Новгородская кафедра вдовствовала уже несколько лет. После того как архиепископа Феофила упрятали в монастырь, Иван Васильевич мог сразу поставить на его место своего человека. Но великий князь славился своей медлительной постепенностью. Он не стал отменять сложившуюся столетиями традицию выборов новгородского владыки и предпочел разыграть выборный фарс, причем все три кандидата были москвичами, отобранными лично великим князем. Выиграл в этой «беспроигрышной лотерее» инок Троицкого монастыря Сергий, однако его жребий оказался несчастливым.
В Новгород Сергий приехал в сопровождении, а точнее сказать, под надзором приставленных к нему боярина, казначея и дьяка, зорко следивших за соблюдением Сергием «московского курса». Новоиспеченный владыка умудрился в короткое время настроить против себя всю новгородскую паству. Обозрев раки с мощами новгородских святых, он обозвал их «смердовичами» и всячески демонстрировал презрительное высокомерие в отношении новгородских церковных обычаев. Затем Сергий торжественно освободил великого князя от принесенной им клятвы не отбирать имущество у граждан и не выводить людей из Новгорода. Этим шагом владыка вызвал к себе всеобщую ненависть не только мирян, но и всего новгородского духовенства. Враждебная атмосфера, окружавшая Сергия, вскоре достигла такой концентрации, что это сказалась на его психическом состоянии. Разум его помутился. Полураздетый, в поношенном подряснике, архиепископ целыми днями сидел рядом с нищими на паперти у ворот Софийского собора, тупо уставившись в одну точку. Приходя в себя, Сергий слал в Москву слезные прошения об отставке, ссылаясь на то, что новгородцы чародейством отняли у него рассудок. Получив, наконец, разрешение вернуться, Сергий тотчас выздоровел и еще многие годы жил в своем монастыре, с безопасного расстояния посылая проклятия ненавистным новгородцам.
Снова встал вопрос о новгородском владыке, и теперь, отбросив игры в демократию, московский государь самолично поставил на новгородскую кафедру того самого Геннадия Гонзова, который поддержал его в достопамятном споре с митрополитом Геронтием. В формуле присяги, произнесенной Геннадием, впервые появилось выражение: «по велению господина нашего великого князя всея Руси».
Иван Васильевич надеялся, что Геннадий Гонзов станет противовесом строптивому Геронтию, а в перспективе — его преемником. Таким образом, новый архиепископ сразу попал в двусмысленное положение. Он ехал как ставленник Москвы во враждебный город, но при этом был неугоден московскому митрополиту, то есть своему непосредственному начальнику. К тому же Гонзов был первым архиепископом, назначенным светской властью, и как ходили слухи, назначенным «по мзде». Называлась даже уплаченная им великому князю сумма — 2 тысячи рублей.
12 декабря 1484 года Геннадий был хиротонисан во епископа Новгородского и Псковского с возведением в сан архиепископа. Приехав в Новгород, Гонзов обнаружил, что некогда богатейшая епархия находится в жутком состоянии. Многолетнее безвластие, огромные конфискации земель и казны, насильственные выселения самых состоятельных прихожан лишили Софийский дом львиной доли доходов. Среди духовенства царило уныние. Лишенная пастыря паства пребывала в состоянии разброда и шатания.
Однако плачевное состояние епархии не смутило нового владыку. Геннадий Гонзов обладал сильным характером и цепким практическим умом. Он происходил из боярской семьи, но светской жизни предпочел иноческую. Еще отроком он оказался на знаменитом острове Валаам, где его духовным наставником стал один из основателей Соловецкого монастыря старец Савватий. Суровая жизнь на Валааме под водительством строгого учителя закалила Геннадия, а затем, уже сделавшись игуменом почти придворного Чудова монастыря, он научился политичному общению с властями.
С первых же дней новый владыка начал твердой рукой наводить порядок в епархии, опираясь на поддержку великого князя в лице его новгородских наместников. Но в отличие от своего предшественника Геннадий действовал с осторожной твердостью, учитывая, по возможности, местные традиции и стараясь не оскорблять чувства новгородцев. Введя в богослужение молитвы за великого князя, он соблюдал древние новгородские обычаи и по примеру республиканских владык взял на себя постройку третьей части возобновляемой городской стены.