После кончины Ивана Васильевича Шуйского Андрей Честокол попытался занять его место у трона. Однако он не сумел овладеть положением и попытался "уйти в тень". Но в политической игре XVI столетия обычной платой за поражение была жизнь. В конце 1543 года 13-летний Иван IV, несомненно, подученный своими наставниками из числа врагов Шуйских, приказал схватить князя Андрея и казнить без суда.
Роль палачей Иван IV поручил дворцовым псарям. Тело убитого ими князя Андрея было отвезено в Суздаль и погребено там на родовом кладбище Шуйских.
Следующее поколение Шуйских также состояло преимущественно из мужественных воевод. Одним из них был сын казненного Андрея Шуйского - Иван. Спасаясь от гнева царя и мести ненавидевших его отца бояр, Иван - тогда еще ребенок должен был бежать из Москвы. По семейному преданию Шуйских, сохраненному одним из летописцев, Ивана спасла преданность слуги-воспитателя ("дядьки"). Он тайно увез отрока на Белоозеро. Там они оба скрывались, добывая пропитание крестьянским трудом. Впоследствии дядька бросился в ноги царю, когда тот был на богомолье в Троице-Сергиевом монастыре, и вымолил прощенье для своего воспитанника.
Не станем разрушать сомнением поэтическую прелесть этой истории. Как бы там ни было, сын опального боярина был взят на царскую службу и занялся привычным для Шуйских воинским ремеслом. Известно, что в 1558 году он был воеводой в полках, стоявших в Дедилове, на Оке. В последующие годы его постоянно можно встретить среди воевод, действовавших на ливонском фронте.
Известный советский историк С. Б. Веселовский отметил парадоксальный факт: несмотря на то, что Шуйские принадлежали к высшей аристократии, что один из них стал самой первой жертвой государевых псарей-палачей, они даже в самые мрачные годы опричнины "пользовались исключительной благосклонностью царя". Словно насытившись казнью Андрея Шуйского, Иван IV за все свое кровавое царствование не тронул ни одного представителя этого рода.
В разгар опричнины Иван Шуйский получил чин боярина и продолжал исправлять ответственные военные службы. Смерть нашла отважного Ивана Шуйского - отца будущего "боярского царя" Василия Шуйского - на поле брани, под стенами Ревеля в 1573 году.
Петр Иванович Шуйский, племянник Василия Немого, в молодости также оказался вовлеченным в придворную борьбу. Однако уже с 1539 года он выступает и на воинском поприще. Участник знаменитого похода на Казань, в 1552 году он был поставлен одним из пяти "государевых воевод" в только что построенном Свияжске и пробыл там до 1558 года, когда был отозван и послан на Ливонскую войну. Там он отличился при взятии крепости Вильян (современный город Вильянди в Эстонии). Один из летописцев XVI столетия сообщил об этом деянии Шуйского в таких словах: "Лета 1559-го. Того же лета воеводы князь Иван Федорович Мстиславский да князь Петр Шуйский с товарищами ливонский город Вильян взяли и старого магистра в нем взяли и к великому князю прислали". Шуйский успешно действовал и при взятии Дерпта, а затем при обороне его от наседавших немцев. На протяжении пяти первых лет Ливонской войны - а это был период успехов русского оружия - Шуйский постоянно находился в центре событий.
После взятия русскими войсками Полоцка (15 февраля 1563 года) Шуйский руководил отражением попыток литовцев вернуть крепость. В следующем году он получил приказ Ивана Грозного выступить из Полоцка и, соединившись с войском, шедшим из Смоленска, двинуться в глубь территории великого княжества Литовского.
Знаменитый князь-философ Древней Руси Владимир Мономах советовал своим детям: "Оружия не снимайте с себя второпях, не оглядевшись по лености, внезапно ведь человек погибает". Забыв предостережение мудрого Мономаха, Шуйский в этом несчастном походе потерял не только воинскую славу, но и голову. Неподалеку от Орши на реке Уле рать Шуйского подверглась внезапному нападению литовцев. Застигнутое врасплох, не готовое к бою, русское войско было разбито. Сам Шуйский, потеряв в сражении коня, пешком пришел в соседнюю деревню. Опознав в нем московского воеводу, крестьяне ограбили его, а затем утопили в колодце.
Тело русского главнокомандующего было найдено победителями. В знак своего торжества литовский воевода Николай Радзивилл привез прах Шуйского в Вильно, где он был с почестями предан земле в костеле, возле могилы несчастной дочери Ивана III Елены - жены великого князя Литовского Александра Казимировича.
Иван Петрович Шуйский, сын убитого под Оршей "большого воеводы", получил широкую известность у современников и остался в памяти потомков как руководитель героической обороны Пскова от поляков в 1581-1582 годах. Однако и помимо этого деяния он имел немало воинских заслуг.
В начале своего боевого пути, в 1563 году, он участвовал в победном полоцком походе Ивана IV. Два года спустя Шуйский действовал на Оке против крымских татар, а в 1566 году был поставлен воеводой в Серпухов. Вскоре он получил новое назначение - в крепость Данков (ныне город Данков на севере Липецкой области). Там он и был горько памятной для москвичей осенью 1571 года, когда многотысячное войско крымского хана Девлет-Гирея, прорвавшись через линию обороны юга России, внезапно появилось у самой Москвы. Вновь, как и за пятьдесят лет перед тем, "государь всея Руси" искал спасения от татар в северных городах.
Крымцам не удалось взять Москву. Однако вспыхнувший в осажденном городе пожар уничтожил тысячи людей, нанес огромный ущерб.
В эти трагические дни Шуйский находился на южной границе. Известно, что он загодя дал знать в Москву о приближении татар. Успех их прорыва меньше всего можно было поставить в вину именно ему: хан прошел через русскую систему обороны западнее Калуги, за сотни верст от места, где стоял со своим отрядом Шуйский.
В 1572 году Шуйский был поставлен воеводой в Кашире - одной из ключевых крепостей на Оке. Отсюда он ходил с войском к Серпухову для отражения вновь нагрянувших на Русь крымцев. В этой кампании, завершившейся разгромом татар в битве при Молодях, Шуйскому, командовавшему сторожевым полком, удалось обратить в бегство передовые вражеские отряды в сражении на Сенькином броде на Оке. Однако остановить всю подоспевшую орду он не смог. Отступив, он вскоре под началом Воротынского бился с татарами при Молодях. Иван IV заметил способного воеводу и в 1573 году направил его на ливонский фронт, где обстановка становилась все более и более тревожной для русских. Вновь отличившись в сражении, он в следующем году получил пост второго наместника во Пскове, где и находился с небольшими перерывами до 1584 года.
Примечательно, что и первым псковским наместником в то тревожное время Иван IV - несомненно, памятуя о давних связях Шуйских с этим городом, назначил князя В. Ф. Скопина-Шуйского. Род Скопиных ответвился от фамильного древа князей Шуйских в начале XVI века. Его родоначальником был троюродный брат Василия Немого - Иван Васильевич Шуйский, носивший прозвище Скопа.
В качестве псковского воеводы Шуйский ходил в Лифляндию в 1577 году, а в следующем году в связи с ожиданием набега крымцев был послан на южную границу, на Оку. Вернувшись во Псков, он в 1579 году собрал новое войско и поспешил на помощь осажденному поляками Полоцку.
Между тем приближался для Шуйского час тяжких испытаний, когда и слава и самая жизнь князя зависела прежде всего от мужества псковичей. Несмотря на то, что наш герой числился во Пскове лишь вторым воеводой, фактически именно он стал главным организатором обороны города от войск польского короля Стефана Батория осенью 1581 года.
Иван IV не случайно оказал Шуйскому особое доверие и вручил ему всю полноту власти в осажденном городе. Царь понимал, что от исхода борьбы за Псков будет зависеть судьба всей 25-летней войны. Между тем польский король Стефан Баторий - энергичный и опытный полководец - в конце 70-х годов одерживал одну победу за другой. 31 августа 1579 года он взял Полоцк, через год - Великие Луки. Одновременно шведы начали активные действия против России. В случае падения Пскова Россия оказывалась на грани позорного поражения. Ей грозила потеря исконных северо-западных земель.