Таким образом, «новгородские попики», как снисходительно называли поздние исследователи Геннадиеву дружину, внесли огромный вклад в развитие русской религиозной и светской мысли. В противовес еретикам они сумели соединить веру и разум, достижения науки и христианские догматы.
В этом блестящем окружении с неожиданной стороны раскрылся и сам архиепископ Геннадий, о котором у многих историков сложилось мнение, что он был человеком чисто практического склада. Владыке не давали покоя разговоры о «несостоявшемся светопреставлении», и он задумал сочинение, в котором собирался дать ответ еретикам от лица Русской православной церкви. Непосредственным толчком для этого труда стала книга «Диалог жизни со смертью», которую привез с собой в Новгород Бартоломей Готан. «Диалог» был переведен в Геннадиевом кружке и вскоре стал здесь одним из наиболее читаемых произведений.
В 1495 году из-под пера Гонзова вышло «Сказание о седьмой тысяче лет». В этом труде он предстает не «князем церкви», но глубоким философом-богословом, способным побеждать своих оппонентов силой мысли. Геннадий точно уловил главный посыл еретиков. Отрицание ими кончины мира означало и отрицание его начала. Вселенная была и будет всегда, утверждали Федор Курицын и его единомышленники. Мир нескончаем, ибо он является неизменным: «Мир сей недвижим пребывает. С тех пор как стали умирать отцы, от начала творения все остается так же».
Эти рассуждения Геннадий характеризовал как «плотское мудрование», то есть грубый материализм. При этом он ссылался на слова апостола Павла: «Те, кто утверждает незыблемость мира — не веруют в Бога и Божественный промысел, управляющий Вселенной». Действительно, извечность Вселенной делает Бога просто лишним.
Никто не ведает сроков конца мира, утверждал Геннадий, и тем не менее мир конечен, ибо он меняется. Тайну своего промысла Бог скрыл от «ругателей» — еретиков, поскольку они «не боголюбезной совестью ищут благочестия, но величавою мыслью некасаемых касаются». В определении «величавою мыслию» звучит насмешка над теми, кто возомнил себя способным понять промысел Божий. О «Шестокрыле», который еретики выдвигали своим главным аргументом, Геннадий пишет, что «оный взят от астрономии, как капля от моря».
Православный владыка оказался глубже и прозорливее своих прозападных оппонентов. Современная наука вновь возвращается к признанию конечности Вселенной, в чем всегда была убеждена религия. Прозрения святых отцов получают подтверждение астрофизиков, изучающих Вселенную с помощью космических телескопов. Теория Большого Взрыва подтверждает вывод о том, что у Вселенной было начало и, следовательно, будет конец. Человечество тревожно ищет признаки надвигающегося Апокалипсиса в угрозах ядерной войны и необратимых изменениях климата.
Тем временем работа над славянской Библией близилась к финалу, и в 1499 году этот выдающийся труд был завершен. Были впервые переведены две книги Паралипоменон, три книги Ездры, Ниэмии, Товита, Юдифь, Соломонова премудрость, Притчи, Маккавейские книги. Русская паства получила первый полный свод библейских книг.
По своему исполнению Геннадиева Библия представляла собой настоящий шедевр рукописной книги. Она написана полууставом на 1002 листах высококачественной бумаги форматом 33 × 23,5 см и украшена искуснейшими мастерами-орнаменталистами. Писцами книги были новгородские дьяки Василий Иерусалимский, Гридя Исповедницкий и Климент Архангельский, а также выдающийся каллиграф Тимофей Вениаминов. Новгородский купец Демьян Фрязин обеспечивал книжников высокосортной бумагой. Через 80 лет с появлением книгопечатания именно Геннадиева Библия была издана в Остроге (1580–1582 гг.) как первопечатная церковнославянская Библия, опередившая этим своим появлением весь православный Восток.
Пока писцы и переводчики работали над Библией, рядом, в иконописной владычной мастерской столь же напряженно трудились знаменитые новгородские иконописцы. Их ответом на иконоборчество «жидовствующих» стали изумительные новгородские «таблетки», стиль которых органично соединил новгородскую и московскую школы. Восемнадцать изящных икон на тоненьких дощечках предназначались для того, чтобы класть их на аналой в дни церковных праздников либо в день поминовения тех святых, которые были изображены на святцах. На аналое они сменяли друг друга соответственно ходу церковного календаря и были доступнее для поклонения, чем большие иконы, входившие в состав иконостаса и рассчитанные на восприятие издалека. В самом факте их появления дает знать более интимное отношение к религии: икона приближается к верующему, между ними устанавливается более прямая и непосредственная связь.