Так же спешно, очевидно, по прямому указанию великого князя, Зосима начал подготовку к секуляризации монастырских земель. Его рукописи пестрят пометками: «не подобает в монастырь давать село», «не стоит печься об имениях», «подобает инокам жить от своего рукоделия», в которых слышатся отзвуки будущей громкой полемики «иосифлян» и «нестяжателей». Одновременно еретики начинают готовить массированное наступление на весь институт монашества, используя аргументы, заранее подготовленные Иваном Черным.
Активность еретической партии вызывала у церковных иерархов растущую тревогу, и они попытались взять реванш за поражение на выборах митрополита. Инициативу вновь взял на себя архиепископ Геннадий. И хотя ему уже не раз дали ясно понять, что его борьба с ересью не нравится новому митрополиту и самому «державному», Гонзов переходит в открытую оппозицию высшей церковной и светской власти.
«Если великий князь того не обыщет и не казнит этих людей, — писал он в письме Зосиме, — то как нам тогда свести срам с земли своей!» Не убоялся Геннадий обличить и самого великого князя. Он обвинил его в «гробокопательстве». Во время развернувшего в Кремле бурного строительства было снесено несколько ветхих церквей. Кости мертвых свезли на Дорогомиловское кладбище, а на месте захоронений разбили дворцовый сад. Возмущенный Геннадий назвал эти действия властей «бедою земской» и «нечестью государской». «Кости мертвых вынесены, а тела остались на прежнем месте, рассыпавшись в прах, и на них сад посажен; а Моисей во Второзаконии не велел садить садов и деревьев возле требника Господа. Гробокопателям какова казнь писана: а ведь это оттого, что будет воскресенье мертвых, не велено мертвых с места двигать опричь тех святых. Коих Бог чудесами прославил. Где столько лет стояли Божьи церкви, где стоят престол и жертвенник — эти места неогороженны: собаки ходят по ним и всякий скот!»
Воодушевленные своим лидером епископы единогласно потребовали созыва Собора, и Зосима был вынужден выполнить их требование. Поскольку Гонзову великий князь снова запретил ехать в Москву, новгородский архиепископ разослал Послания участникам Собора, предлагая им не пускаться в прения о вере, а казнить еретиков, ибо «от явного еретика человек бережется, а от сих еретиков как уберечься, если они зовутся христианами. Человеку разумному они не объявятся, а глупого как раз съедят». «Люди у нас просты, — писал он, — не умеют говорить по обычным книгам; так лучше поэтому о вере никаких прений не плодить. Собор нужен не для прений о вере. А для того, чтобы еретиков казнить, вешать и жечь».
Призыв Геннадия «жечь и вешать» был навеян рассказами об испанской инквизиции, которые он услышал от проезжавшего через Новгород австрийского посла Николая Поппеля. «Сказывал мне посол цесарев про шпанского короля (Фердинанда II Католика. — В.С.), как он свою очистил землю». Именно на эти годы пришелся пик чудовищных репрессий, которые инквизиция обрушила на головы мнимых и действительных еретиков, и прежде всего крещеных евреев, тайно сохранявших верность иудаизму.
За несколько дней до Собора скоропостижно скончался один из самых влиятельных еретиков протопоп Алексей. Геннадий объявил его смерть Божьей карой. В страхе перед расправой скрылись в Литву писец Иван Черный и купец Игнат Зубов. По слухам, они там открыто приняли иудаизм. Пока шел Собор, из Москвы сбежали еще двое видных еретиков: сын Алексея Иван и его зять Иван Максимов.
Собор епископов начался 17 октября 1490 года. Его открытие ознаменовалось громким скандалом. Во время службы в Архангельском соборе архиереи отказались молиться вместе с еретиком Денисом и торжественно изгнали его из храма со словами: «Изыди, человече, из алтаря, недостоин ты служить со святыми епископами!»
В качестве обвиняемых на Соборе предстали: «чернец Захарий, протопоп Софийского собора в Новгороде Гавриил, поп Архангельский Денис, поп Ивановский Максим, Василий поп Покровский, Макарий дьякон Никольский, Гридя дьячок Борисоглебский, Васюк зять Дениса, Самуха дьячок Никольский».
Светскую власть на Соборе вначале представляли знатные бояре Иван Патрикеев, Юрий Захарьин, дьяк Андрей Майко, но когда Собор начался, великий князь самолично явился в митрополичьи покои, чтобы взять ход процесса в свои руки.
Митрополит Зосима, выполняя полученные инструкции, сразу постарался представить ересь результатом недосмотра новгородского владыки Геннадия. О москвичах и уж тем более о дьяках великого князя вообще не упоминалось. После выступления свидетелей начался допрос обвиняемых. Поначалу еретики держались сплоченно и от всего отпирались. Некоторые из них симулировали умопомешательство («и быша яко в исступлении ума»). Одним из первых сломался священник Денис. Потрясенный позорным изгнанием из храма, он подал Собору покаянную грамоту, где признавался в «невоздержании языка».