католической церкви, которое было поддержано русскими. В ответ Григорий IX направил в Швецию буллу с призывом к организации «крестового похода» против тавастов[81].
Еще одним объектом крестоносной агрессии стала Литва. В начале XIII в. мощь этого языческого государства значительно возросла. Участились набеги литовских князей, а также союзных с ними пруссов, на соседние польские земли — Хельминскую область, Мазовию и Куявию. Особенно страдали от литовских набегов земли мазовецкого князя Конрада. В 30-х гг. XIII в., пользуясь тем, что волынские князья были заняты борьбой за галицкие и киевские земли, Конрад попытался выйти из-под их политического влияния. В борьбе против Литвы и Руси он решил опереться на немецких рыцарей Тевтонского ордена.