По доносу Наума еретики глумились над иконами, кололи их на растопку для печей, «спускали на святые образа дурную воду», то есть мочились на них, привязывали кресты на шею воронам и т. д. В своем иконоборческом вандализме еретики вели себя подобно язычникам, которые избивали палками «провинившихся» божков.
Потрясенный архиепископ Геннадий написал о случившемся митрополиту Геронтию и великому князю. Первым отреагировал государь. Он приказал Геннадию «беречься, чтобы то лихо по всей земле не распростерлось», и поручил ему вместе с великокняжеским наместником начать расследование. Были арестованы названные Наумом поп Гридя, его сын Самсон, поп Герасим и дьяк Борисоглебский. После допроса подозреваемых отпустили на поруки до конца розыска. В ту же ночь все четверо бежали в Москву под защиту Алексея и Дениса.
Бывшие новгородские священники к этому времени сделались в Москве важными особами. Оба были вхожи ко двору великого князя и часто общались с ним самим и его ближайшим окружением. Приняв прибежавших из Новгорода сообщников, Алексей и Денис обвинили Геннадия в усердии не по разуму и попытались замять дело о ереси. Митрополит Геронтий, ненавидевший Гонзова, готов был их поддержать.
Однако Геннадий не успокоился. Не получив под держки митрополита, он разослал тревожные Послания другим епископам: сарскому, суздальскому и пермскому. Писал, что «в Новгороде открылись еретики, которые держат ереси маркианскую (отвергающую Троицу), мессалианскую (отвергающую церковную обрядность) и саддукейскую (отвергающую будущую жизнь. — В.С.) и всячески скрываются, называя себя православными христианами». В подробностях описав еретические надругательства над иконами, Геннадий просил епископов ходатайствовать перед государем и митрополитом, чтобы «делу исправление чинити», ибо «та прелесть здесь распростерлась не токмо во граде, но и по селам. А все от попов, которые еретиками становились в попы: да того ради и в попы ставят, чтобы в свою ересь привести».
Именно Геннадий первым определил ересь как «жидовскую». Термин «жидовствующий» был широко распространен в антиеретической византийской литературе. По мнению Иоанна Дамаскина, все ереси, родившиеся после победы христианства, имеют корни в иудаизме, то есть все еретики после третьего века новой эры виноваты в «жидовствовании». При этом «жидовствующий» не всегда значит «верующий в иудаизм», или христианин, обратившийся в иудаизм. Обвинение применялось намного шире. Оно означало ересь вообще, уклонение от истинного христианства.
Послания Геннадия возымели действие. В 1488 году Собор Русской православной церкви рассмотрел дело о беглых новгородских еретиках. Всех названных, кроме Гриди Борисоглебского, на которого не было других улик, кроме показаний Наума, признали виновными в поругании икон. По приказанию великого князя еретиков подвергли градской, то есть светской казни — наказанию кнутом. Как пишет московская летопись: «Тою же весной биша попов ноугородских на торгу кнутом, приела бо их из Новгорода к великому князю владыка Геннадий, что пьяни поругались святым иконам». Как повелось, все имущество еретиков переходило в собственность великого князя.
Казалось бы, архиепископ Геннадий мог торжествовать. Он добился соборного осуждения ереси, его поддержали великий князь и митрополит, ему вернули бежавших в Москву еретиков для продолжения расследования. Однако было нечто, мешавшее Геннадию праздновать победу. Он понял, что в сети попала всего лишь мелкая рыбешка, а весь руководящий центр еретического сообщества находится в столице.
Продолжая допросы еретиков, Геннадий дознался до их высоких покровителей: «Спросили мы Самсонка: ведаешь ли, что говорят на Москве? И Самсонка молвил: ведаю, как не ведать. Ходили все запросто к Федору Курицыну, дьяку великого князя. Ходят к нему Алексей протопоп, да Истома, да Сверчок, да Ивашко Черный, что книги пишет, да поучаются на православных. Да приехал с Федором Курицыным угрянин, Мартыном зовут. Ино Курицын начальник тем злодеям».
Таким образом, из показаний насмерть перепуганного попа Самсонки вытекало, что во главе ереси стоял фаворит великого князя, посольский дьяк Федор Курицын, человек, который фактически управлял всей внешней политикой России!